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- PDB-4quv: Structure of an integral membrane delta(14)-sterol reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4quv
タイトルStructure of an integral membrane delta(14)-sterol reductase
要素Delta(14)-sterol reductase
キーワードOxidoreductase (酸化還元酵素) / Membrane protein (膜タンパク質) / Cholesterol Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Δ14-ステロールレダクターゼ / delta14-sterol reductase activity / ergosterol biosynthetic process / sterol biosynthetic process / NADP binding / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sterol biosynthesis ERG24/DHCR-like / Sterol reductase, conserved site / Ergosterol biosynthesis ERG4/ERG24 family / Sterol reductase family signature 1. / Sterol reductase family signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Delta(14)-sterol reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylomicrobium alcaliphilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.743 Å
データ登録者Li, X. / Blobel, G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of an integral membrane sterol reductase from Methylomicrobium alcaliphilum.
著者: Li, X. / Roberti, R. / Blobel, G.
履歴
登録2014年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta(14)-sterol reductase
B: Delta(14)-sterol reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4244
ポリマ－98,9332
非ポリマー1,4912
水0
1
A: Delta(14)-sterol reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2122
ポリマ－49,4671
非ポリマー7451
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Delta(14)-sterol reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2122
ポリマ－49,4671
非ポリマー7451
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area36960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.660, 74.615, 79.549
Angle α, β, γ (deg.)66.00, 90.37, 86.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Delta(14)-sterol reductase


分子量: 49466.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylomicrobium alcaliphilum (バクテリア)
株: DSM 19304 / NCIMB 14124 / VKM B-2133 / 20Z / 遺伝子: erg, MEALZ_1312 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G4SW86, Δ14-ステロールレダクターゼ
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M NH4Ac, 30% (v/v) Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH), pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→37.25 Å / Num. all: 63092 / Num. obs: 30541 / % possible obs: 74.8 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.74→2.84 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Rsym value: 0.514 / % possible all: 28.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.743→37.255 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 37.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2837 1526 5 %RANDOM
Rwork0.2329 ---
obs0.2355 30541 74.54 %-
all-63092 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.743→37.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6428 0 62 0 6490
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6469216
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6522297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7434-2.83190.3653530.2509976X-RAY DIFFRACTION28
2.8319-2.93310.3213680.2991327X-RAY DIFFRACTION37
2.9331-3.05050.36291020.29881710X-RAY DIFFRACTION49
3.0505-3.18920.34741070.31492132X-RAY DIFFRACTION60
3.1892-3.35730.32761250.29452568X-RAY DIFFRACTION73
3.3573-3.56750.30981540.26343145X-RAY DIFFRACTION89
3.5675-3.84260.3011760.23973429X-RAY DIFFRACTION97
3.8426-4.22890.28771650.21143474X-RAY DIFFRACTION98
4.2289-4.83970.25381840.18893429X-RAY DIFFRACTION97
4.8397-6.09310.2582100.22353485X-RAY DIFFRACTION98
6.0931-37.25880.27511820.23223340X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05780.21420.11931.16210.25093.05820.1819-0.7167-1.30860.31810.15590.13820.2445-0.4679-0.34910.43990.0621-0.10060.76690.41880.813-34.995-6.26213.7212
22.9161-0.05740.18892.6286-0.26932.57690.30911.4954-0.3261-0.1914-0.18180.2339-0.08460.1055-0.05220.34880.1652-0.11490.78870.04770.3986-13.31066.4695-13.6064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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