ソフトウェア 名称 バージョン 分類 SBC-Collectデータ収集 HKL-3000データ収集 HKL-3000位相決定 SHELXS位相決定 MLPHARE位相決定 直接法モデル構築 PHENIX(phenix.refine: dev_1745)精密化 HKL-3000データ削減 HKL-3000データスケーリング 直接法位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 2.999→38.508 Å / Isotropic thermal model : mixed / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 位相誤差 : 26.3 / 立体化学のターゲット値 : TWIN_LSQ_FRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.237 461 4.81 % random Rwork 0.195 - - - all 0.197 9583 - - obs 0.197 9583 99.72 % -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso mean : 95.9 Å2 精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.999→38.508 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 3129 0 2 6 3137
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.005 3207 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.845 4337 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d17.78 1194 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.034 505 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.004 576
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs : 95 %
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection obs 3.0018-3.4337 0.2976 144 0.2715 3025 3169 3.4337-4.3167 0.2566 156 0.2003 3017 3171 4.3167-18.3098 0.2091 161 0.1707 3032 3193
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 4) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 4.2498 -1.0071 1.0741 5.0408 -3.2817 3.6752 -0.3588 0.1829 -0.3687 -0.0843 0.0049 -0.9204 0.4159 0.9366 0.3034 0.8401 0.3216 -0.097 0.7088 -0.0623 0.8629 -16.8185 44.5142 -25.7003 2 4.1145 -0.6654 1.4055 4.5922 -1.8685 6.414 0.3463 -0.1161 -0.2993 -0.3611 -0.0648 0.5044 0.3896 -0.1393 -0.3828 0.6189 0.1128 0.002 0.4709 0.0349 0.582 -0.682 12.7023 3.189 3 7.4788 -0.8089 2.4823 6.3961 -1.7448 6.4338 0.0334 0.0896 1.1955 -0.0551 -0.1504 0.1284 -0.6992 -0.592 0.2396 0.686 0.1956 0.054 0.6951 0.1013 0.5511 -1.246 24.7294 4.6936 4 4.2877 0.3247 0.0168 4.8285 -1.848 5.9763 -0.1701 -0.4045 0.157 -0.0756 0.5875 0.3051 0.2171 -0.3397 -0.2252 0.663 0.1793 -0.104 0.5796 0.0082 0.639 -28.3099 50.8247 -23.8302
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and (resid 14 through 115 )2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and (resid 116 through 217 )3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'B' and (resid 14 through 115 )4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'B' and (resid 116 through 217 )