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万見
- PDB-4r7e: Structure of Bre1 RING domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r7e
タイトルStructure of Bre1 RING domain
要素E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
キーワードLIGASE / zinc finger domain / E3 ubiquitin ligase / monoubiquitination of histone H2B at K123 / Rad6 / nucleosome / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


HULC complex / meiotic DNA double-strand break formation / telomere maintenance via recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA replication origin binding / subtelomeric heterochromatin formation / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase ...HULC complex / meiotic DNA double-strand break formation / telomere maintenance via recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA replication origin binding / subtelomeric heterochromatin formation / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / double-strand break repair via homologous recombination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / scaffold protein binding / transcription by RNA polymerase II / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / chromatin / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase Bre1 / BRE1 E3 ubiquitin ligase / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ring finger / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger RING-type profile. ...E3 ubiquitin ligase Bre1 / BRE1 E3 ubiquitin ligase / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Ring finger / Zinc finger C2H2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Kumar, P. / Wolberger, C.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Structure of the yeast Bre1 RING domain.
著者: Kumar, P. / Wolberger, C.
履歴
登録2014年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0163
ポリマ－7,8851
非ポリマー1312
水1629
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0326
ポリマ－15,7712
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area2070 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.765, 56.765, 134.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase BRE1 / Brefeldin A-sensitivity protein 1


分子量: 7885.266 Da / 分子数: 1 / 断片: RING domain (UNP residues 632-700) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: Bre1, YDL074C / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q07457, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 2.0 M ammonium sulfate and 0.1 mM sodium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月28日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: Silicon sensor / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→26.16 Å / Num. obs: 11396 / % possible obs: 98.85 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBF:VERSION 1.5データ収集
CBFlibv0.7.8データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.251→26.16 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 1130 9.92 %
Rwork0.2205 --
obs0.2231 11395 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→26.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数528 0 2 9 539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.236722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.892193
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00490
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2513-2.35370.39921530.34741296X-RAY DIFFRACTION100
2.3537-2.47770.32561340.30521292X-RAY DIFFRACTION99
2.4777-2.63280.30721440.28621288X-RAY DIFFRACTION100
2.6328-2.83580.29811490.27481299X-RAY DIFFRACTION100
2.8358-3.12080.31361400.2651281X-RAY DIFFRACTION100
3.1208-3.57140.33431390.24511311X-RAY DIFFRACTION100
3.5714-4.49590.20251400.18071266X-RAY DIFFRACTION98
4.4959-26.16130.20031310.19871232X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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