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万見
- PDB-4re3: Different transition state conformations for the hydrolysis of be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4re3
タイトルDifferent transition state conformations for the hydrolysis of beta-mannosides and beta-glucosides in the rice Os7BGlu26 family GH1 beta-mannosidase/beta-glucosidase
要素Beta-mannosidase/beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / GH1
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-mannosidase / beta-D-fucosidase activity / beta-mannosidase activity / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUCOIMIDAZOLE / Beta-glucosidase / Beta-mannosidase/beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Indica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Tankrathok, A. / Iglesias-Fernandez, J. / Williams, R.J. / Hakki, Z. / Robinson, R.C. / Hrmova, M. / Rovira, C. / Williams, S.J. / Ketudat Cairns, J.R.
引用ジャーナル: ACS CATALYSIS / 年: 2015
タイトル: A Single Glycosidase Harnesses Different Pyranoside Ring Transition State Conformations for Hydrolysis of Mannosides and Glucosides
著者: Tankrathok, A. / Iglesias-Fernandez, J. / Williams, R.J. / Pengthaisong, S. / Baiya, S. / Hakki, Z. / Robinson, R.C. / Hrmova, M. / Rovira, C. / Williams, S.J. / Ketudat Cairns, J.R.
履歴
登録2014年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-mannosidase/beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6348
ポリマ－57,7041
非ポリマー9307
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.100, 73.209, 134.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-mannosidase/beta-glucosidase / Os7BGlu26


分子量: 57703.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Indica Group (イネ) / プラスミド: pET32A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosettagami DE3
参照: UniProt: B5ABY0, UniProt: A2YPH1*PLUS, beta-mannosidase

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非ポリマー , 5種, 126分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GIM / GLUCOIMIDAZOLE / (5S,6S,7R,8R)-5-(HYDROXYMETHYL)-1,5,6,7,8,8A-HEXAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-6,7,8-TRIOL


分子量: 201.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 0.8M K/Na tartrate, 0.1 M HEPES, pH 7.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 22658 / Num. obs: 22658 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JHO

4jho


解像度: 2.55→24.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.318 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21316 1153 5.1 %RANDOM
Rwork0.17527 ---
obs0.17725 21454 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2--1.87 Å20 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→24.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3934 0 61 119 4114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.945689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9865494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98523.052213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.64815631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4381528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22878
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8851.52497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09523927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.89231994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7044.51762
LS精密化 シェル解像度: 2.545→2.611 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 83 -
Rwork0.211 1547 -
obs--98.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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