PDB-4qs4: Crystal Structure of CofB from Enterotoxigenic Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qs4

タイトル

Crystal Structure of CofB from Enterotoxigenic Escherichia coli

要素

CofB

キーワード

CELL ADHESION / Type IV pilin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kolappan, S. / Craig, L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the Minor Pilin CofB, the Initiator of CFA/III Pilus Assembly in Enterotoxigenic Escherichia coli.
著者: Kolappan, S. / Ng, D. / Yang, G. / Harn, T. / Craig, L.

履歴

登録	2014年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qs4.cif.gz	206.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qs4.ent.gz	165.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qs4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qs4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/4qs4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ax6-d 5hbv-d 4w64-d 3qux-d 6cw9-d 3arb-d 3rtq-d 6mji-d 5lel-2 5e37-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CofB

ヘテロ分子

54.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: CofB

ヘテロ分子

A: CofB

ヘテロ分子

A: CofB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.895, 104.895, 362.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-774- HOH
2	1	A-831- HOH
3	1	A-857- HOH

#1: タンパク質	CofB 分子量: 54311.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cofB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93I73
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 100 mM MES, 1.65 M Ammonium sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL14-1	1	1
シンクロトロン	SSRL	BL7-1	2	0.97591, 0.979369
	SSRL	BL7-1	3

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2014年2月22日	Mirrors
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2014年2月22日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111)	MAD	M	x-ray	2
3	Si(111)	MAD	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97591	1
3	0.979369	1

反射

解像度: 2→120.7 Å / Num. all: 52399 / Num. obs: 52381 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 11.1 % / B_iso Wilson estimate: 27.1 Å² / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 24.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.08-2.14	11.2	0.851	3.3	3726	1,2	100
2.03-2.08	9.4	0.978	2.5	3832	1,2	100
2.08-2.14	11.2	0.851	3.3	3726	1,2	100
2.14-2.2	11.3	0.677	4.1	3633	1,2	100
2.2-2.27	11.3	0.546	5.1	3532	1,2	100
2.27-2.35	11.2	0.427	6.7	3426	1,2	100
2.35-2.4	11.3	0.354	7.9	3315	1,2	100
2.4-2.5	11.3	0.304	9.2	3206	1,2	100
2.5-2.6	11.3	0.234	11.6	3064	1,2	100
2.6-2.8	11.3	0.188	14.3	2973	1,2	100
2.8-2.9	11.3	0.146	17.9	2842	1,2	100
2.9-3.1	11.3	0.108	23.1	2707	1,2	100
3.1-3.3	11.3	0.076	31.9	2548	1,2	99.9
3.3-3.5	11.2	0.056	41.2	2438	1,2	99.9
3.5-3.8	11.2	0.044	50.9	2253	1,2	99.9
4.2-4.8	11.2	0.028	76.4	1897	1,2	99.9
4.8-5.7	11	0.028	80.2	1683	1,2	99.8
5.7-7.3	10.9	0.03	69.5	1434	1,2	99.7
7.3-12.6	10.7	0.026	75.9	1144	1,2	99.5
12.6-120.7	9.9	0.018	90	659	1,2	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→38.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 6.744 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22856	2673	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20521	-	-	-
obs	0.2064	52379	99.96 %	-
all	-	52381	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.573 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0.39 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→38.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3803	0	28	165	3996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.02	3901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.04	1.96	5288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.672	3.002	8412
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.071	5	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.764	25.723	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.52	15	669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.823	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4477
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	853
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.276	194	-
R_work	0.27	3637	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2972	0.4711	-1.0179	1.8368	-0.6819	2.0089	0.1188	-0.0229	0.4965	0.0655	-0.0018	0.0947	-0.4079	0.1247	-0.117	0.142	-0.0204	0.0233	0.0852	-0.0084	0.0819	-12.766	-40.996	-42.4989
2	0.6297	0.0727	-0.0811	0.0552	-0.0265	1.8848	0.0352	-0.0259	-0.0111	-0.0017	0.043	0.0391	-0.0716	-0.3129	-0.0782	0.1015	-0.0008	0.0101	0.1036	0.0311	0.057	-6.1591	-60.1508	-5.4715
3	1.191	0.2672	-0.6055	0.9498	-0.4062	3.7195	0.0131	-0.1278	-0.0216	0.2125	-0.0395	-0.2621	-0.0753	0.4239	0.0264	0.0672	-0.0253	-0.043	0.0763	-0.0221	0.0935	11.9336	-59.0879	37.9229

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 256
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	257 - 371
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	372 - 518

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