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- PDB-4qs5: CRYSTAL STRUCTURE of 5-CARBOXYVANILLATE DECARBOXYLASE LIGW2 FROM ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qs5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE of 5-CARBOXYVANILLATE DECARBOXYLASE LIGW2 FROM NOVOSPHINGOBIUM AROMATICIVORANS DSM 12444 (TARGET EFI-505250) WITH BOUND MANGANESE AND 3-methoxy-4-hydroxy-5-nitrobenzoic acid, THE D314N MUTANT
要素Ligw2 Decarboxylase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / AMIDOHYDROLASE / METAL BINDING SITE / DECARBOXYLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-3-methoxy-5-nitrobenzoic acid / ACETATE ION / : / Amidohydrolase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Vladimirova, A. / Toro, R. / Bhosle, R. / Hillerich, B. / Seidel, R.D. / Raushel, M. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of 5-CARBOXYVANILLATE Decarboxylase from Novosphingobium Aromaticivorans
著者: Patskovsky, Y. / Vladimirova, A. / Toro, R. / Bhosle, R. / Gerlt, J.A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ligw2 Decarboxylase
B: Ligw2 Decarboxylase
C: Ligw2 Decarboxylase
D: Ligw2 Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,81924
ポリマ－169,8214
非ポリマー1,99820
水20,8071155
1
A: Ligw2 Decarboxylase
B: Ligw2 Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,85312
ポリマ－84,9112
非ポリマー94210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area23660 Å2
手法PISA
2
C: Ligw2 Decarboxylase
D: Ligw2 Decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,96612
ポリマ－84,9112
非ポリマー1,05610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7110 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area23540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.159, 60.590, 123.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.717498, 0.616362, 0.324492), (0.615608, 0.343133, 0.709427), (0.32592, 0.708772, -0.625634)2.65759, 0.77461, -3.78444
3given(0.998788, 0.001379, -0.049197), (-0.000954, 0.999962, 0.008649), (0.049207, -0.008591, 0.998752)-26.53905, 0.42113, 55.6335
4given(-0.705207, 0.615156, 0.352513), (0.639995, 0.338355, 0.689871), (0.305104, 0.712108, -0.632308)39.5417, 24.75366, -47.24985

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Ligw2 Decarboxylase


分子量: 42455.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア)
株: DSM 12444 / F199 / 遺伝子: Saro_0799 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GA79

-
非ポリマー , 6種, 1175分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-1DF / 4-hydroxy-3-methoxy-5-nitrobenzoic acid


分子量: 213.144 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO6
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.64 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 0.085M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 0.17M SODIUM ACETATE, 25% PEG 4000,15% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月4日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 123052 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.85 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4INF

4inf


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 3.599 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20999 3711 3 %RANDOM
Rwork0.15577 ---
obs0.15742 119106 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å2-0 Å20.86 Å2
2---0.36 Å2-0 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11114 0 122 1155 12391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01911591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.96915646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8132.99825188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.87551418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.79423.573557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.727152011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2361595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02113121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022678
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8073.2075611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7633.2055608
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9894.9927015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9934.9927016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.6574.415980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other13.6564.415981
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.9686.3068621
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.13512.9114528
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.13412.91114529
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 296 -
Rwork0.268 8736 -
obs--99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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