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- PDB-4r0t: Crystal structure of P. aeruginosa TpbA (C132S) in complex with pTyr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r0t
タイトルCrystal structure of P. aeruginosa TpbA (C132S) in complex with pTyr
要素Protein tyrosine phosphatase TpbA
キーワードHYDROLASE / DUSP fold / protein tyrosine phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Atypical dual-specificity phosphatase Siw14-like / Tyrosine phosphatase family / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / TYROSINE / Dual specificity protein phosphatase TpbA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.603 Å
データ登録者Xu, K. / Li, S. / Wang, Y. / Bartlam, M.
引用ジャーナル: Plos One
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of Tyrosine Phosphatase Related to Biofilm Formation A (TpbA) from the Opportunistic Pathogen Pseudomonas aeruginosa PAO1
著者: Xu, K. / Li, S. / Yang, W. / Li, K. / Bai, Y. / Xu, Y. / Jin, J. / Wang, Y. / Bartlam, M.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein tyrosine phosphatase TpbA
A: Protein tyrosine phosphatase TpbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3545
ポリマ－47,9832
非ポリマー3713
水75742
1
B: Protein tyrosine phosphatase TpbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2683
ポリマ－23,9911
非ポリマー2762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Protein tyrosine phosphatase TpbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0862
ポリマ－23,9911
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.835, 82.614, 120.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-422-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein tyrosine phosphatase TpbA


分子量: 23991.398 Da / 分子数: 2 / 変異: C132S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: tpbA, PA3885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HXC7
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 15%(w/v) PEG10000, 0.1M citrate, 2%(v/v) dioxane, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 11739 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.603→28.517 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2649 1169 10 %RANDOM
Rwork0.2167 ---
obs0.2215 11694 94.04 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 193.15 Å2 / Biso mean: 64.7115 Å2 / Biso min: 23.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.603→28.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2531 0 22 42 2595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7393521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.714959
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6028-2.72120.31831550.27421313146896
2.7212-2.86450.3511530.288413791532100
2.8645-3.04380.33371440.25761360150499
3.0438-3.27850.30451530.25511371152499
3.2785-3.60780.3281520.23671380153299
3.6078-4.12850.27881160.2276990110671
4.1285-5.19640.20361510.17161373152497
5.1964-28.51870.21791450.18631359150492
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.940.1981-0.35673.6482-0.37585.6822-0.0195-0.19370.05040.37150.0729-0.4492-0.02590.2629-0.02110.4290.0508-0.04960.4014-0.04410.2608-18.85334.0229-17.7653
22.7848-0.11391.47052.90420.05153.54740.0795-0.3964-0.53590.3921-0.0030.68570.1439-0.2406-0.06640.4334-0.02410.10770.4180.05760.8321-55.40741.1806-17.4271
32.00012.000122.00012.00012-3.5032-9.1796-0.81322.89662.21070.0317-1.5579-0.37331.32681.1390.5421-0.50351.59620.02291.0389-17.93596.3433-2.5615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN B AND RESID 34 THROUGH 195
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 34 THROUGH 198
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 301 THROUGH 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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