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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r6d | ||||||
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タイトル | Modified mTFP* for enhanced metal binding: co-crystallization with CuCl2 | ||||||
![]() | GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484 | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / beta barrel topology / engineered metalloenzyme / Diels-Alderase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fischer, J. / Quitterer, F. / Groll, M. / Eppinger, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Modified mTFP* for enhanced metal binding: co-crystallization with CuCl2 著者: Fischer, J. / Quitterer, F. / Groll, M. / Eppinger, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4q9wS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24825.068 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 44-258 変異: H63Y, H80N, L82I, S100T, N101T, Q104A, L110F, A118P, D119N, M151L, R161Y, F162L, D163K, M165E, L179T, K180G, E182D, P183A, I187R, V196K, I199V, S200K, S202K, H210Y, C213V, S217T, K220R, ...変異: H63Y, H80N, L82I, S100T, N101T, Q104A, L110F, A118P, D119N, M151L, R161Y, F162L, D163K, M165E, L179T, K180G, E182D, P183A, I187R, V196K, I199V, S200K, S202K, H210Y, C213V, S217T, K220R, V224A, I239C, Y246H, L251V, N254S, Y259N, L261T, L262F 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25.9% PEG3000, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月6日 |
放射 | モノクロメーター: BRUKER MICROSTAR MICRO-FOCUS (MONTEL OPTICS) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→70 Å / Num. all: 32546 / Num. obs: 32526 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 4Q9W 解像度: 1.55→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.44 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.456 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.589 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 15.9045 Å / Origin y: -2.5472 Å / Origin z: -3.564 Å
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精密化 TLSグループ |
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