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- PDB-4rgt: 2.0 Angstrom Crystal Structure of Superantigen-like Protein from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rgt
タイトル2.0 Angstrom Crystal Structure of Superantigen-like Protein from Staphylococcus aureus in Complex with 3-N-Acetylneuraminyl-N-acetyllactosamine.
要素Putative uncharacterized protein
キーワードTOXIN / 3-N-Acetylneuraminyl-N-acetyllactosamine / Superantigen-like Protein / CSGID / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal ...Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-sialyl-N-acetyllactosamine / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Superantigen-like protein SSL6
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. ...Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.0 Angstrom Crystal Structure of Superantigen-like Protein from Staphylococcus aureus in Complex with 3-N-Acetylneuraminyl-N-acetyllactosamine.
著者: Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural ...著者: Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7785
ポリマ－51,3222
非ポリマー1,4553
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.832, 141.832, 41.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 25661.123 Da / 分子数: 2 / 断片: Superantigen-like Protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_00391 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q2G1S5
#2: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 3'-sialyl-N-acetyllactosamine


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 674.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 3'-sialyl-N-acetyllactosamine
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein: 7.4mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3); Screen: Classics II (D3), 0.1M HEPES (pH 7.0), 30% (v/v) Jeffamine ED-2001., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月25日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 32916 / Num. obs: 32916 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1606 / Rsym value: 0.627 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V05

3v05


解像度: 2→29.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 8.238 / SU ML: 0.131
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24704 1669 5.1 %RANDOM
Rwork0.19786 ---
all0.20028 31234 --
obs0.20028 31234 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.964 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.38 Å20.38 Å20 Å2
2--0.38 Å20 Å2
3----1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3180 0 99 247 3526
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6062.0184651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70837914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5355405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.93425.155161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.94315736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7581516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7092.0421599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7092.041598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.493.0312011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4893.0322012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.372.4351877
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.362.4351877
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6173.5442643
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.37818.1214081
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.3317.5553994
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 120 -
Rwork0.266 2250 -
obs-2250 99.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.70825.362-7.096911.2373-3.39028.2656-0.0882-0.655-0.63471.1018-0.7360.05930.4480.60770.82420.3822-0.03370.13290.42690.11840.1642-11.095652.545713.0365
21.22051.60940.38143.46661.45841.3267-0.19290.1885-0.4251-0.29060.259-0.60450.25230.3304-0.06620.34990.02120.1690.2978-0.05750.2733-4.259546.2862-8.4866
32.560.60610.11944.29641.66592.8216-0.26070.3097-0.3293-0.4190.2534-0.5804-0.31510.4210.00740.2382-0.06830.19090.3197-0.01320.2272-3.142850.9781-9.0777
44.32243.23651.32136.61172.45773.28360.0237-0.51740.22040.3201-0.1985-0.0918-0.07010.21460.17480.1253-0.06550.00980.23660.00710.0844-2.796966.80586.1095
53.6982.809-0.22587.4942-5.24898.6201-0.0817-0.51011.06030.19410.05510.7546-0.5249-0.14730.02660.1923-0.0435-0.01190.2238-0.09250.3538-10.937869.77922.6047
64.92952.15420.60045.06521.2651.9788-0.2467-0.2920.58340.0067-0.11870.447-0.07950.1190.36540.1427-0.05660.03260.173-0.02710.1611-9.893765.2371.6338
73.03710.09820.53981.5947-0.53471.9971-0.2609-0.0868-0.61240.05350.1427-0.13330.1687-0.00060.11820.2201-0.02190.19830.1073-0.00330.2502-23.246238.32052.2075
85.593-1.3894-1.5263.106-0.36412.7336-0.35580.0448-0.67140.02520.1462-0.07130.258-0.00290.20960.228-0.04520.18350.07940.0090.2656-24.992136.88922.2023
94.7816-1.5802-0.09154.4984-7.219414.6-0.04630.3391-0.28490.02820.180.5291-0.0799-0.0474-0.13370.3744-0.19190.02580.41390.07050.4593-47.007148.3861-9.3874
104.5222-0.24511.69961.9471-0.40371.1211-0.42590.195-0.8393-0.18810.38430.12370.0255-0.04790.04160.3994-0.15410.19770.2672-0.09220.4686-39.03342.3085-5.9773
115.62521.4963-1.50373.87280.73917.4858-0.60140.76850.0342-0.43330.4652-0.0199-0.1566-0.07660.13620.1789-0.16750.04240.189-0.00370.0818-37.380952.1377-10.1546
124.7195-0.52660.81722.5256-1.1191.7162-0.74680.3651-0.0385-0.16230.3326-0.01570.11220.00370.41420.2751-0.17040.10030.1759-0.02130.1794-35.768150.6635-6.3331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3A89 - 130
4X-RAY DIFFRACTION4A131 - 182
5X-RAY DIFFRACTION5A183 - 198
6X-RAY DIFFRACTION6A199 - 231
7X-RAY DIFFRACTION7B38 - 96
8X-RAY DIFFRACTION8B97 - 125
9X-RAY DIFFRACTION9B126 - 148
10X-RAY DIFFRACTION10B149 - 176
11X-RAY DIFFRACTION11B177 - 201
12X-RAY DIFFRACTION12B202 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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