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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rg3 | ||||||
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タイトル | Epsilon-caprolactone-bound crystal structure of cyclohexanone monooxygenase in the Tight conformation | ||||||
要素 | Cyclohexanone monooxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Baeyer-Villiger monooxygenase / Baeyer-Villiger oxidation / biocatalysis / flavoprotein / green chemistry / protein engineering / Rossmann fold / FAD / NADPH / cyclohexanone / oxygen / Cytosolic (bacterial) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodococcus sp. HI-31 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Yachnin, B.J. / Berghuis, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014 タイトル: Lactone-bound structures of cyclohexanone monooxygenase provide insight into the stereochemistry of catalysis. 著者: Yachnin, B.J. / McEvoy, M.B. / MacCuish, R.J. / Morley, K.L. / Lau, P.C. / Berghuis, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rg3.cif.gz | 125.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rg3.ent.gz | 92.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rg3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rg3_validation.pdf.gz | 984.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rg3_full_validation.pdf.gz | 992.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rg3_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rg3_validation.cif.gz | 32.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rg3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/4rg3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is the same as asym. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60808.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. HI-31 (バクテリア) 遺伝子: chnB, chnB1 / プラスミド: pJW234 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: C0STX7, cyclohexanone monooxygenase |
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-非ポリマー , 5種, 142分子
#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
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#3: 化合物 | ChemComp-NAP / |
#4: 化合物 | ChemComp-ECE / |
#5: 化合物 | ChemComp-BCN / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.15 % / Mosaicity: 0.802 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 60% PEG 3350, 0.1 M bicine, 0.1 M epsilon-caprolactone, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949216062007 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日 詳細: Vertical Focusing Mirror: ultra-low expansion (ULE) titanium siliicate flat mirror with Pt, Uncoated, and Pd strips | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949216062007 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.94→25 Å / Num. all: 36410 / Num. obs: 36410 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 9.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3UCL 解像度: 1.94→24.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.038 / SU ML: 0.114 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 78.21 Å2 / Biso mean: 30.2361 Å2 / Biso min: 16.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→24.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.944→1.995 Å / Total num. of bins used: 20
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