PDB-4rgg: Structure of the lactococcal phage 1358 receptor binding protein ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rgg

タイトル

Structure of the lactococcal phage 1358 receptor binding protein in complex with GlcNAc-1P

要素

Putative phage structural protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Alpha/beta protein / phage receptor bonding protein (anti-receptor) / L. lactis SMQ-388 surface polysaccharides (pellicle)

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus phage 1358 (ファージ)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Spinelli, S. / Moineau, S. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the 1358 lactococcal phage RBP in complex with GlcNAc-1P
著者: Spinelli, S. / Moineau, S. / Cambillau, C.

履歴

登録	2014年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rgg.cif.gz	322.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rgg.ent.gz	263.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rgg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rgg_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rgg_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	4rgg_validation.xml.gz	36.1 KB	表示
CIF形式データ	4rgg_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rgg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l92S 4l97 4l99 4l9b 4rga S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4l97-1 4l99-1 4l99-2 4rga-2 4l92-1 4l97-2 4rga-1 4l92-2 2wxf-d 6mul-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative phage structural protein

B: Putative phage structural protein

ヘテロ分子

87.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Putative phage structural protein

ヘテロ分子

A: Putative phage structural protein

ヘテロ分子

A: Putative phage structural protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Putative phage structural protein

ヘテロ分子

B: Putative phage structural protein

ヘテロ分子

B: Putative phage structural protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	165.910, 165.910, 165.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-577- HOH
2	1	A-736- HOH
3	1	B-552- HOH
4	1	B-661- HOH
5	1	B-715- HOH
6	1	B-723- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 393 / Label seq-ID: 2 - 393

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質

Putative phage structural protein

分子量: 43342.027 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-393 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus phage 1358 (ファージ)
遺伝子: ORF20 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3W0F1

#2: 糖

ChemComp-GN1 / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-1-PHOSPHATE / N-acetyl-1-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-glucose / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス1-りん酸

タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₆NO₉P

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.98 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.2 詳細: 20% w/v polyethyleneglycol 1000, 100 mM sodium/potassium phosphate buffer, pH 6.2, 200 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月3日
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→48 Å / Num. obs: 81936 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 49 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.15→2.21 Å / R_merge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0069	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 4L92

4l92

解像度: 2.15→47.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 7.136 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.204	3914	4.7 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.181	78636	100 %	-
all	-	38297	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.322 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6056	0	38	502	6596

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.019	6228
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	5667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.893	1.944	8495
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.093	3	12967
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	7280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.444	3.367	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.444	3.367	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.109	5.026	3888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.458	4.448	3889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.375	3.719	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.313	3.297	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.74	4.823	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.318	30.124	5361
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.341	30.145	5188
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 22783 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.03 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	279	-
R_work	0.301	5750	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1719	1.0363	-0.7629	1.4169	-1.3722	1.4708	-0.0544	-0.0542	-0.1982	0.2103	-0.0681	-0.176	-0.3174	0.0693	0.1224	0.165	0.0041	-0.0251	0.073	0.012	0.077	-26.253	-45.946	39.116
2	1.0176	-0.2599	-0.2806	0.8157	-0.635	0.7708	-0.0043	0.116	-0.0033	0.0752	-0.2256	-0.2585	-0.0271	0.2124	0.2299	0.1121	0.0671	-0.0977	0.2174	0.0319	0.1521	-13.752	-46.226	36.097
3	0.5183	-0.3227	0.617	0.26	-0.4178	1.2213	-0.0293	0.175	0.0479	0.0874	-0.0766	-0.0373	0.0308	0.2307	0.1059	0.1086	0.0283	-0.0031	0.1114	0.0109	0.0661	-24.292	-43.364	25.829
4	0.432	-0.2129	0.0191	0.317	0.0455	0.3799	-0.0028	0.0772	0.0239	0.0019	0.0509	-0.0387	-0.1238	0.0645	-0.0482	0.0915	-0.0274	0.0144	0.0931	0.0262	0.0513	-40.844	-22.035	14.478
5	0.2569	-0.2543	0.1079	0.4118	-0.1295	0.4241	-0.0147	0.0839	-0.0092	-0.0549	0.0358	0.0464	-0.0263	-0.0213	-0.021	0.0768	-0.023	-0.0059	0.1421	0.0395	0.0499	-51.559	-26.718	11.749
6	0.2536	-0.3292	0.1811	0.6267	-0.2771	0.4787	-0.0078	0.0941	-0.0399	-0.049	0.0204	0.0974	-0.0137	-0.0179	-0.0125	0.0656	-0.0227	-0.0156	0.1559	0.0217	0.0505	-51.91	-31.448	13.317
7	0.275	-0.2404	0.0214	0.8735	-0.2543	0.4837	-0.0107	0.0828	-0.0035	0.0042	-0.0009	0.0356	-0.043	-0.0307	0.0115	0.0724	0.0006	0.0023	0.0739	0.0416	0.0455	-50.91	-28.057	14.726
8	1.1109	1.3001	-0.4041	2.0107	-1.0943	0.9816	-0.0222	0.0252	-0.3411	0.2003	-0.0019	-0.3566	-0.2478	0.0064	0.0241	0.1252	-0.0138	-0.0132	0.0978	-0.0467	0.1913	5.993	10.782	23.178
9	1.0284	1.0582	0.1239	1.1597	0.4014	1.2065	0.21	-0.1728	-0.1166	0.2178	-0.2073	-0.1444	-0.0181	-0.2491	-0.0027	0.1321	-0.0524	-0.0809	0.1991	-0.0512	0.1117	3.882	10.009	35.828
10	1.0035	0.6506	0.6253	0.4326	0.3828	0.4416	0.0865	-0.1645	-0.0451	0.0744	-0.0845	-0.0441	0.0066	-0.1378	-0.002	0.0877	-0.025	-0.0152	0.1537	-0.0561	0.0379	-6.925	7.129	25.844
11	0.2944	0.0961	-0.1269	0.3447	0.1085	0.2495	-0.011	-0.1359	-0.0252	0.0188	0.0021	-0.03	0.0053	-0.0217	0.0089	0.0622	0.0028	-0.0048	0.1594	0.0083	0.0304	-18.003	-13.875	8.534
12	0.2081	0.1187	0.0603	0.2956	0.0868	0.374	-0.018	-0.0728	0.0239	-0.0654	-0.0166	0.0258	-0.027	-0.0804	0.0346	0.0661	-0.0026	0.0002	0.1037	-0.0178	0.0254	-21.73	-8.667	-1.569
13	0.2997	0.1292	0.2379	0.4057	0.1393	0.2565	-0.0268	-0.0817	0.0447	-0.0728	-0.004	0.0106	-0.0474	-0.0766	0.0309	0.0766	0.0048	0.0012	0.0827	-0.0165	0.0432	-20.561	-3.822	-1.656
14	0.4015	0.1902	-0.1352	0.6056	0.1791	0.254	-0.0168	-0.0748	-0.0183	-0.0469	0.019	-0.0561	-0.0403	-0.0432	-0.0022	0.0783	0.0078	-0.0108	0.1196	-0.0106	0.0248	-18.842	-7.184	-1.03

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	62 - 121
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	122 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	182 - 241
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	242 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	302 - 351
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	352 - 393
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 61
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	62 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	122 - 181
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	182 - 241
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	242 - 301
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	302 - 351
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	352 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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