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万見
- PDB-4r0o: Crystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4r0o
タイトルCrystal structure of PEGylated plastocyanin at 4.2 A resolution
要素Plastocyaninプラストシアニン
キーワードELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / PEGylation
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transporter, transferring electrons from cytochrome b6/f complex of photosystem II activity / plasma membrane-derived thylakoid membrane / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Plastocyanin, cyanobacteria / プラストシアニン / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / 1-methylpyrrolidine-2,5-dione / プラストシアニン
類似検索 - 構成要素
生物種Phormidium laminosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Cattani, G. / Vogeley, L. / Crowley, P.B.
引用ジャーナル: NAT.CHEM. / 年: 2015
タイトル: Structure of a PEGylated protein reveals a highly porous double-helical assembly.
著者: Cattani, G. / Vogeley, L. / Crowley, P.B.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plastocyanin
B: Plastocyanin
C: Plastocyanin
D: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,91112
ポリマ－46,2044
非ポリマー7078
水0
1
A: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7283
ポリマ－11,5511
非ポリマー1772
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7283
ポリマ－11,5511
非ポリマー1772
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7283
ポリマ－11,5511
非ポリマー1772
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Plastocyanin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7283
ポリマ－11,5511
非ポリマー1772
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.140, 116.140, 172.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Plastocyanin / プラストシアニン


分子量: 11551.052 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-139 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phormidium laminosum (バクテリア)
遺伝子: petE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51883
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-LCY / 1-methylpyrrolidine-2,5-dione / N-メチルスクシンイミド


分子量: 113.115 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H7NO2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 48 % AMMONIUM SULPHATE, 30 mM POTASSIUM FERRICYANIDE, 100 mM SODIUM ACETATE, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→44.47 Å / Num. all: 9100 / Num. obs: 9064 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 174.864 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.35 / Rsym value: 0.379 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 4.2→4.31 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.01062 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 662 / Rsym value: 0.01152 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2w88

2w88


解像度: 4.2→43.035 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2699 434 4.81 %RANDOM
Rwork0.2285 ---
all0.2314 9064 --
obs0.2304 9024 99.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→43.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3244 0 36 0 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9614600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6871220
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2005-4.80760.29851640.26662764X-RAY DIFFRACTION100
4.8076-6.05440.29061340.25542844X-RAY DIFFRACTION100
6.0544-43.03720.23531360.19282982X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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