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万見
- PDB-4rg4: Epsilon-caprolactone-bound crystal structure of cyclohexanone mon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rg4
タイトルEpsilon-caprolactone-bound crystal structure of cyclohexanone monooxygenase in the Loose conformation
要素Cyclohexanone monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Baeyer-Villiger monooxygenase / Baeyer-Villiger oxidation / biocatalysis / flavoprotein / green chemistry / protein engineering / Rossmann fold / FAD / NADPH / cyclohexanone / oxygen / Glutaraldehyde crystal cross-linking / Cytosolic (bacterial)
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Caprolactone / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / PENTANEDIAL / Cyclohexanone monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. HI-31 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Yachnin, B.J. / Berghuis, A.M.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Lactone-bound structures of cyclohexanone monooxygenase provide insight into the stereochemistry of catalysis.
著者: Yachnin, B.J. / McEvoy, M.B. / MacCuish, R.J. / Morley, K.L. / Lau, P.C. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2014年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclohexanone monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6526
ポリマ－60,8091
非ポリマー1,8435
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.145, 67.028, 133.576
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyclohexanone monooxygenase


分子量: 60808.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus sp. HI-31 (バクテリア)
遺伝子: chnB, chnB1 / プラスミド: pJW234 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: C0STX7, cyclohexanone monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 58分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-ECE / Caprolactone / Oxepan-2-one / Epsilon-Caprolactone / ε-カプロラクトン


分子量: 114.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O2
#5: 化合物 ChemComp-PTD / PENTANEDIAL / グルタルアルデヒド


分子量: 100.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 % / Mosaicity: 1.095 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 40% PEG 3350, 0.1 M imidazole, 0.2 M epsilon-caprolactone; crystals were transferred to a fresh drop and cross-linked with glutaraldehyde, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日 / 詳細: VariMax HF
放射モノクロメーター: Rotating copper anode / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→66.79 Å / Num. all: 16633 / Num. obs: 16633 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 50.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
2.5-2.541.70.56730.50.82777.5
2.54-2.591.80.4317060.4310.89982.5
2.59-2.641.90.3897640.3890.85189.3
2.64-2.691.90.398130.390.90893.1
2.69-2.7520.3328010.3320.78894.1
2.75-2.822.10.3128340.3120.8496.5
2.82-2.892.40.2888480.2880.85794.5
2.89-2.962.50.2628000.2620.8595.9
2.96-3.052.80.2238380.2230.87793.4
3.05-3.153.10.1888060.1880.91896.3
3.15-3.263.50.158220.150.96893
3.26-3.393.70.1188170.1180.95493.6
3.39-3.553.90.0928200.0920.96993.8
3.55-3.734.10.0758380.0750.95594.8
3.73-3.974.40.0648630.0640.95197.5
3.97-4.2750.058860.050.92899.6
4.27-4.76.20.0448820.0440.986100
4.7-5.386.50.0449120.0440.879100
5.38-6.786.50.0489250.0480.919100
6.78-506.10.0329850.0321.17199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4RG3

4rg3


解像度: 2.51→66.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 13.466 / SU ML: 0.284 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2641 1678 10.1 %RANDOM
Rwork0.1825 ---
all0.1908 16591 --
obs0.1908 16591 94.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 92.39 Å2 / Biso mean: 39.2568 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.13 Å20 Å20 Å2
2---1.39 Å20 Å2
3---2.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→66.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3872 0 119 53 4044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194107
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7951.9695632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90938322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8335509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15923.657175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.45515545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7691520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7523.8272042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.753.8272041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2065.7352549
LS精密化 シェル解像度: 2.507→2.573 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.401 99 -
Rwork0.326 872 -
all-971 -
obs-971 75.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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