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- PDB-4r0v: [FeFe]-hydrogenase Oxygen Inactivation is Initiated by the Modifi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r0v
タイトル[FeFe]-hydrogenase Oxygen Inactivation is Initiated by the Modification and Degradation of the H cluster 2Fe Subcluster
要素Fe-hydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / HydA1 monomer / FES cluster / H-cluster / [FeFe]-hydrogenase / cys oxidation / S-hydroxycysteine / cysteine-S-dioxide / [2Fe2S] cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


1.18.99.1 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #1780 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain ...Rossmann fold - #1780 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3 / Iron hydrogenase, small subunit / : / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENIC / IRON/SULFUR CLUSTER / Fe-hydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Swanson, S.D. / Ratzloff, M.W. / Mulder, D.W. / Artz, J.H. / Ghose, S. / Hoffman, A. / White, S. / Zadvornyy, O.A. / Broderick, J.B. / Bothner, B. ...Swanson, S.D. / Ratzloff, M.W. / Mulder, D.W. / Artz, J.H. / Ghose, S. / Hoffman, A. / White, S. / Zadvornyy, O.A. / Broderick, J.B. / Bothner, B. / King, P.W. / Peters, J.W.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: [FeFe]-Hydrogenase Oxygen Inactivation Is Initiated at the H Cluster 2Fe Subcluster.
著者: Swanson, K.D. / Ratzloff, M.W. / Mulder, D.W. / Artz, J.H. / Ghose, S. / Hoffman, A. / White, S. / Zadvornyy, O.A. / Broderick, J.B. / Bothner, B. / King, P.W. / Peters, J.W.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fe-hydrogenase
B: Fe-hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,56310
ポリマ－110,5682
非ポリマー9958
水5,278293
1
A: Fe-hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7825
ポリマ－55,2841
非ポリマー4974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fe-hydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7825
ポリマ－55,2841
非ポリマー4974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.645, 70.964, 94.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-1, -0.000251, -0.000368), (-0.000251, 1, -0.00024), (0.000368, -0.00024, -1)37.24433, -5.0E-5, 47.31355

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要素

#1: タンパク質 Fe-hydrogenase / Iron hydrogenase / Iron-hydrogenase HydA1


分子量: 55284.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CHLREDRAFT_183963, hyd1, hydA, hydA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9FYU1, 1.18.99.1
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ARS / ARSENIC


分子量: 74.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: As
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 293 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: small tubes / pH: 6.5
詳細: 25.5% Polyethylene Glycol 8,000, 0.085 M Sodium Cacodylate, 0.17 M Sodium Acetate Trihydrate, 1mM Sodium Dithionite, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.7345 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月17日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7345 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→94.633 Å / Num. all: 46625 / Num. obs: 41114 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.29→2.41 Å / % possible all: 12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3lx4

3lx4


解像度: 2.29→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 13.664 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25211 2097 5.1 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.20882 39011 88.17 %-
all-46625 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.78 Å20 Å2-0.01 Å2
2---1.65 Å2-0 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6282 0 22 293 6597
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0196539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0931.9888874
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.029314518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2985843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33723.962260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.247151101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2331540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0217319
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0233.3263360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0243.3263359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4914.9734195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4914.9734196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9233.7173179
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9243.7173180
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.5475.4124651
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.40115.027182
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.34314.9367108
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.348 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 122 -
Rwork0.344 2375 -
obs--73.03 %
精密化 TLS

T11: 0.0142 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2102-0.3207-0.70531.40430.70043.15320.05470.0978-0.0085-0.09130.0158-0.06890.0739-0.0549-0.07060.0010.00110.05360.0120.009729.344-0.017741.8176
21.21270.32-0.68881.3944-0.68553.15470.0545-0.0963-0.01130.08750.01770.06980.07640.0548-0.0723-0.00040.0010.0529-0.01050.00957.9154-0.00985.4609
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A65 - 490
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 602
3X-RAY DIFFRACTION2B65 - 490
4X-RAY DIFFRACTION2B601 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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