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万見
- PDB-4r6d: Modified mTFP* for enhanced metal binding: co-crystallization wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r6d
タイトルModified mTFP* for enhanced metal binding: co-crystallization with CuCl2
要素GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta barrel topology / engineered metalloenzyme / Diels-Alderase
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
類似検索 - 構成要素
生物種Clavularia sp. (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Fischer, J. / Quitterer, F. / Groll, M. / Eppinger, J.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Modified mTFP* for enhanced metal binding: co-crystallization with CuCl2
著者: Fischer, J. / Quitterer, F. / Groll, M. / Eppinger, J.
履歴
登録2014年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9523
ポリマ－24,8251
非ポリマー1272
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.198, 67.656, 84.271
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484


分子量: 24825.068 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 44-258
変異: H63Y, H80N, L82I, S100T, N101T, Q104A, L110F, A118P, D119N, M151L, R161Y, F162L, D163K, M165E, L179T, K180G, E182D, P183A, I187R, V196K, I199V, S200K, S202K, H210Y, C213V, S217T, K220R, ...変異: H63Y, H80N, L82I, S100T, N101T, Q104A, L110F, A118P, D119N, M151L, R161Y, F162L, D163K, M165E, L179T, K180G, E182D, P183A, I187R, V196K, I199V, S200K, S202K, H210Y, C213V, S217T, K220R, V224A, I239C, Y246H, L251V, N254S, Y259N, L261T, L262F
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clavularia sp. (無脊椎動物) / プラスミド: pET303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)gold / 参照: UniProt: Q9U6Y3
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25.9% PEG3000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月6日
放射モノクロメーター: BRUKER MICROSTAR MICRO-FOCUS (MONTEL OPTICS)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→70 Å / Num. all: 32546 / Num. obs: 32526 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4Q9W

4q9w


解像度: 1.55→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.44 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19397 1642 5.1 %RANDOM
Rwork0.15066 ---
obs0.1529 30761 99.75 %-
all-32403 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.456 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1746 0 2 310 2058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0191816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6081.9752457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75633937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2925219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08524.41986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18515319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.615158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212043
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2551.011864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2551.01863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4941.521081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4941.5211082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8811.315952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8811.315952
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0761.8421374
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.50710.7552270
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.6469.4942106
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.34533514
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free32.773571
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.34253707
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 107 -
Rwork0.294 2209 -
obs--99.31 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 15.9045 Å / Origin y: -2.5472 Å / Origin z: -3.564 Å
111213212223313233
T0.0014 Å20.0008 Å2-0.0005 Å2-0.0128 Å2-0 Å2--0.0084 Å2
L0.035 °2-0.0088 °2-0.0084 °2-0.0128 °2-0.0074 °2--0.0657 °2
S0.0022 Å °-0.001 Å °0.001 Å °-0.0036 Å °-0.0013 Å °0.0019 Å °0.0069 Å °0.0007 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 217
2X-RAY DIFFRACTION1A901 - 902
3X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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