PDB-4quf: crystal structure of chromodomain of Rhino with H3K9me3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4quf

タイトル

crystal structure of chromodomain of Rhino with H3K9me3

要素

H3(1-15)K9me3 peptide
RE36324p

キーワード

PROTEIN BINDING / piRNA biogensis / histone binding

機能・相同性

機能・相同性情報

piRNA transcription / positive regulation of piRNA transcription / Rhino-Deadlock-Cutoff Complex / positive regulation of snRNA transcription by RNA polymerase II / chorion-containing eggshell pattern formation / piRNA processing / chromosome organization / heterochromatin / pericentric heterochromatin / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Li, S. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2014
タイトル: Transgenerationally inherited piRNAs trigger piRNA biogenesis by changing the chromatin of piRNA clusters and inducing precursor processing.
著者: Le Thomas, A. / Stuwe, E. / Li, S. / Du, J. / Marinov, G. / Rozhkov, N. / Chen, Y.C. / Luo, Y. / Sachidanandam, R. / Toth, K.F. / Patel, D. / Aravin, A.A.

履歴

登録	2014年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4quf.cif.gz	180.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4quf.ent.gz	147.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4quf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/4quf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qu/4quf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4qucSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m9w-1 6awv-2 6b1d-2 4m9w-2 6v8s-6 6awt-4 4u68-2 4g6x-d 1qkd-d 4y31-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RE36324p

P: H3(1-15)K9me3 peptide

B: RE36324p

Q: H3(1-15)K9me3 peptide

C: RE36324p

R: H3(1-15)K9me3 peptide

D: RE36324p

T: H3(1-15)K9me3 peptide

E: RE36324p

V: H3(1-15)K9me3 peptide

F: RE36324p

U: H3(1-15)K9me3 peptide

57 kDa, 12 ポリマー
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1

A: RE36324p

P: H3(1-15)K9me3 peptide

B: RE36324p

Q: H3(1-15)K9me3 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 4 ポリマー
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2

C: RE36324p

R: H3(1-15)K9me3 peptide

D: RE36324p

T: H3(1-15)K9me3 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 4 ポリマー
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3

E: RE36324p

V: H3(1-15)K9me3 peptide

F: RE36324p

U: H3(1-15)K9me3 peptide

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	42.317, 79.932, 81.181
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	RE36324p / Rhino 分子量: 7885.945 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: rhi, rhino, CG10683, Dmel_CG10683 / プラスミド: pETsumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q7JXA8
#2: タンパク質・ペプチド	H3(1-15)K9me3 peptide 分子量: 1607.877 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide was synthesized at TUFTS university
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M ammonium nitrate and 20% PEG3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月4日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 18675 / Num. obs: 18675 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.131 / R_sym value: 0.131 / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.818 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1854 / R_sym value: 0.818 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4QUC

4quc

解像度: 2.501→37.216 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 26.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2494	951	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1948	-	-	-
all	0.1976	18675	-	-
obs	0.1976	18648	99.78 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.501→37.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3303	0	0	203	3506

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3368
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.233	4538
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.089	1268
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	581

