PDB-4r1i: Structure and Function of Neisseria gonorrhoeae MtrF Illuminates ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4r1i

タイトル

Structure and Function of Neisseria gonorrhoeae MtrF Illuminates a Class of Antimetabolite Efflux Pumps

要素

Aminobenzoyl-glutamate transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / transmembrane protein

機能・相同性

AbgT, Proteobacteria / secondary active p-aminobenzoyl-glutamate transmembrane transporter activity / p-aminobenzoyl-glutamate transmembrane transport / p-Aminobenzoyl-glutamate transport protein AbgT / AbgT putative transporter family / membrane => GO:0016020 / : / Aminobenzoyl-glutamate transporter

機能・相同性情報

生物種

Neisseria gonorrhoeae FA19 (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.959 Å

データ登録者

Su, C.-C. / Bolla, J.R. / Yu, E.W.

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Structure and Function of Neisseria gonorrhoeae MtrF Illuminates a Class of Antimetabolite Efflux Pumps.
著者: Su, C.C. / Bolla, J.R. / Kumar, N. / Radhakrishnan, A. / Long, F. / Delmar, J.A. / Chou, T.H. / Rajashankar, K.R. / Shafer, W.M. / Yu, E.W.

履歴

登録	2014年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4r1i.cif.gz	401 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4r1i.ent.gz	339.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4r1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4r1i_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4r1i_full_validation.pdf.gz	473.1 KB	表示
XML形式データ	4r1i_validation.xml.gz	37.6 KB	表示
CIF形式データ	4r1i_validation.cif.gz	50.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/4r1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/4r1i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r0c
類似構造データ	4ff3-1 2po4-d 5vad-d 4ff2-1 3c46-2 2c8a-d 7b3b-d 3c3l-2 7bv2-d 6xqb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aminobenzoyl-glutamate transporter

B: Aminobenzoyl-glutamate transporter

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.766, 120.766, 233.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Aminobenzoyl-glutamate transporter 分子量: 56170.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA19 (淋菌) / 株: FA19 / 遺伝子: NGEG_01484 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1DA20, UniProt: Q9RNX2*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 30% PEG400, 0.05M Mg(Ac)2, 0.1M NaAc(5.0), and 3% glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日

放射

モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.95→50 Å / Num. obs: 16468 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 202.86 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3.95-4.11	2.2	0.921	1	84.5
4.11-4.29	2.3	0.519	1	91.3
4.29-4.52	2.3	0.356	1	93.8
4.52-4.8	2.6	0.283	1	97.6
4.8-5.17	2.7	0.278	1	99.8
5.17-5.7	2.7	0.187	1	99.3
5.7-6.52	2.5	0.138	1	98.4
6.52-8.21	2.5	0.074	1	96.3
8.21-50	2.3	0.05	1	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.959→47.74 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 53.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3383	869	5.3 %
R_work	0.3108	-	-
obs	0.3124	16382	97.36 %
all	-	16382	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 232.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.959→47.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7684	0	0	0	7684

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7883
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1	10755
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.649	2721
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1290
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1321

