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万見
- PDB-4rev: Structure of the dirigent protein DRR206 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rev
タイトルStructure of the dirigent protein DRR206
要素Disease resistance response protein 206
キーワードPLANT PROTEIN / beta-barrel / stereoselective coupling / coniferyl alcohol
機能・相同性Dirigent protein / Dirigent-like protein / Allene oxide cyclase/Dirigent protein / phenylpropanoid biosynthetic process / apoplast / defense response / 2,3-DIMETHYLIMIDAZOLIUM ION / Disease resistance response protein 206
機能・相同性情報
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kim, K.-Y. / Smith, C.A. / Merkley, E.D. / Cort, J.R. / Davin, L.B. / Lewis, N.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Trimeric Structure of (+)-Pinoresinol-forming Dirigent Protein at 1.95 angstrom Resolution with Three Isolated Active Sites.
著者: Kim, K.W. / Smith, C.A. / Daily, M.D. / Cort, J.R. / Davin, L.B. / Lewis, N.G.
履歴
登録2014年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disease resistance response protein 206
B: Disease resistance response protein 206
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8257
ポリマ－36,4732
非ポリマー3525
水81145
1
A: Disease resistance response protein 206
ヘテロ分子

A: Disease resistance response protein 206
ヘテロ分子

A: Disease resistance response protein 206
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9866
ポリマ－54,7103
非ポリマー2763
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area16450 Å2
手法PISA
2
B: Disease resistance response protein 206
ヘテロ分子

B: Disease resistance response protein 206
ヘテロ分子

B: Disease resistance response protein 206
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,49015
ポリマ－54,7103
非ポリマー78012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area16650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.416, 88.416, 196.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

CL

21B-204-

CL

31A-304-

HOH

41A-306-

HOH

51B-306-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Disease resistance response protein 206 / Dirigent protein PI206


分子量: 18236.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pisum sativum (エンドウ) / 参照: UniProt: P13240
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-DMI / 2,3-DIMETHYLIMIDAZOLIUM ION / 1,2-ジメチルイミダゾリウム


分子量: 97.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9N2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.38 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 4% 1-butyl-2,3-dimethylimidazolium tetrafluoroborate (w/v), 0.1M Bis-Tris propane pH 7.8, and 35% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.98093 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→38.5 Å / Num. all: 21935 / Num. obs: 21935 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.661 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→35.001 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.83 / 位相誤差: 27.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2572 1134 5.18 %random
Rwork0.2029 ---
obs0.2055 21887 99.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→35.001 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 21 45 2122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.362890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.605711
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06311
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9501-2.03880.30441420.24452555X-RAY DIFFRACTION100
2.0388-2.14630.29941680.23512535X-RAY DIFFRACTION100
2.1463-2.28080.29111500.21422545X-RAY DIFFRACTION100
2.2808-2.45680.27071160.21132610X-RAY DIFFRACTION100
2.4568-2.7040.29911480.21392565X-RAY DIFFRACTION100
2.704-3.09510.22741470.20632594X-RAY DIFFRACTION100
3.0951-3.89860.20971430.19062612X-RAY DIFFRACTION100
3.8986-35.00690.27561200.19832737X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09220.62480.32162.76650.78760.7140.2122-0.2879-0.55680.7935-0.1294-0.39370.29080.16190.0890.4608-0.0441-0.08730.51820.13160.4363-32.7158-30.53682.9691
22.9262-0.29820.5245.05940.5743.70190.0698-0.4339-0.25350.6591-0.3019-0.6637-0.18510.78290.1950.28690.0001-0.10820.4328-0.01990.3965-29.0504-20.9317.6776
38.08742.6403-1.73095.1313-0.81388.49170.1255-0.07590.15750.204-0.0445-0.3680.04250.44660.00560.25470.0177-0.05590.293-0.02990.3028-33.3297-21.0345-0.6964
46.388-1.22362.7243.7827-0.14756.31850.0529-0.1617-0.49810.3689-0.0012-0.4670.13350.6982-0.02040.25080.0018-0.01920.38340.04930.3297-30.4248-25.6256-3.7368
52.4723-0.66050.81061.2804-0.05321.42890.03030.4784-0.8079-0.3271-0.1602-0.18690.20010.09140.04760.5766-0.13240.07220.3806-0.1230.418-1.192-12.563622.469
66.94472.5627-0.85094.732-2.50346.0598-0.1980.7544-0.7029-0.1287-0.134-0.03870.1789-0.80830.50230.4604-0.0866-0.06180.5359-0.19140.4407-11.4823-11.579717.1683
72.3623-0.12291.45477.571-1.18197.51310.0390.2327-0.1388-0.1916-0.00870.14340.347-0.36770.1430.3177-0.0413-0.03440.3418-0.0560.1881-8.5374-7.580624.903
83.59761.08731.63933.59961.74586.19030.07570.3779-0.6266-0.06550.09010.00660.7670.1221-0.14860.40090.0047-0.01530.3072-0.03250.2976-6.1702-12.274127.8494
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 28 through 74 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 105 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 110 through 135 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 138 through 184 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 28 through 74 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 75 through 104 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 110 through 135 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 138 through 184 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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