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5006-2.6324	0.3235	148	0.2506	2479	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6324-2.7973	0.3003	137	0.2511	2498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7973-3.0132	0.3458	140	0.2322	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0132-3.3163	0.2441	135	0.203	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3163-3.7957	0.2444	130	0.1793	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7957-4.7806	0.2235	124	0.1565	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7806-37.2202	0.2038	137	0.1911	2565	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5513	1.685	-2.9409	2.7218	-1.3563	2.3604	0.2399	-0.5299	0.1757	0.2055	-0.3336	-0.1036	-0.124	0.3746	0.0402	0.1513	-0.0041	-0.0042	0.2737	0.0349	0.1467	47.7697	9.7973	8.1243
2	3.4175	0.1542	0.3869	8.2646	1.3239	2.2822	-0.1119	0.4242	-0.2086	-0.8303	0.3234	0.5579	0.0452	0.1711	0.0813	0.1481	-0.0387	-0.0623	0.2961	-0.0029	0.2293	44.2025	5.0804	-3.3747
3	3.5897	-0.941	0.6974	7.7941	-2.0415	3.3565	-0.2473	0.3505	0.7115	0.6524	0.3134	0.6168	0.0387	-0.1308	-0.2725	0.1673	-0.068	-0.0663	0.3501	-0.0116	0.2528	46.3848	17.8012	4.7195
4	2.8453	0.1653	-1.7124	1.732	0.1179	2.5673	0.384	0.1526	0.3219	-0.6022	-0.0398	0.5461	0.0764	0.0668	0.1359	0.1003	0.0077	0.0207	0.3508	-0.0242	0.0452	29.567	8.9815	-4.3663
5	4.552	0.3952	-2.2468	2.9191	1.5153	4.208	0.3521	1.2878	0.3936	0.0471	-0.172	0.319	0.0307	-0.0799	0.0105	0.1931	-0.0104	0.0002	0.2701	0.0047	0.1195	25.5937	10.929	-5.667
6	0.8576	-1.3131	-0.1766	5.4456	-2.1646	2.0975	-0.2749	-0.398	-0.1562	0.1147	0.3608	-0.2544	0.0794	-0.5499	0.0739	0.2041	-0.0725	-0.0224	0.4114	0.0877	0.26	31.6541	1.5959	7.7487
7	4.7808	0.3321	1.3677	4.9181	3.6912	3.7287	0.262	-0.1792	0.8064	-0.2766	0.2926	-0.4688	-0.5387	0.3818	-0.2158	0.2526	0.0241	-0.0564	0.2738	-0.011	0.2975	29.1955	17.9732	-1.3762
8	5.6447	-0.9299	0.9805	8.0894	-1.1174	5.3648	-0.0993	0.1986	-0.5436	0.0772	0.2976	-0.9199	0.7588	0.106	0.099	0.3603	-0.0035	-0.0977	0.2063	-0.0247	0.0862	42.1917	-24.0228	28.4569
9	2.5361	0.0613	0.1763	1.3196	-0.4492	1.9231	0.1362	0.2689	-0.1525	0.2264	-0.0776	0.1891	0.0793	0.0037	-0.0588	0.2702	-0.0337	-0.0155	0.1635	0.0354	0.2405	37.265	-15.4001	29.4632
10	2.3579	-0.5583	-2.3081	0.7299	-1.288	7.934	0.4341	-0.069	0.2925	0.6064	-0.1192	-0.8606	-0.5879	0.5101	-0.2746	0.5675	-0.0241	-0.1237	0.3139	0.0403	0.3669	46.2324	-23.4885	31.2692
11	3.7612	1.4114	2.4809	3.2706	0.2066	4.1299	0.163	0.0232	-0.1566	0.065	-0.1204	-0.5404	0.2008	0.0656	-0.0035	0.1811	0.0238	-0.0036	0.1557	0.0468	0.2154	52.244	-2.444	24.6242
12	8.2352	-2.538	-2.6389	4.4739	1.604	4.6982	0.0765	-0.1771	0.337	0.4204	0.0172	0.48	-0.0838	0.0901	-0.0507	0.3749	-0.0876	0.0235	0.1648	0.0129	0.3429	44.3384	-4.2038	35.2444
13	6.2311	1.9699	0.066	7.607	-0.819	9.0233	0.6083	0.1268	-0.0866	0.3408	0.0537	-0.2968	0.3703	0.1045	-0.1496	0.4338	0.0253	0.0407	0.2858	0.0873	0.4045	57.6089	-8.1139	26.2901
14	0.4858	-0.0913	-0.3973	5.362	1.4217	2.0347	-0.121	0.0351	-0.1813	0.2355	0.0019	0.1206	0.0035	0.236	0.0815	0.2122	0.0643	-0.0146	0.193	0.0181	0.148	49.3103	19.5465	30.4441
15	2.962	2.3661	-2.1529	3.3624	-0.9666	2.5093	-0.3205	0.2148	0.477	-0.503	0.1586	-0.2508	0.1143	0.0466	0.4726	0.2883	-0.0393	-0.0118	0.2597	0.0387	0.283	49.6341	26.6693	24.1882
16	4.0983	0.3999	-2.3738	0.8363	-1.2561	8.3497	-0.3296	-0.4084	0.2147	0.5658	0.2766	-0.9053	-0.8028	0.2913	0.3538	0.4655	-0.0299	-0.1062	0.2616	0.1581	0.37	57.2719	18.4905	31.9404
17	2.9827	-1.1204	2.4812	3.9928	0.6441	3.2164	0.396	-0.0365	-0.2543	0.4516	-0.2994	-0.4453	-0.077	0.4349	0.276	0.6011	-0.3246	-0.2512	0.7061	0.3087	0.2622	63.81	40.3849	27.8747
18	4.7118	0.8681	2.1286	0.7835	-0.2352	2.444	-0.1541	-0.2738	0.0436	-0.0791	-0.4516	-0.621	0.1246	1.0061	-0.0358	0.2363	-0.2051	-0.0826	0.4112	0.1582	0.3022	58.6801	40.4	20.8233
19	6.4525	-2.0012	-2.2036	5.0189	-0.2333	3.8792	0.3362	-0.6254	-0.63	0.5275	-0.3157	0.1179	-0.5787	0.2602	0.1622	0.3646	-0.0616	-0.0682	0.1976	0.0224	0.2108	49.0539	37.716	32.4537
20	1.8691	-0.0244	0.1015	1.6172	0.2191	0.0347	0.2184	0.261	-0.38	-0.0586	-0.0694	-0.0782	0.0627	0.143	-0.2634	0.2278	-0.111	-0.2094	0.6349	0.3442	0.7526	66.2719	33.9796	26.1539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 22 through 61 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 62 through 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'P' and (resid 3 through 10 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 22 through 45 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 46 through 61 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 62 through 84 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'Q' and (resid 3 through 10 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 22 through 30 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 31 through 82 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'R' and (resid 3 through 11 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 22 through 61 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 62 through 79 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'T' and (resid 4 through 10 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 22 through 53 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 54 through 79 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'V' and (resid 5 through 10 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 23 through 30 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 31 through 61 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 62 through 82 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'U' and (resid 5 through 8 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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