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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qry
タイトルthe ground state and the N intermediate of pharaonis halorhodopsin in complex with bromide ion
要素Halorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / 7 transmembrane helices / light-driven chloride ion pump / retinal bacterioruberin / membrane
機能・相同性Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha / BROMIDE ION / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / RETINAL / :
機能・相同性情報
生物種Natronomonas pharaonis (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kouyama, T. / Kawaguchi, H.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structures of the L1, L2, N, and O States of pharaonis Halorhodopsin
著者: Kouyama, T. / Kawaguchi, H. / Nakanishi, T. / Kubo, H. / Murakami, M.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halorhodopsin
B: Halorhodopsin
C: Halorhodopsin
E: Halorhodopsin
F: Halorhodopsin
G: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,96735
ポリマ－185,8516
非ポリマー8,11629
水5,188288
1
A: Halorhodopsin
B: Halorhodopsin
C: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,52415
ポリマ－92,9253
非ポリマー2,59912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Halorhodopsin
F: Halorhodopsin
G: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,44320
ポリマ－92,9253
非ポリマー5,51817
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)153.360, 98.300, 100.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCEFG

#1: タンパク質
Halorhodopsin


分子量: 30975.096 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
詳細: STRAIN MK-1 WAS A HALORHODOPSIN-OVERPRODUCING MUTANT GENERATED FROM TYPE STRAIN D2160T.
由来: (天然) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 株: MK-1 / 参照: UniProt: Q3ITX1
#4: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 4種, 312分子

#2: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物
ChemComp-L2P / 2,3-DI-PHYTANYL-GLYCEROL / 1,2-DI-1-(3,7,11,15-TETRAMETHYL-HEXADECANE)-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ビス[(3R,7R,11R)-3,7,11,15-テトラメチルヘキサデシル]-D-グリセロ-ル


分子量: 653.157 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H88O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.3 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: The C2 crystal of halorhodopsin grew when a solution containing 3 mg/ml halorhodopsin, 0.4 % nonylglucoside, 1 M ammonium sulfate, 0.16 M sodium chloride, 0.04 M sodium citrate at pH 6 and 0. ...詳細: The C2 crystal of halorhodopsin grew when a solution containing 3 mg/ml halorhodopsin, 0.4 % nonylglucoside, 1 M ammonium sulfate, 0.16 M sodium chloride, 0.04 M sodium citrate at pH 6 and 0.04 % sodium azide was concentrated by the vapor diffusion using a reservoir solution containing 2.8 M ammonium sulfate and 0.12 M sodium citrate at pH 6. For investigation of light-induced structural changes, the C2 crystal was soaked in a solution containing 0.1 M sodium bromide, 1.5 M trisodium citrate at pH 7 and 30 % trehalose. This crystal was illuminated at 240 K with orange light and cooled to 100 K at a rate of 2.3 K/sec in the dark., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月3日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.13 Å / Num. all: 59552 / Num. obs: 58957 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 8518 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3qbk

3qbk


解像度: 2.2→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE THREE CHAINS (A B AND C) REPRESENT THE REACTION STATES THAT WERE GENERATED BY ILLUMINATION AT 240 K AND REMAINED TRAPPED AFTER SLOW COOLING TO 100K IN THE DARK. THE OTHER THREE CHAINS (E ...詳細: THE THREE CHAINS (A B AND C) REPRESENT THE REACTION STATES THAT WERE GENERATED BY ILLUMINATION AT 240 K AND REMAINED TRAPPED AFTER SLOW COOLING TO 100K IN THE DARK. THE OTHER THREE CHAINS (E F AND G) REPRESENT THE UNPHOTOLYZED STATES THAT CO-EXISTED IN THE ILLUMINATED CRYSTAL. THE ASYMMETRIC UNIT OF THE C2 CRYSTAL CONTAINS THREE SUBUNITS. THESE THREE SUBUNITS UNDERWENT DIFFERENT STRUCTURAL CHANGES WHEN THE CRYSTAL WAS ILLUMINATED AT 240K. THE C2 CRYSTAL HAD BEEN SOAKED IN 0.1M SODIUM BROMIDE, 1.5M TRISODIUM-CITRATE AT pH 7 AND 30% TREHALOSE. THE DIFFRACTION DATA WERE COLLECTED AFTER THE ILLUMINATED CRYSTAL WAS COOLED TO 100 K WITH A RATE 2.3K/SEC IN THE DARK.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2428 2967 -RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 58744 98.9 %-
all-59422 --
原子変位パラメータBiso mean: 24.9699 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.976 Å20 Å22.474 Å2
2--3.066 Å20 Å2
3----4.042 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11759 0 357 288 12404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0067
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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