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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qs6 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE of 5-CARBOXYVANILLATE DECARBOXYLASE LIGW2 FROM NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS DSM 12444 (TARGET EFI-505250) WITH BOUND 4-HYDROXY-3-METHOXY-5-NITROBENZOIC ACID, NO METAL, THE D314N MUTANT | ||||||
要素 | Ligw2 Decarboxylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / AMIDOHYDROLASE / METAL BINDING SITE / DECARBOXYLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 secondary metabolic process / : / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | Patskovsky, Y. / Vladimirova, A. / Toro, R. / Bhosle, R. / Gerlt, J.A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Ligw2 Decarboxylase from Novosphingobium Aromaticivorans 著者: Patskovsky, Y. / Vladimirova, A. / Toro, R. / Bhosle, R. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qs6.cif.gz | 169.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qs6.ent.gz | 132.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qs6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qs6_validation.pdf.gz | 468 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qs6_full_validation.pdf.gz | 470.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4qs6_validation.xml.gz | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qs6_validation.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qs6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4qs5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42455.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) 株: DSM 12444 / F199 / 遺伝子: Saro_0799 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GA79 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.83 % |
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 0.085M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 0.17M SODIUM ACETATE, 25% PEG 4000,15% GLYCEROL, 50MM 3-methoxy-4-hydroxy-5-nitrobenzoic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月4日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 73295 / Num. obs: 73152 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Rsym value: 0.173 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.95 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4QS5 解像度: 1.76→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.058 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.719 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→50 Å
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拘束条件 |
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