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- PDB-4rfb: 1.93 Angstrom Crystal Structure of Superantigen-like Protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rfb
タイトル1.93 Angstrom Crystal Structure of Superantigen-like Protein from Staphylococcus aureus in Complex with Sialyl-Lewis X.
要素Putative uncharacterized protein
キーワードTOXIN / Sialyl-Lewis X / Superantigen-like Protein / CSGID / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal ...Staphylococcus aureus exotoxin / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal superantigen-like OB-fold domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sialyl-Lewis X antigen, beta anomer / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Superantigen-like protein SSL6
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. ...Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.93 Angstrom Crystal Structure of Superantigen-like Protein from Staphylococcus aureus in Complex with Sialyl-Lewis X.
著者: Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural ...著者: Minasov, G. / Nocadello, S. / Shuvalova, L. / Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Dubrovska, I. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,67119
ポリマ－102,6444
非ポリマー4,02615
水8,485471
1
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,36210
ポリマ－51,3222
非ポリマー2,0408
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
2
C: Putative uncharacterized protein
D: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,3099
ポリマ－51,3222
非ポリマー1,9877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.640, 108.199, 167.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein


分子量: 25661.123 Da / 分子数: 4 / 断片: Superantigen-like Protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_00391 / プラスミド: pET 15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q2G1S5
#2: 多糖
N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Sialyl-Lewis X antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 820.744 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Sialyl-Lewis X antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3-4/a3-b1_a4-c1_c3-d2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 482分子

#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 7.4mG/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris-HCl (pH 8.3); Screen: PEGsII (F12), 0.8M Lithium chloride, 0.1M Tris (pH 8.5), 32% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97875 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月20日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si{1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→30 Å / Num. all: 61498 / Num. obs: 61498 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3076 / Rsym value: 0.552 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V05

3v05


解像度: 1.93→28.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 6.359 / SU ML: 0.102
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21829 2997 5.1 %RANDOM
Rwork0.16855 ---
all0.17106 56257 --
obs0.17106 56257 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.297 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.26 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å2-0 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→28.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6405 0 265 471 7141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196955
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6372.0289311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.722315822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7145802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.51225.25320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.993151455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8671531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8491.923169
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8491.9193168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6972.8573984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6972.8583985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8952.4273786
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8952.4273786
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5413.4685332
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.85516.77966
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.7916.3897824
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 221 -
Rwork0.179 4059 -
obs-2997 99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.559-1.0092-0.18720.6923-0.11073.05920.0030.1947-0.2325-0.0233-0.1136-0.02660.21110.08240.11060.0916-0.0295-0.00960.04450.01570.0888-11.0821-17.434728.0864
21.0545-0.77220.2292.2842-2.9277.1813-0.08310.0481-0.0445-0.1011-0.069-0.11070.25580.21630.15210.0517-0.00350.01350.02070.00570.0944-7.5052-19.973530.6354
30.1341-0.1334-0.54182.10110.00192.5777-0.04470.0698-0.05030.17420.04080.28970.2421-0.32230.00390.0903-0.03510.01050.12650.03940.1807-22.5606-18.290950.2015
41.68430.2784-0.30471.51710.16261.4062-0.05930.0151-0.01330.01230.04670.10180.0244-0.16020.01250.0373-0.00540.00630.04480.02980.0737-21.8102-13.175844.3898
56.4177-0.87732.21090.1334-0.09714.2747-0.0346-0.0811-0.06230.02510.03830.00860.40540.2111-0.00370.12540.04480.03860.09650.02280.09040.07542.174918.749
61.8865-1.0827-0.10263.024-0.83954.3645-0.0412-0.01-0.03530.20870.0370.1151-0.0045-0.29880.00420.0567-0.0170.02850.14410.0280.066-22.9728-1.958315.4715
70.93860.8760.53822.61870.79261.2106-0.03110.04460.1266-0.2254-0.0042-0.0094-0.1496-0.03960.03530.07660.0160.02950.07140.03790.0526-11.279712.865516.5157
81.2245-0.0080.11471.980.3112.17510.00940.02130.15790.0261-0.0002-0.0787-0.13210.117-0.00920.05360.01140.01950.03790.02340.0484-5.763714.038323.495
91.5275-0.1361-0.19530.86110.18562.21660.0232-0.19680.10550.1011-0.02670.0211-0.0056-0.26960.00350.0301-0.03620.00160.1277-0.02580.0609-22.37760.799180.4095
101.2631-0.3368-0.21982.69820.43521.96770.0097-0.1703-0.15380.2378-0.0222-0.20410.3012-0.01460.01250.0788-0.0307-0.03780.12050.02320.0727-14.6102-11.676480.4335
113.53391.92840.42962.68850.38562.6152-0.02810.0937-0.2367-0.10780.034-0.18270.31260.1518-0.00590.06330.0228-0.02210.0642-0.00520.0993-7.0143-14.845673.1001
123.50470.4809-0.61072.07130.45521.81570.11140.0102-0.2216-0.0266-0.0489-0.12750.2795-0.0377-0.06250.0892-0.0201-0.04390.1009-0.0070.0597-12.0672-13.759771.6732
131.9510.54580.38741.0971-0.29052.47220.0592-0.00870.33940.0309-0.1221-0.0553-0.21670.02880.06290.1036-0.00510.00710.0508-0.0210.1533-16.099516.721766.6354
140.81561.0389-1.38092.0163-2.62295.1188-0.096-0.03090.17610.0160.0179-0.1258-0.19410.02940.07820.1848-0.002-0.02120.0935-0.03010.2497-16.220419.511462.0018
152.09020.27590.12882.2050.43812.0698-0.05470.10210.1041-0.3065-0.03520.2486-0.105-0.21550.08990.11690.0277-0.05310.05530.02370.1008-27.72749.736347.5855
161.2284-0.13840.67121.76430.57412.23860.04870.0020.1183-0.1496-0.07040.15290.0238-0.03330.02170.10320.0096-0.00440.02370.01910.0641-22.17518.127150.105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A92 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3A129 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4A164 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5B38 - 52
6X-RAY DIFFRACTION6B53 - 96
7X-RAY DIFFRACTION7B97 - 158
8X-RAY DIFFRACTION8B159 - 231
9X-RAY DIFFRACTION9C39 - 97
10X-RAY DIFFRACTION10C98 - 167
11X-RAY DIFFRACTION11C168 - 201
12X-RAY DIFFRACTION12C202 - 231
13X-RAY DIFFRACTION13D39 - 96
14X-RAY DIFFRACTION14D97 - 130
15X-RAY DIFFRACTION15D131 - 205
16X-RAY DIFFRACTION16D206 - 231

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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