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- PDB-4r1i: Structure and Function of Neisseria gonorrhoeae MtrF Illuminates ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r1i
タイトルStructure and Function of Neisseria gonorrhoeae MtrF Illuminates a Class of Antimetabolite Efflux Pumps
要素Aminobenzoyl-glutamate transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transmembrane protein
機能・相同性AbgT, Proteobacteria / secondary active p-aminobenzoyl-glutamate transmembrane transporter activity / p-aminobenzoyl-glutamate transmembrane transport / p-Aminobenzoyl-glutamate transport protein AbgT / AbgT putative transporter family / membrane / : / Antibiotic resistance efflux pump component
機能・相同性情報
生物種Neisseria gonorrhoeae FA19 (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.959 Å
データ登録者Su, C.-C. / Bolla, J.R. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Structure and Function of Neisseria gonorrhoeae MtrF Illuminates a Class of Antimetabolite Efflux Pumps.
著者: Su, C.C. / Bolla, J.R. / Kumar, N. / Radhakrishnan, A. / Long, F. / Delmar, J.A. / Chou, T.H. / Rajashankar, K.R. / Shafer, W.M. / Yu, E.W.
履歴
登録2014年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminobenzoyl-glutamate transporter
B: Aminobenzoyl-glutamate transporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,3402
ポリマ－112,3402
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area43810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.766, 120.766, 233.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Aminobenzoyl-glutamate transporter


分子量: 56170.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA19 (淋菌) / 株: FA19 / 遺伝子: NGEG_01484 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1DA20, UniProt: Q9RNX2*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG400, 0.05M Mg(Ac)2, 0.1M NaAc(5.0), and 3% glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.95→50 Å / Num. obs: 16468 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 202.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
3.95-4.112.20.921184.5
4.11-4.292.30.519191.3
4.29-4.522.30.356193.8
4.52-4.82.60.283197.6
4.8-5.172.70.278199.8
5.17-5.72.70.187199.3
5.7-6.522.50.138198.4
6.52-8.212.50.074196.3
8.21-502.30.05195.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.959→47.74 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 53.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3383 869 5.3 %
Rwork0.3108 --
obs0.3124 16382 97.36 %
all-16382 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 232.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.959→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7684 0 0 0 7684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057883
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d110755
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6492721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9592-4.20710.5491520.40172388X-RAY DIFFRACTION91
4.2071-4.53170.41911370.32452625X-RAY DIFFRACTION98
4.5317-4.98730.34361420.28032638X-RAY DIFFRACTION100
4.9873-5.70790.42611570.30592641X-RAY DIFFRACTION99
5.7079-7.18740.45311300.39472625X-RAY DIFFRACTION99
7.1874-47.74310.28271510.2872596X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4997-0.5435-0.23820.80340.29350.0733-0.161-0.6738-1.2452-0.10420.26391.05550.9562-0.09370.10990.58952.18660.15680.9769-0.17440.71713.775449.428128.7986
21.19810.9803-0.22521.7281-0.8960.85070.6809-0.22850.97280.99631.29250.8864-0.28090.11182.37080.69681.78060.30221.118-1.94260.630841.465661.036634.5016
30.58370.6347-0.50290.4706-0.2621.280.42210.3865-0.47080.09210.5291-0.24130.44680.20091.20532.11741.10240.59151.9594-0.57820.447142.327568.662632.4123
40.9123-0.86241.01452.25270.51712.21140.8018-0.34090.2173-0.53320.6852-1.64830.4165-0.80932.52020.05970.8716-0.1610.8338-0.21570.37525.036556.846829.051
50.1415-0.0879-0.01480.4062-0.06540.0398-0.6731-0.05210.40230.34590.3192-0.2326-1.0178-0.3786-0.06212.72751.8464-0.3391.21130.26390.674834.366255.117442.5499
61.46780.82940.17440.46540.09410.04760.03710.5031-0.75960.0283-0.2163-0.7729-0.24710.7928-0.23150.65291.53570.35981.58730.16460.680136.819966.8371-5.1668
70.09730.2182-0.14480.6946-0.3870.21480.3298-1.1291-0.14991.01120.0976-0.364-0.5541.1148-0.08091.3810.1328-0.0773.0809-0.99822.390413.750979.507-0.7141
80.02810.0093-0.15670.0533-0.25191.1627-0.574-0.16140.6186-0.1086-0.3304-0.13730.87040.5116-0.9223-0.69280.9914-1.01250.10130.35340.516922.328452.903110.6917
90.13-0.0353-0.12320.2232-0.17070.26080.23840.5885-0.10610.33390.4874-0.45640.11240.52210.38851.3240.7664-0.38740.8206-1.71312.211733.329730.4639-6.9941
101.28721.0532-0.62080.891-0.08543.84451.24140.35790.49210.20641.18831.82490.4518-0.69733.42050.22890.2953-1.07590.43710.5691.579217.980549.4162-4.6799
110.5234-0.00870.55440.272-0.07640.50130.0788-0.81980.24350.45270.5126-0.9838-0.0593-1.17880.27391.2481.5316-1.1023.3807-0.1879-1.160830.834427.6771-4.2299
124.47370.03991.02910.85051.43322.74212.50020.2218-1.2941-0.7045-0.0583-0.5605-0.8260.09173.76610.04911.514-0.13991.0241-0.12190.4920.07653.4388-0.6332
130.3672-0.17060.12450.18150.1324-0.1465-0.34880.431-0.12380.71870.3578-0.83861.59180.2498-0.8218-0.3189-0.291-1.37722.5284-1.77050.893732.774645.0414-14.2051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 111 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 214 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 215 through 314 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 315 through 432 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 433 through 516 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 11 through 44 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 45 through 84 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 85 through 111 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 112 through 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 180 through 231 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 232 through 292 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 293 through 453 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 454 through 516 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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