PDB-4rf6: Crystal structure of double-domain arginine kinase from Anthopleu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4rf6

タイトル

Crystal structure of double-domain arginine kinase from Anthopleura japonicas

要素

Arginine kinase

キーワード

TRANSFERASE / double domain / tandem domain / phosphagen kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

arginine kinase / arginine kinase activity / phosphocreatine biosynthetic process / creatine kinase activity / extracellular space / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Anthopleura japonica (ヨロイイソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Wang, Z. / Qiao, Z. / Ye, S. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure of a double-domain phosphagen kinase reveals an asymmetric arrangement of the tandem domains.
著者: Wang, Z. / Qiao, Z. / Ye, S. / Zhang, R.

履歴

登録	2014年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4rf6.cif.gz	580 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4rf6.ent.gz	475.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4rf6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4rf6_validation.pdf.gz	435.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4rf6_full_validation.pdf.gz	445.9 KB	表示
XML形式データ	4rf6_validation.xml.gz	63.4 KB	表示
CIF形式データ	4rf6_validation.cif.gz	95.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/4rf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/4rf6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rf7C 4rf8C 4rf9C 3ju5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qiv-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#30 - 2002年6月グルタミン合成酵素 (Glutamine Synthetase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arginine kinase

B: Arginine kinase

161 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arginine kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Arginine kinase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.439, 58.913, 162.129
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.96, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arginine kinase / AK 分子量: 80442.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anthopleura japonica (ヨロイイソギンチャク) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O15992, arginine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.02M Tris, 0.05 NaCl, 0.005M MgCl2, 0.005M ADP, 0.1M Bis-Tris, 20% PEG5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.03317 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月19日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→47.7 Å / Num. all: 107014 / Num. obs: 102413 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.95→1.99 Å / % possible all: 65.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX	(phenix.phaser)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3JU5

3ju5

解像度: 1.95→47.655 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	4687	5.04 %	random
R_work	0.1724	-	-	-
all	0.176	107014	-	-
obs	0.1745	93081	86.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11014	0	0	1538	12552

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	11299
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.936	15251
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.065	4296
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1652
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1989

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.9722	0.2914	68	0.2263	1278	X-RAY DIFFRACTION	38
1.9722-1.9954	0.2334	79	0.2079	1482	X-RAY DIFFRACTION	44
1.9954-2.0197	0.2758	87	0.2	1694	X-RAY DIFFRACTION	50
2.0197-2.0453	0.2839	101	0.2122	1875	X-RAY DIFFRACTION	56
2.0453-2.0722	0.2459	106	0.2016	2045	X-RAY DIFFRACTION	61
2.0722-2.1006	0.2299	127	0.1927	2353	X-RAY DIFFRACTION	70
2.1006-2.1306	0.2379	138	0.1927	2547	X-RAY DIFFRACTION	77
2.1306-2.1624	0.2263	133	0.1992	2751	X-RAY DIFFRACTION	80
2.1624-2.1962	0.2438	132	0.1909	2763	X-RAY DIFFRACTION	83
2.1962-2.2322	0.268	147	0.1868	2866	X-RAY DIFFRACTION	85
2.2322-2.2707	0.2085	185	0.1869	2991	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2707-2.3119	0.2243	169	0.1861	3001	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3119-2.3564	0.2303	172	0.1867	3152	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3564-2.4045	0.2337	151	0.1936	3224	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4045-2.4568	0.2656	179	0.1877	3352	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4568-2.5139	0.2374	188	0.1813	3338	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5139-2.5768	0.2713	184	0.182	3400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5768-2.6465	0.2169	169	0.1779	3340	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6465-2.7243	0.2202	194	0.1782	3360	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7243-2.8123	0.238	156	0.1776	3414	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8123-2.9128	0.2153	196	0.184	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9128-3.0294	0.2286	172	0.174	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0294-3.1672	0.2172	194	0.1646	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1672-3.3342	0.1837	190	0.1601	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3342-3.543	0.1676	178	0.1538	3409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.543-3.8164	0.1836	176	0.1494	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8164-4.2003	0.1789	188	0.1434	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2003-4.8076	0.173	169	0.141	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8076-6.0551	0.225	194	0.1763	3449	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0551-47.669	0.1973	165	0.1906	3563	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1715	-0.5095	-0.2231	1.0439	-0.3703	0.9976	0.0717	0.0379	0.1373	-0.1231	0.0416	-0.1693	0.1295	0.3394	0.0071	0.2554	0.0763	0.0263	0.3314	-0.0151	0.2321	28.6657	9.0372	-28.9774
2	0.1976	-0.1071	0.2555	0.2293	-0.0938	0.5021	0.035	-0.1054	-0.045	-0.006	0.1227	0.1106	0.2271	-0.0632	0.1056	0.1622	0.004	-0.0066	0.1262	0.0063	0.1265	15.9257	9.7613	-5.5925
3	0.0069	-0.0202	0.0303	0.0255	-0.0376	0.0624	0.02	0.0312	-0.0131	-0.0279	0.1108	-0.0489	0.293	0.2335	0.3003	0.2958	0.4002	-0.0362	0.1447	-0.0336	0.1459	36.4309	3.64	18.5566
4	0.2346	-0.0102	-0.0095	0.0678	-0.0282	0.4708	0.0742	0.0653	0.119	-0.058	-0.105	-0.1391	-0.3136	-0.0328	-0.0131	0.1572	0.13	0.0276	0.1131	0.0313	0.1444	24.1739	26.842	31.498
5	0.1493	-0.018	0.0355	0.3107	0.0631	0.479	0.1246	0.092	0.2248	-0.2166	-0.136	-0.1571	-0.3782	-0.1227	0.0129	0.2152	0.0663	0.0579	0.0901	0.0323	0.2538	25.7225	37.5497	42.2675
6	0.273	-0.1249	-0.0022	0.3313	-0.2758	0.4769	-0.0539	0.0206	0.0216	0.0003	-0.0169	-0.0966	0.1143	-0.0654	-0.1487	0.0866	-0.027	-0.0049	0.0923	-0.0049	0.0839	2.887	28.9611	122.0675
7	0.6533	-0.1664	-0.751	1.1676	-0.6538	1.54	0.0649	-0.1332	0.1835	0.0027	-0.0257	-0.2338	-0.2961	0.1969	-0.051	0.1749	-0.0047	0.03	0.2215	-0.0171	0.2011	2.5516	47.5057	106.998
8	0.0984	-0.0523	-0.0728	0.2696	0.0472	0.5364	-0.0134	0.0004	0.026	0.0803	0.0366	-0.1642	0.0466	0.0652	0.1046	0.0745	0.0253	-0.0321	0.1026	-0.0001	0.1316	21.2037	33.9124	76.3708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 0:63 )	A	0 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 64:290 )	A	64 - 290
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 291:405 )	A	291 - 405
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 406:578 )	A	406 - 578
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 579:714 )	A	579 - 714
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 0:290 )	B	0 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 291:340 )	B	291 - 340
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 341:713 )	B	341 - 713

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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