[日本語] English
万見
- PDB-4rbu: PduA K26A S40Q mutant, from Salmonella enterica serovar Typhimuri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rbu
タイトルPduA K26A S40Q mutant, from Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2
要素Propanediol utilization protein PduA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacterial Micrcompartment shell protein
機能・相同性
機能・相同性情報


propanediol degradation polyhedral organelle / propanediol catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC ...: / BMC (bacterial microcompartment) domain / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial microcompartment shell protein PduA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Chun, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Selective molecular transport through the protein shell of a bacterial microcompartment organelle.
著者: Chowdhury, C. / Chun, S. / Pang, A. / Sawaya, M.R. / Sinha, S. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A.
履歴
登録2014年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
C: Propanediol utilization protein PduA
D: Propanediol utilization protein PduA
E: Propanediol utilization protein PduA
F: Propanediol utilization protein PduA
G: Propanediol utilization protein PduA
H: Propanediol utilization protein PduA
I: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,22414
ポリマ－93,7449
非ポリマー4805
水46826
1
A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
C: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子

A: Propanediol utilization protein PduA
B: Propanediol utilization protein PduA
C: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,26414
ポリマ－62,4966
非ポリマー7698
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area11640 Å2
ΔGint-188 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
2
D: Propanediol utilization protein PduA
E: Propanediol utilization protein PduA
F: Propanediol utilization protein PduA
G: Propanediol utilization protein PduA
H: Propanediol utilization protein PduA
I: Propanediol utilization protein PduA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5927
ポリマ－62,4966
非ポリマー961
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11060 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area19450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.630, 108.630, 336.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質
Propanediol utilization protein PduA


分子量: 10415.987 Da / 分子数: 9 / 変異: K26A, S40Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: PduA / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P0A1C7
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: 2M AmSO4, 0.1M Cacodylate buffer pH 6.5, 0.2M NaCl, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→94.08 Å / Num. obs: 30282 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 80.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.342 / Net I/σ(I): 11.04
反射 シェル解像度: 2.79→2.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.023 / Mean I/σ(I) obs: 1.84 / % possible all: 95.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NGK

3ngk


解像度: 2.79→94.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8576 / SU R Cruickshank DPI: 0.523 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 3023 10 %RANDOM
Rwork0.2285 ---
obs0.2309 30231 99.93 %-
all-30231 --
原子変位パラメータBiso mean: 60.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.2065 Å20 Å20 Å2
2--9.2065 Å20 Å2
3----18.413 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.462 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→94.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5436 0 25 26 5487
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015501HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.277502HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1876SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes109HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes831HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5501HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.55
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion799SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6416SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.79→2.89 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3358 285 9.99 %
Rwork0.2726 2567 -
all0.2789 2852 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99620.1419-0.63576.1242-0.26482.3087-0.03780.1188-0.26340.0308-0.1610.54360.3215-0.36390.1987-0.06460.0115-0.01370.0167-0.0049-0.217549.4838-21.3047-0.3371
2-1.4609-0.2949-1.03116.33961.52716.48180.05690.08220.16660.46350.02330.48180.4663-0.16-0.0802-0.0921-0.04380.01770.00690.0085-0.164850.0779-11.381518.6749
3-0.61292.17260.22756.9117-0.00987.2749-0.03820.1512-0.0002-0.29410.14110.24060.2298-0.4487-0.1028-0.14090.0345-0.0431-0.0202-0.0242-0.125350.0106-10.313-19.0496
44.1625-2.9427-0.97452.15921.44484.5158-0.05730.12620.5510.1517-0.047-0.2941-0.49040.33180.1043-0.0042-0.0694-0.0005-0.01910.022-0.221472.6419-27.25570.0789
55.5328-2.40521.33481.4509-0.69565.0239-0.4747-0.33240.12610.38830.509-0.5241-0.29150.1025-0.0343-0.06880.0583-0.06010.0482-0.0605-0.233881.4847-33.38118.3383
66.2751-2.9614-1.62823.1615-0.31237.10740.14890.26980.4734-0.2232-0.2374-0.2213-0.42610.08630.0884-0.1303-0.0409-0.0188-0.05330.018-0.196482.9704-32.8322-18.1583
76.8578-1.9216-1.25752.1291-0.58483.9945-0.1248-0.02230.67480.1435-0.0427-0.3979-0.43640.26510.1675-0.00370.0165-0.0416-0.1459-0.0476-0.1452110.1541-49.37980.346
83.5332-3.36170.30972.4967-0.53115.59220.20580.37720.51290.03540.00280.16390.28150.2867-0.2086-0.12590.00760.0087-0.02730.0281-0.1059100.6797-44.8526-18.2743
98.1213-2.9420.46065.83243.358710.5354-0.3096-0.58780.26220.76940.5321-0.53030.19030.2041-0.22250.05830.1733-0.1056-0.1453-0.003-0.330699.8513-43.721218.8609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|4 - A|90 }A4 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|4 - B|90 }B4 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|4 - C|91 }C4 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|3 - D|91 }D3 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|4 - E|92 }E4 - 92
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|4 - F|92 }F4 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|2 - G|90 }G2 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|4 - H|90 }H4 - 90
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|4 - I|90 }I4 - 90

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る