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.9592-4.2071	0.549	152	0.4017	2388	X-RAY DIFFRACTION	91
4.2071-4.5317	0.4191	137	0.3245	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5317-4.9873	0.3436	142	0.2803	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9873-5.7079	0.4261	157	0.3059	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7079-7.1874	0.4531	130	0.3947	2625	X-RAY DIFFRACTION	99
7.1874-47.7431	0.2827	151	0.287	2596	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4997	-0.5435	-0.2382	0.8034	0.2935	0.0733	-0.161	-0.6738	-1.2452	-0.1042	0.2639	1.0555	0.9562	-0.0937	0.1099	0.5895	2.1866	0.1568	0.9769	-0.1744	0.717	13.7754	49.4281	28.7986
2	1.1981	0.9803	-0.2252	1.7281	-0.896	0.8507	0.6809	-0.2285	0.9728	0.9963	1.2925	0.8864	-0.2809	0.1118	2.3708	0.6968	1.7806	0.3022	1.118	-1.9426	0.6308	41.4656	61.0366	34.5016
3	0.5837	0.6347	-0.5029	0.4706	-0.262	1.28	0.4221	0.3865	-0.4708	0.0921	0.5291	-0.2413	0.4468	0.2009	1.2053	2.1174	1.1024	0.5915	1.9594	-0.5782	0.4471	42.3275	68.6626	32.4123
4	0.9123	-0.8624	1.0145	2.2527	0.5171	2.2114	0.8018	-0.3409	0.2173	-0.5332	0.6852	-1.6483	0.4165	-0.8093	2.5202	0.0597	0.8716	-0.161	0.8338	-0.2157	0.375	25.0365	56.8468	29.051
5	0.1415	-0.0879	-0.0148	0.4062	-0.0654	0.0398	-0.6731	-0.0521	0.4023	0.3459	0.3192	-0.2326	-1.0178	-0.3786	-0.0621	2.7275	1.8464	-0.339	1.2113	0.2639	0.6748	34.3662	55.1174	42.5499
6	1.4678	0.8294	0.1744	0.4654	0.0941	0.0476	0.0371	0.5031	-0.7596	0.0283	-0.2163	-0.7729	-0.2471	0.7928	-0.2315	0.6529	1.5357	0.3598	1.5873	0.1646	0.6801	36.8199	66.8371	-5.1668
7	0.0973	0.2182	-0.1448	0.6946	-0.387	0.2148	0.3298	-1.1291	-0.1499	1.0112	0.0976	-0.364	-0.554	1.1148	-0.0809	1.381	0.1328	-0.077	3.0809	-0.9982	2.3904	13.7509	79.507	-0.7141
8	0.0281	0.0093	-0.1567	0.0533	-0.2519	1.1627	-0.574	-0.1614	0.6186	-0.1086	-0.3304	-0.1373	0.8704	0.5116	-0.9223	-0.6928	0.9914	-1.0125	0.1013	0.3534	0.5169	22.3284	52.9031	10.6917
9	0.13	-0.0353	-0.1232	0.2232	-0.1707	0.2608	0.2384	0.5885	-0.1061	0.3339	0.4874	-0.4564	0.1124	0.5221	0.3885	1.324	0.7664	-0.3874	0.8206	-1.7131	2.2117	33.3297	30.4639	-6.9941
10	1.2872	1.0532	-0.6208	0.891	-0.0854	3.8445	1.2414	0.3579	0.4921	0.2064	1.1883	1.8249	0.4518	-0.6973	3.4205	0.2289	0.2953	-1.0759	0.4371	0.569	1.5792	17.9805	49.4162	-4.6799
11	0.5234	-0.0087	0.5544	0.272	-0.0764	0.5013	0.0788	-0.8198	0.2435	0.4527	0.5126	-0.9838	-0.0593	-1.1788	0.2739	1.248	1.5316	-1.102	3.3807	-0.1879	-1.1608	30.8344	27.6771	-4.2299
12	4.4737	0.0399	1.0291	0.8505	1.4332	2.7421	2.5002	0.2218	-1.2941	-0.7045	-0.0583	-0.5605	-0.826	0.0917	3.7661	0.0491	1.514	-0.1399	1.0241	-0.1219	0.49	20.076	53.4388	-0.6332
13	0.3672	-0.1706	0.1245	0.1815	0.1324	-0.1465	-0.3488	0.431	-0.1238	0.7187	0.3578	-0.8386	1.5918	0.2498	-0.8218	-0.3189	-0.291	-1.3772	2.5284	-1.7705	0.8937	32.7746	45.0414	-14.2051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 111 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 112 through 214 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 215 through 314 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 315 through 432 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 433 through 516 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 11 through 44 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 45 through 84 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 85 through 111 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 112 through 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 180 through 231 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 232 through 292 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 293 through 453 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 454 through 516 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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