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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qwm | ||||||
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タイトル | KINETIC CRYSTALLOGRAPHY of ALPHA_E7-CARBOXYLESTERSE FROM LUCILLA CUPRINA - ABSORBED X-RAY DOSE 1.85 MGy | ||||||
要素 | E3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD / CARBOXYLESTERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / serine hydrolase activity / carboxylic ester hydrolase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||
データ登録者 | Jackson, C.J. / Carr, P.D. / Weik, M. / Huber, T. / Meirelles, T. / Correy, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Mapping the Accessible Conformational Landscape of an Insect Carboxylesterase Using Conformational Ensemble Analysis and Kinetic Crystallography. 著者: Correy, G.J. / Carr, P.D. / Meirelles, T. / Mabbitt, P.D. / Fraser, N.J. / Weik, M. / Jackson, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qwm.cif.gz | 129.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qwm.ent.gz | 100 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qwm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qwm_validation.pdf.gz | 436.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qwm_full_validation.pdf.gz | 439.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4qwm_validation.xml.gz | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qwm_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/4qwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/4qwm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4ubiC 4ubjC 4ubkC 4ublC 4ubmC 4ubnC 4uboC 4w1pC 4w1qC 4w1rC 4w1sC 5ch3C 5ch5C 5ivdC 5ivhC 5iviC 5ivkC 4fnmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65472.773 Da / 分子数: 1 / 変異: M364L, I419F, A472T, I505T, K530E, D554G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lucilia cuprina (ヒツジキンバエ) 株: LS2 / 遺伝子: LcaE7 / プラスミド: PETMCSIII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q25252 |
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#2: 化合物 | ChemComp-DPF / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.76 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 100mM PEG2000, 0.1M MES, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月20日 |
放射 | モノクロメーター: CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→46 Å / Num. all: 29435 / Num. obs: 29376 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 45.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.24 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.01376 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4FNM 解像度: 2.17→45.969 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2566 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→45.969 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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