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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4reu | ||||||
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タイトル | Revelation of Endogenously bound Fe2+ ions in the Crystal Structure of Ferritin from Escherichia coli | ||||||
![]() | Ferritin | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Ferritin / Iron-binding / binuclear metal binding | ||||||
機能・相同性 | Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha / : / : / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thiruselvam, V. / Ponnuswamy, M.N. / Kumarevel, T.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Revelation of endogenously bound Fe(2+) ions in the crystal structure of ferritin from Escherichia coli. 著者: Thiruselvam, V. / Sivaraman, P. / Kumarevel, T. / Ponnuswamy, M.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 219 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 511.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 531.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1eumS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 19311.564 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ftn, ECMDS42_1565 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 259分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FE / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-MES / | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.28 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10mM Mg hexahydrtae, 2.0M Lithium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月23日 / 詳細: Si III |
放射 | モノクロメーター: Si II / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 45052 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 13.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4667 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EUM 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.933 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.757 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
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