PDB-4ra7: Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from At...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ra7

タイトル

Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with nafcillin

要素

Peptidoglycan glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / penicillin-binding protein / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / glycosyltransferase activity / penicillin binding / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Atopobium parvulum DSM 20469 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with nafcillin
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2014年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ra7.cif.gz	323.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ra7.ent.gz	263.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ra7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4ra7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ra/4ra7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jbfS 4n1x 4qjg 4r0q 4r1g 4r23 4r3j S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jbf-2 4r1g-2 4r1g-1 4qjg-1 4r0q-2 4r23-2 4n1x-2 4r23-1 4r0q-1 3uo8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc110119

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan glycosyltransferase

B: Peptidoglycan glycosyltransferase

ヘテロ分子

95 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidoglycan glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidoglycan glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.399, 70.059, 114.567
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peptidoglycan glycosyltransferase 分子量: 47088.102 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 505-954 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Atopobium parvulum DSM 20469 (バクテリア) 株: ATCC 33793 / DSM 20469 / JCM 10300 / VPI 0546 / 遺伝子: Apar_1344 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) magic / 参照: UniProt: C8W8H7, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-NXU / (2R,4S)-2-[(1R)-2-hydroxy-1-{[(2-hydroxynaphthalen-1-yl)carbonyl]amino}ethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid 分子量: 390.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₂N₂O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium Iodide, 0.1 M Bis-Tris propane, 20 % PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月15日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→30 Å / Num. all: 79452 / Num. obs: 79452 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 29.3
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JBF

4jbf

解像度: 1.94→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 8.384 / SU ML: 0.11 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19901	3984	5 %	RANDOM
R_work	0.1613	-	-	-
obs	0.16322	75451	99.26 %	-
all	-	75451	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.549 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.74 Å²	0 Å²	1.63 Å²
2-	-	-5.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5983	0	54	367	6404

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	6151
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.701	1.974	8393
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.793	3	13099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.398	5	827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.752	24.955	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.61	15	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.475	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.156	0.2	996
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	7153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.998	3.052	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.998	3.051	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.993	4.561	4147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.993	4.562	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.793	3.399	2825
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.793	3.4	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.058	4.986	4247
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.043	27.05	7101
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.998	26.544	6952
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.94→1.989 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	272	-
R_work	0.269	5267	-
obs	-	-	93.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9353	-2.6494	-1.3601	7.9258	0.1412	3.5624	-0.2719	-0.4172	-0.1516	-0.2475	0.0612	-1.0876	0.4933	0.5698	0.2107	0.1532	0.13	0.1737	0.2494	0.0877	0.5866	4.5299	0.7189	-47.7975
2	5.885	-2.9845	-2.191	3.2963	1.9575	2.5261	-0.2454	-0.6924	-0.3814	-0.1487	0.0352	-0.5998	0.3008	0.143	0.2103	0.3858	0.0736	0.1063	0.2789	0.1223	0.6653	1.5758	-2.5404	-43.2908
3	0.9863	-1.1696	-0.1735	1.694	0.6375	0.9792	0.2985	-0.107	0.2644	-0.4779	0.0154	-0.4994	-0.302	0.117	-0.3139	0.3356	-0.0217	0.0402	0.2421	-0.0141	0.3208	-0.9899	-3.6915	-55.5076
4	1.9811	-0.3412	-0.2301	3.2691	-0.9048	1.6631	-0.0807	-0.1516	-0.0381	-0.0091	0.0597	-0.5398	0.2133	0.1932	0.0209	0.0848	0.0092	-0.0452	0.1545	-0.0295	0.1302	-8.5231	9.0329	-43.2427
5	0.9591	-0.5933	0.1938	2.2804	-0.1592	0.5879	0.0409	-0.0243	0.0125	-0.1694	0.027	0.0033	-0.0302	-0.0172	-0.0678	0.1038	-0.0206	0.0063	0.1479	0.002	0.0092	-27.2607	22.7278	-51.494
6	2.0723	0.363	0.0093	3.0133	-0.3803	1.6508	-0.1035	-0.2761	0.1427	0.3167	0.0995	-0.2429	-0.0264	-0.0462	0.004	0.1311	0.0007	-0.039	0.1822	-0.0435	0.0359	-20.6131	22.0099	-37.555
7	2.1254	3.6822	1.8452	7.5915	2.1468	6.2578	-0.2915	0.4151	-0.0003	-0.2581	0.1894	-0.7446	-0.741	0.8901	0.1021	0.1741	-0.1828	-0.0287	0.3912	0.1649	0.8261	-2.5437	47.1938	-8.8964
8	0.3543	-1.0956	-0.3348	3.6542	0.7352	1.8565	-0.1346	-0.0324	0.2364	0.3918	0.2365	-0.7526	0.1248	0.1551	-0.1019	0.1952	-0.0086	0.1289	0.1404	-0.0193	0.4975	-11.2849	49.3929	-9.8409
9	5.264	5.987	2.5308	6.9208	2.8889	1.2646	0.6763	-0.4622	0.1207	0.9844	-0.5957	0.315	0.4551	-0.1583	-0.0806	0.6136	-0.0247	0.0028	0.3856	-0.0454	0.839	2.6123	54.8966	5.4162
10	3.3664	1.7838	3.1776	2.844	0.2014	5.1483	-0.2029	0.2296	-0.0985	-0.3941	0.1313	-0.8815	-0.384	0.1766	0.0716	0.2703	0.006	0.3027	0.2323	0.007	0.6242	-10.992	36.9797	-13.3061
11	2.1915	0.7473	0.1496	3.7253	-1.7324	3.2539	-0.0761	0.1423	0.3153	-0.2621	0.2181	-0.3605	-0.2344	0.0346	-0.142	0.1433	0.01	0.1271	0.1618	0.0027	0.2546	-19.9039	39.3498	-14.3894
12	0.9311	0.1749	-0.204	3.0944	0.0146	0.6284	0.0649	0.0457	0.1523	-0.0116	-0.0039	0.224	0.0226	-0.016	-0.061	0.0316	0.0237	-0.0031	0.1375	0.0206	0.0524	-33.9701	24.7302	-5.9494
13	2.3562	-0.4479	-0.1618	3.8125	0.264	1.3279	0.0758	0.1931	0.1778	-0.6418	0.0513	-0.1573	-0.0454	0.0079	-0.1272	0.2004	0.0124	0.0431	0.1523	0.0237	0.03	-27.329	26.4186	-18.708

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	523 - 545
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	546 - 561
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	562 - 602
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	603 - 667
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	668 - 877
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	878 - 950
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	523 - 545
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	546 - 580
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	581 - 603
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	604 - 628
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	629 - 668
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	669 - 884
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	885 - 950

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万見 (Yorodumi)