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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4r1g | ||||||
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タイトル | Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with cloxacillin | ||||||
![]() | Peptidoglycan glycosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / penicillin-binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipid-linked peptidoglycan transporter activity / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / cell division site / penicillin binding / regulation of cell shape / cell division / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a putative peptidoglycan glycosyltransferase from Atopobium parvulum in complex with cloxacillin 著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 326.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 264.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4n1xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50648.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 505-954 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 33793 / DSM 20469 / JCM 10300 / VPI 0546 / 遺伝子: Apar_1344 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月9日 / 詳細: beryllium lenses |
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→30 Å / Num. all: 79988 / Num. obs: 79988 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3913 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4N1X 解像度: 1.92→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 6.763 / SU ML: 0.095 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.803 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.92→30 Å
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拘束条件 |
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