PDB-4qsl: Crystal Structure of Listeria Monocytogenes Pyruvate Carboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qsl

タイトル

Crystal Structure of Listeria Monocytogenes Pyruvate Carboxylase

要素

Pyruvate carboxylase

キーワード

LIGASE / TIM Barrell / Pyruvate Carboxylase / Acetyl-CoA / Biotin

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.28 Å

データ登録者

Choi, P.H. / Tong, L.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: The Cyclic Dinucleotide c-di-AMP Is an Allosteric Regulator of Metabolic Enzyme Function.
著者: Sureka, K. / Choi, P.H. / Precit, M. / Delince, M. / Pensinger, D.A. / Huynh, T.N. / Jurado, A.R. / Goo, Y.A. / Sadilek, M. / Iavarone, A.T. / Sauer, J.D. / Tong, L. / Woodward, J.J.

履歴

登録	2014年7月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qsl.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qsl.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qsl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qsl_validation.pdf.gz	568.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qsl_full_validation.pdf.gz	815.7 KB	表示
XML形式データ	4qsl_validation.xml.gz	286.4 KB	表示
CIF形式データ	4qsl_validation.cif.gz	378.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qsl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qsl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qshC 4qskC 3bg5S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1736 3tw7-1 6ty1-d 5vyw-d 4hnu-d 4hnt-d 1738 1737 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (7) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (7)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (7)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

H: Pyruvate carboxylase

F: Pyruvate carboxylase

E: Pyruvate carboxylase

G: Pyruvate carboxylase

D: Pyruvate carboxylase

A: Pyruvate carboxylase

B: Pyruvate carboxylase

C: Pyruvate carboxylase

1.03 MDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

H: Pyruvate carboxylase

F: Pyruvate carboxylase

E: Pyruvate carboxylase

G: Pyruvate carboxylase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
513 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Pyruvate carboxylase

A: Pyruvate carboxylase

B: Pyruvate carboxylase

C: Pyruvate carboxylase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
513 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.360, 132.615, 257.544
Angle α, β, γ (deg.)	86.65, 79.84, 70.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 1060 / Label seq-ID: 1 - 1060

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Pyruvate carboxylase 分子量: 128257.719 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: AX24_02755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: W6G6F5, UniProt: A0A1C7Q2R5*PLUS, pyruvate carboxylase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16% PEG 3350, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5, 1% Tacsimate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月21日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 151836 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 72.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BG5

3bg5

解像度: 3.28→47.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 34.498 / SU ML: 0.558 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.64 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28437	7628	5 %	RANDOM
R_work	0.23751	-	-	-
obs	0.23989	144205	88.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 127.681 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.72 Å²	2.32 Å²	0.73 Å²
2-	-	-5.6 Å²	-0.59 Å²
3-	-	-	-2.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.28→47.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	60495	0	0	0	60495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	61712
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	56546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.403	1.95	84112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.281	3	129202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.761	5	8082
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.914	24.439	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.742	15	9228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.605	15	334
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	9664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	71992
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	13994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	C	57458	0.09
1	2	B	57458	0.09
2	1	C	50760	0.1
2	2	E	50760	0.1
3	1	C	47343	0.09
3	2	G	47343	0.09
4	1	C	63137	0.02
4	2	D	63137	0.02
5	1	C	57456	0.09
5	2	A	57456	0.09
6	1	C	50681	0.1
6	2	F	50681	0.1
7	1	C	47373	0.09
7	2	H	47373	0.09
8	1	B	51294	0.1
8	2	E	51294	0.1
9	1	B	47942	0.1
9	2	G	47942	0.1
10	1	B	57458	0.09
10	2	D	57458	0.09
11	1	B	63444	0.02
11	2	A	63444	0.02
12	1	B	51164	0.1
12	2	F	51164	0.1
13	1	B	47923	0.1
13	2	H	47923	0.1
14	1	E	45019	0.1
14	2	G	45019	0.1
15	1	E	50763	0.1
15	2	D	50763	0.1
16	1	E	51286	0.1
16	2	A	51286	0.1
17	1	E	55427	0.04
17	2	F	55427	0.04
18	1	E	45030	0.1
18	2	H	45030	0.1
19	1	G	47348	0.09
19	2	D	47348	0.09
20	1	G	47930	0.1
20	2	A	47930	0.1
21	1	G	44987	0.1
21	2	F	44987	0.1
22	1	G	52364	0.03
22	2	H	52364	0.03
23	1	D	57447	0.09
23	2	A	57447	0.09
24	1	D	50688	0.1
24	2	F	50688	0.1
25	1	D	47373	0.09
25	2	H	47373	0.09
26	1	A	51148	0.1
26	2	F	51148	0.1
27	1	A	47908	0.1
27	2	H	47908	0.1
28	1	F	45002	0.1
28	2	H	45002	0.1

LS精密化シェル

解像度: 3.285→3.462 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	889	-
R_work	0.339	16919	-
obs	-	-	71.44 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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