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万見
- PDB-4qvs: 2.1 Angstrom resolution crystal structure of S-layer domain-conta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qvs
タイトル2.1 Angstrom resolution crystal structure of S-layer domain-containing protein (residues 221-444) from Clostridium thermocellum ATCC 27405
要素S-layer domain-containing protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Human Microbiome / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


S-layer / cellulose binding / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin-like beta sandwich domain / Cadherin-like beta sandwich domain / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / : / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Cellulose binding domain ...Cadherin-like beta sandwich domain / Cadherin-like beta sandwich domain / LamG-like jellyroll fold / LamG-like jellyroll fold domain / : / Concanavalin A-like lectin/glucanases superfamily / S-layer homology domain / S-layer homology domain / S-layer homology (SLH) domain profile. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Cellulose binding domain / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-layer domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Shuvalova, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.1 Angstrom resolution crystal structure of S-layer domain-containing protein (residues 221-444) from Clostridium thermocellum ATCC 27405
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Filippova, E.V. / Minasov, G. / Kiryukhina, O. / Shuvalova, L. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2014年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-layer domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0223
ポリマ－24,9641
非ポリマー582
水79344
1
A: S-layer domain-containing protein
ヘテロ分子

A: S-layer domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0446
ポリマ－49,9272
非ポリマー1174
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area16780 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.958, 74.813, 98.398
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

HOH

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要素

#1: タンパク質 S-layer domain-containing protein


分子量: 24963.666 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 221-444 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminiclostridium thermocellum ATCC 27405 (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / 遺伝子: Cthe_2506 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: A3DIC9
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: protein: 9.35 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME, crystallization: The PEGs II Suite G11 (83): 0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5. 28% (w/v) PEG 6000, cyo: well ...詳細: protein: 9.35 mg/mL in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 500 mM NaCl, 5 mM BME, crystallization: The PEGs II Suite G11 (83): 0.5 M Lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5. 28% (w/v) PEG 6000, cyo: well solution, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月4日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 14480 / Num. obs: 14480 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 43.56
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 668 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
xia2データ削減
MOSFLMデータ削減
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→27.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 12.957 / SU ML: 0.162 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24878 721 5 %RANDOM
Rwork0.20802 ---
obs0.20994 13697 99.01 %-
all-13697 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.661 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.6 Å20 Å2-0 Å2
2---0.74 Å2-0 Å2
3---6.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1673 0 2 44 1719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.021725
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8141.9422340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83333518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3265217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.24625.11984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.69315251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022015
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02413
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 47 -
Rwork0.319 968 -
obs-968 95.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.86440.47470.42661.3275-0.89051.07770.0465-0.29510.19720.2173-0.11490.0245-0.2017-0.03840.06840.3095-0.00690.01940.1329-0.03250.02298.995522.905181.8999
22.02030.0013-0.09722.40970.27071.12340.0144-0.1943-0.30790.135-0.0215-0.20110.10670.04040.00710.29920.0068-0.02270.15710.04470.065516.28865.795582.4876
34.855-1.14032.74361.7001-0.55182.94750.00720.36540.1665-0.45540.0424-0.3695-0.2866-0.1293-0.04960.3161-0.01060.10730.20270.0340.099420.8405-8.4474107.7386
41.8757-0.2453-0.54872.46510.28370.7886-0.01470.20660.1318-0.1182-0.064-0.01150.0798-0.04380.07870.30470.00980.01130.16470.020.031214.8677-12.2684113.5942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A221 - 285
2X-RAY DIFFRACTION2A286 - 345
3X-RAY DIFFRACTION3A346 - 389
4X-RAY DIFFRACTION4A390 - 438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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