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- PDB-4r24: Complete dissection of B. subtilis nitrogen homeostatic circuitry -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r24
タイトルComplete dissection of B. subtilis nitrogen homeostatic circuitry
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')
  • HTH-type transcriptional regulator TnrA
キーワードtranscrption/DNA / TnrA / GS / B. subtilis / GlnK / New DNA-binding family / with winged HTH / transcription / nucleoid / transcrption-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrogen catabolite activation of transcription / cellular response to nitrogen levels / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator TnrA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
Synthetic DNA (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: Structures of regulatory machinery reveal novel molecular mechanisms controlling B. subtilis nitrogen homeostasis.
著者: Schumacher, M.A. / Chinnam, N.B. / Cuthbert, B. / Tonthat, N.K. / Whitfill, T.
履歴
登録2014年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Derived calculations
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HTH-type transcriptional regulator TnrA
G: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5252
ポリマ－16,5252
非ポリマー00
水1,00956
1
B: HTH-type transcriptional regulator TnrA
G: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')

B: HTH-type transcriptional regulator TnrA
G: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0494
ポリマ－33,0494
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area6040 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.360, 100.210, 46.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator TnrA


分子量: 10037.497 Da / 分子数: 1 / 断片: TnrA / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: WSH-002 / 遺伝子: tnrA, BMWSH_3277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G2RUZ1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*TP*AP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*TP*GP*AP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 6487.209 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA, 21mer / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 21-mer cognate DNA site / 由来: (合成) Synthetic DNA (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG 1500, MES or MMT buffer pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月23日
放射モノクロメーター: double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→55 Å / Num. all: 7777 / Num. obs: 7751 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 26.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→55 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 846 10.8 %random
Rwork0.2175 ---
obs0.2175 7751 99.1 %-
all-7777 --
溶媒の処理Bsol: 42.3397 Å2
原子変位パラメータBiso max: 86.61 Å2 / Biso mean: 38.7315 Å2 / Biso min: 13.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.796 Å20 Å20 Å2
2--20.091 Å20 Å2
3----13.295 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数702 431 0 56 1189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.056
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.7651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.5082
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.7222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.9292.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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