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Yorodumi- PDB-4r1i: Structure and Function of Neisseria gonorrhoeae MtrF Illuminates ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4r1i | ||||||
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Title | Structure and Function of Neisseria gonorrhoeae MtrF Illuminates a Class of Antimetabolite Efflux Pumps | ||||||
Components | Aminobenzoyl-glutamate transporter | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / transmembrane protein | ||||||
Function / homology | AbgT, Proteobacteria / secondary active p-aminobenzoyl-glutamate transmembrane transporter activity / p-aminobenzoyl-glutamate transmembrane transport / p-Aminobenzoyl-glutamate transport protein AbgT / AbgT putative transporter family / membrane => GO:0016020 / : / Aminobenzoyl-glutamate transporter Function and homology information | ||||||
Biological species | Neisseria gonorrhoeae FA19 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.959 Å | ||||||
Authors | Su, C.-C. / Bolla, J.R. / Yu, E.W. | ||||||
Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2015 Title: Structure and Function of Neisseria gonorrhoeae MtrF Illuminates a Class of Antimetabolite Efflux Pumps. Authors: Su, C.C. / Bolla, J.R. / Kumar, N. / Radhakrishnan, A. / Long, F. / Delmar, J.A. / Chou, T.H. / Rajashankar, K.R. / Shafer, W.M. / Yu, E.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4r1i.cif.gz | 401 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4r1i.ent.gz | 339.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4r1i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4r1i_validation.pdf.gz | 440.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4r1i_full_validation.pdf.gz | 473.1 KB | Display | |
Data in XML | 4r1i_validation.xml.gz | 37.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4r1i_validation.cif.gz | 50.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/4r1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/4r1i | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 56170.199 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria gonorrhoeae FA19 (bacteria) / Strain: FA19 / Gene: NGEG_01484 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D1DA20, UniProt: Q9RNX2*PLUS |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.38 Å3/Da / Density % sol: 71.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: 30% PEG400, 0.05M Mg(Ac)2, 0.1M NaAc(5.0), and 3% glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 26, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(III) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.95→50 Å / Num. obs: 16468 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 202.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.959→47.74 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.34 / Phase error: 53.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 232.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.959→47.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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