PDB-4rgr: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rgr

タイトル

Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator HcaR from Acinetobacter sp. ADP

要素

Repressor protein

キーワード

TRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / winged helix-turn-helix

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.302 Å

データ登録者

Kim, Y. / Joachimiak, G. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of Putative MarR Family Transcriptional Regulator HcaR from Acinetobacter sp. ADP
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Bigelow, L. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2014年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rgr.cif.gz	133.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rgr.ent.gz	106.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rgr_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rgr_full_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示
XML形式データ	4rgr_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	4rgr_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k0l 4rgs 4rgu 4rgx
類似構造データ	4rgx-1 4rgs-1 3rir-1 4rgu-1 6bp4-d 6cn3-1 4x29-1 1sf8-9 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105592

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Repressor protein

B: Repressor protein

ヘテロ分子

37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Repressor protein

B: Repressor protein

ヘテロ分子

A: Repressor protein

B: Repressor protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.017, 83.626, 63.061
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

to generate tetramer apply x,y,z and -x+1,-y,z to the asymmetric unit of dimer

#1: タンパク質	Repressor protein / Repressor protein of the Hydroxycinnamate (Hca) catabolic genes 分子量: 18366.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter sp. ADP1 (バクテリア) 遺伝子: ACIAD1728, hcaR / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: Q7X0D9
#2: 化合物	ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / p-クマル酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.4 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.0, 5 mM coumaric acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 15489 / Num. obs: 15489 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 44.06 Å² / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 8.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 747 / R_sym value: 0.499 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.302→39.576 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 21 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	767	4.97 %	random
R_work	0.172	-	-	-
all	0.174	15439	-	-
obs	0.174	15439	99.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.302→39.576 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2149	0	40	117	2306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2371
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.618	3219
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.447	929
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	372
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	416

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.3019-2.4796	0.2401	149	0.1936	2816	2965	98
2.4796-2.7291	0.2492	150	0.1978	2913	3063	100
2.7291-3.1239	0.262	147	0.1979	2927	3074	100
3.1239-3.9352	0.2161	151	0.1683	2968	3119	100
3.9352-39.5816	0.1867	170	0.157	3048	3218	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9915	2.0325	2.6496	3.1458	2.6768	3.5596	-0.5903	1.3193	-1.2904	-3.6674	1.1711	0.1331	-1.141	0.2551	-0.7789	0.9456	-0.0403	0	0.5437	-0.1309	0.6844	37.2088	8.8837	31.0765
2	4.5239	0.137	0.1859	8.8015	5.2442	7.0079	-0.252	0.0526	0.2732	-0.2461	0.3354	0.0561	-0.2656	-0.1892	-0.1247	0.2089	-0.0583	0.0192	0.2612	-0.0024	0.2551	40.7157	21.0054	48.2615
3	7.4613	0.5185	1.4668	5.5529	-0.1814	6.7519	-0.3168	0.4069	-0.3254	-0.1599	0.2135	-0.4332	-0.0082	0.8444	0.048	0.2237	-0.0394	0.0385	0.3674	-0.04	0.3052	56.0591	17.8107	60.9207
4	6.5103	5.5642	-2.4629	4.7893	-2.156	1.0047	0.7747	0.6008	-1.4972	0.5112	-0.626	1.7679	1.7466	0.5171	0.1979	1.4428	0.1331	-0.0363	0.8652	-0.2216	1.6028	67.5246	5.0611	69.7193
5	7.6608	1.8996	5.7112	0.7447	0.7171	4.6213	-0.0239	-0.5833	-0.409	-0.0161	0.0463	0.0334	-0.0355	-0.3144	-0.0111	0.2343	-0.0117	0.0628	0.3608	-0.0371	0.3396	40.34	16.1267	62.173
6	5.2636	4.5677	-5.5294	7.9226	-3.5388	7.0664	-0.5512	-1.0925	-1.0805	-0.1807	0.0824	-0.3623	0.2322	0.8396	0.3353	0.3343	-0.0665	-0.0042	0.3541	-0.0213	0.2058	42.8005	2.8924	48.5796
7	8.5831	-0.9866	0.3594	3.2336	2.369	3.2908	0.6337	-2.7573	-1.2777	1.8371	-0.0488	0.6607	0.3562	1.0472	-0.2244	0.5705	-0.0999	0.13	0.6732	0.048	0.461	39.8898	6.6715	59.517
8	1.1265	-0.2917	-1.0438	3.8646	-2.539	9.2714	0.096	-0.0174	0.0019	-0.222	-0.2883	-0.4317	-0.4244	0.798	0.2319	0.3678	-0.1188	0.0444	0.2842	-0.0496	0.3025	49.7975	15.4807	38.0727
9	6.0848	-3.6877	-0.087	2.4804	-0.5737	2.1765	0.7359	-0.3655	0.2801	-0.1251	-0.7304	0.6206	-0.8007	-0.8464	0.0141	0.9394	-0.0188	0.0244	0.4974	-0.0243	0.526	39.8986	27.381	33.9631
10	7.7087	-0.33	-0.5507	6.6687	5.5156	4.5028	0.2416	0.6272	1.1427	-0.2399	-0.5924	-0.1396	-1.1246	-0.0069	0.5377	1.1604	0.023	0.032	0.4609	0.11	0.5205	47.5071	29.7009	25.1653
11	1.3111	-1.3378	0.3848	9.7127	-6.1164	3.7661	0.4301	0.3384	-0.2658	-0.9444	-0.7259	-0.1172	0.7975	0.6405	0.1074	0.5366	-0.0923	0.0572	0.3876	-0.0479	0.3594	48.6372	10.1512	28.1737
12	4.1984	-0.4706	-1.3731	3.926	2.6457	5.1874	0.1784	0.246	-0.2489	-0.9055	-0.2175	-0.0235	0.0514	-0.5445	0.0186	0.3326	-0.0952	0.0123	0.2355	0.0163	0.2118	35.7187	6.7777	41.0347
13	8.6872	6.1868	6.8204	5.6983	6.0168	6.3959	-0.8029	2.7958	1.8268	-2.1293	0.0673	-0.1495	-2.5395	2.3185	0.0413	0.7761	-0.1765	0.073	0.7753	0.1674	0.6555	33.6727	25.7378	47.0703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 91 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 92 through 98 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 99 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 131 through 150 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 11 through 16 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 17 through 54 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 55 through 70 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 71 through 104 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 105 through 125 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 126 through 147 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 148 through 153 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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