[日本語] English
万見
- PDB-4r6i: AtxA protein, a virulence regulator from Bacillus anthracis. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r6i
タイトルAtxA protein, a virulence regulator from Bacillus anthracis.
要素Anthrax toxin expression trans-acting positive regulator
キーワードTRANSCRIPTION / structural genomics / IDP01169 / AtxA / transcriptional activator / virulence regulator / DNA binding / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Mga helix-turn-helix domain / Mga helix-turn-helix domain / : / PRD domain / HTH domain / PRD domain / PRD domain superfamily / PRD domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anthrax toxin expression trans-acting positive regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Horton, L.B. / Koehler, T.M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of Bacillus anthracis virulence regulator AtxA and effects of phosphorylated histidines on multimerization and activity.
著者: Hammerstrom, T.G. / Horton, L.B. / Swick, M.C. / Joachimiak, A. / Osipiuk, J. / Koehler, T.M.
履歴
登録2014年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22015年2月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anthrax toxin expression trans-acting positive regulator
B: Anthrax toxin expression trans-acting positive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,6774
ポリマ－112,6562
非ポリマー1,0212
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area47960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.460, 135.167, 180.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 Anthrax toxin expression trans-acting positive regulator


分子量: 56327.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: atxA, BXA0146, GBAA_pXO1_0146, pXO1-119 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44636
#2: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.25 % / Mosaicity: 0.37 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3 M NaCL, 0.1 M Bis-Tris buffer, 0.2% N-dodecyl-beta-D-maltoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46.93 Å / Num. all: 46330 / Num. obs: 46330 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 78.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.703 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.76.70.8942.1722500.3670.9680.97699.9
2.7-2.746.70.74422890.3050.8050.95999.8
2.74-2.86.70.59422860.2440.6430.98999.9
2.8-2.856.70.52423160.2150.5671.00999.9
2.85-2.926.70.41822890.1710.4531.03799.9
2.92-2.986.70.34522990.1420.3731.067100
2.98-3.066.70.29622970.1220.3211.092100
3.06-3.146.70.23322990.0960.2521.137100
3.14-3.236.70.18823250.0770.2031.218100
3.23-3.346.70.14223280.0590.1541.294100
3.34-3.466.70.12222820.050.1321.464100
3.46-3.66.60.09723170.040.1061.563100
3.6-3.766.60.08623260.0350.0931.621100
3.76-3.966.60.07523320.030.0811.755100
3.96-4.216.60.06923380.0280.0741.872100
4.21-4.536.50.06323180.0260.0681.919100
4.53-4.996.40.06523460.0270.072.083100
4.99-5.716.40.07123440.030.0772.689100
5.71-7.196.20.07223890.030.0783.78999.9
7.19-505.90.05123600.0220.0555.06395.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.65→46.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 17.288 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2344 5.1 %RANDOM
Rwork0.1958 ---
all0.1986 43986 --
obs0.1986 43986 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.42 Å2 / Biso mean: 81.603 Å2 / Biso min: 44.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.3 Å20 Å20 Å2
2---39.35 Å2-0 Å2
3---31.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→46.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7598 0 70 72 7740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197875
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.98910632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.779318134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0825919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.12224.986355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.974151475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7341530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028529
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5526.8173682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5336.8163681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.62110.224593
LS精密化 シェル解像度: 2.653→2.722 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 177 -
Rwork0.273 3155 -
all-3332 -
obs-3332 97.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1501-0.06460.13460.252-0.36040.5554-0.0241-0.0136-0.0281-0.0653-0.0347-0.05270.065-0.00040.05880.0862-0.01140.02840.13440.01940.024352.664549.661325.029
20.1845-0.0365-0.230.32110.24310.61970.012-0.0312-0.0325-0.18540.03710.021-0.0369-0.1007-0.04910.1508-0.0861-0.0520.12870.08420.056433.047618.213428.2087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 601

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る