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- PDB-4r1l: Crystal structure of a Putative Acyl-CoA ligase (BT_0428) from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r1l
タイトルCrystal structure of a Putative Acyl-CoA ligase (BT_0428) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.42 A resolution
要素Phenylacetate-coenzyme A ligase
キーワードLIGASE / Acetyl-CoA synthetase-like / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylacetate-CoA ligase / phenylacetate-CoA ligase activity / phenylacetate catabolic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phenylacetate-CoA ligase / AMP-dependent ligase, C-terminal / AMP-binding enzyme C-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily ...Phenylacetate-CoA ligase / AMP-dependent ligase, C-terminal / AMP-binding enzyme C-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / COENZYME A / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Phenylacetate-coenzyme A ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Hypothetical Acyl-CoA ligase (BT_0428) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.42 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2014年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylacetate-coenzyme A ligase
B: Phenylacetate-coenzyme A ligase
C: Phenylacetate-coenzyme A ligase
D: Phenylacetate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,49742
ポリマ－200,8164
非ポリマー5,68138
水10,016556
1
A: Phenylacetate-coenzyme A ligase
B: Phenylacetate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,59423
ポリマ－100,4082
非ポリマー3,18621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9850 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area33880 Å2
手法PISA
2
C: Phenylacetate-coenzyme A ligase
D: Phenylacetate-coenzyme A ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,90319
ポリマ－100,4082
非ポリマー2,49517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area34330 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20040 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area66280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.701, 211.141, 71.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Phenylacetate-coenzyme A ligase


分子量: 50203.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_0428 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8AAN6

-
非ポリマー , 10種, 594分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 1-435) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 1-435) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 0.2M potassium sulfate, 20.0% polyethylene glycol 3350, No Buffer pH 6.7, 3mM phenylacetate, 3mM AMP, 3mM CoenzymeA, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月22日 / 詳細: double crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91837 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→48.782 Å / Num. obs: 74457 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 46.446 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.83
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.41-2.50.4882.625959703790.6
2.5-2.60.4053.228044744099.7
2.6-2.710.313426366698499.7
2.71-2.860.2295.329700784999.7
2.86-3.030.196.526086706498.8
3.03-3.270.1189.629263774599.5
3.27-3.60.07214.528454755199.4
3.6-4.110.0519.927808739199
4.11-5.170.0424.528585760898.6
5.170.04226.628623778896.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNT2.10.0精密化
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.42→48.782 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9209 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2.PROTEIN ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION. 4. THE MODELING OF ZINC IS SUPPORTED BY X-RAY FLUORESCENCE AND ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS. 5. POTASSIUM (K), SULFATE (SO4), AND POLYETHYLENE GLYCOL FRAGMENTS (PEG),(PGE) FROM THE CRYSTALLIZATION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 6. 1,2-ETHANEDIOL (EDO) USED AS A CRYOPROTECTANT WAS MODELED INTO THE STRUCTURE. 6. ADENOSINE-5'-MONOSPHATE (AMP), A CRYSTALLIZATION ADDITIVE, WAS MODELED INTO THE ACTIVE SITE ON ALL FOUR SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. ADDITIONAL ELECTRON DENSITY AT THE ACTIVE SITE ON SUBUNITS A,B, AND D INDICATED A MIXTURE OF AMP AND ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE (ADP). THEREFORE, BOTH AMP AND ADP WERE MODELED EACH WITH A PARTIAL OCCUPANCY OF 0.5 INTO THE ACTIVE SITE ON THESE THREE SUBUNITS. SUBUNIT C DID NOT SHOW ADDITIONAL DENSITY FOR ADP AND WAS MODELED WITH AMP AT FULL OCCUPANCY. 7.COENZYME A, (COA), WAS MODELED WITH PARTIAL OCCUPANCY INTO INTO SUBUNITS A AND C. HOWEVER, ELECTRON DENSITY FOR THE PANTOTHENATIC ACID MOIETIES WERE DISORDERED AND THIS PORTION OF THE COA MOLECULE COULD NOT BE RELIABLY MODELED. 8. ASN 243 ON THE A,B,C, AND D-CHAINS ARE RAMACHANDRAN OUTLIERS IN MOLPROBITY EVEN THOUGH THEIR POSITIONING IS SUPPORTED BY ELECTRON DENSITY. ASP 384 ON THE C-CHAIN IS IN A REGION OF POOR ELECTRON DENSITY AND IS FLAGGED AS RAMACHANDRAN OUTLIER IN MOLPROBITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2128 3742 5.04 %RANDOM
Rwork0.1725 ---
obs0.1745 74242 99 %-
原子変位パラメータBiso max: 155.79 Å2 / Biso mean: 54.7539 Å2 / Biso min: 13.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.3255 Å20 Å20 Å2
2--7.2042 Å20 Å2
3---2.1213 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.329 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→48.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13425 0 299 556 14280
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6737SINUSOIDAL8
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes376HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2129HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14113HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1885SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16601SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14113HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg19118HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.27
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 275 5.03 %
Rwork0.2006 5190 -
all0.2022 5465 -
obs--99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93690.5389-0.28961.8844-1.09172.1029-0.04920.17770.1634-0.25160.15420.15280.1871-0.1566-0.105-0.0619-0.03120.007-0.08270.0566-0.1324-0.054161.046927.4074
25.2557-2.70770.04363.6503-0.07233.50380.05240.2063-0.05250.1516-0.2254-0.2735-0.01990.0290.1731-0.1764-0.01730.0287-0.12110.12650.057227.660946.443829.1941
31.11330.8206-0.29362.3606-0.91581.42270.1772-0.09930.08630.5442-0.07420.2079-0.1287-0.0826-0.10290.1381-0.05080.0775-0.1813-0.0028-0.2215-4.333148.412759.3175
48.2541-2.91042.06382.69470.3030.0023-0.0149-0.1922-0.4774-0.1187-0.13770.00730.0360.03610.1525-0.0517-0.0259-0.1508-0.29550.1520.208819.017233.030466.8326
51.870.65450.13121.30630.48262.06470.1516-0.516-0.1810.5044-0.0658-0.29790.54420.1274-0.08580.09960.0095-0.0825-0.14440.0235-0.256639.0338-11.115374.9648
62.78620.0066-0.32687.83570.99972.4307-0.0217-0.17620.35850.17610.09970.0419-0.17420.0766-0.078-0.067-0.0468-0.0562-0.1382-0.0872-0.070441.737519.401173.4217
72.09110.65210.49981.74960.19191.34490.02210.22810.0728-0.26290.02680.06340.1449-0.0116-0.0490.05360.01470.0064-0.1352-0.0029-0.182426.1119-7.602842.8661
81.46521.6727-0.69698.3154-1.0671.2844-0.01390.1460.4949-0.2678-0.25380.3019-0.0858-0.00950.2677-0.07740.0438-0.152-0.26480.1520.101525.69521.271735.1871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|0-338}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|339-434}
3X-RAY DIFFRACTION3{B|4-325}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|326-432}
5X-RAY DIFFRACTION5{C|0-330}
6X-RAY DIFFRACTION6{C|331-433}
7X-RAY DIFFRACTION7{D|2-332}
8X-RAY DIFFRACTION8{D|333-434}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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