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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4quv | ||||||
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タイトル | Structure of an integral membrane delta(14)-sterol reductase | ||||||
要素 | Delta(14)-sterol reductase | ||||||
キーワード | Oxidoreductase / Membrane protein / Cholesterol Biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Delta14-sterol reductase / delta14-sterol reductase activity / sterol biosynthetic process / ergosterol biosynthetic process / NADP binding / membrane => GO:0016020 / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methylomicrobium alcaliphilum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.743 Å | ||||||
データ登録者 | Li, X. / Blobel, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Structure of an integral membrane sterol reductase from Methylomicrobium alcaliphilum. 著者: Li, X. / Roberti, R. / Blobel, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4quv.cif.gz | 337.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4quv.ent.gz | 277.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4quv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4quv_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4quv_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4quv_validation.xml.gz | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4quv_validation.cif.gz | 42.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/4quv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/4quv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49466.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methylomicrobium alcaliphilum (バクテリア) 株: DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z / 遺伝子: erg, MEALZ_1312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4SW86, Delta14-sterol reductase #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M NH4Ac, 30% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.74→37.25 Å / Num. all: 63092 / Num. obs: 30541 / % possible obs: 74.8 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.74→2.84 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.514 / % possible all: 28.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.743→37.255 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 37.46 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.743→37.255 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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