PDB-4qrv: Crystal structure of I86F mutant of papain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qrv

タイトル

Crystal structure of I86F mutant of papain

要素

Papain

キーワード

HYDROLASE / protease / zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

papain / serpin family protein binding / cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Carica papaya (パパイア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.978 Å

データ登録者

Dutta, S. / Choudhury, D. / Roy, S.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Pro-peptide regulates the substrate specificity and zymogen activation process of papain: A structural and mechanistic insight
著者: Dutta, S. / Choudhury, D. / Roy, S. / Biswas, S.

履歴

登録	2014年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qrv.cif.gz	263.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qrv.ent.gz	210.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qrv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/4qrv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/4qrv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qrgC 4qrxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qrg-1 4qrg-2 2rfd-1 3qj3-1 6p68-3 5hyg-d 3f75-d 3gc0-d 5fdx-2 1to0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (15)

登録構造単位

A: Papain

B: Papain

ヘテロ分子

82.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Papain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Papain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.670, 74.267, 116.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.850, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Papain / Papaya proteinase I / PPI 分子量: 41101.586 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 27-345 / 変異: I86F, C132A, V139S, G143S, K281R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Carica papaya (パパイア) / プラスミド: pET30 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00784, papain
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.08 % / Mosaicity: 2.107 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.95 Å

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.978→50 Å / Num. obs: 50450 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 1.296 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.98-2.01	5.4	0.611	2485	0.764	98.6
2.01-2.05	5.6	0.547	2519	0.746	99.6
2.05-2.09	5.6	0.508	2488	0.924	99.7
2.09-2.13	5.6	0.391	2562	0.748	99.8
2.13-2.18	5.7	0.318	2469	0.797	99.8
2.18-2.23	5.7	0.272	2486	0.837	99.8
2.23-2.29	5.7	0.258	2496	1.012	99.8
2.29-2.35	5.7	0.205	2527	0.873	99.8
2.35-2.42	5.7	0.183	2506	0.907	100
2.42-2.49	5.7	0.161	2519	0.945	100
2.49-2.58	5.7	0.142	2512	0.975	100
2.58-2.69	5.7	0.123	2544	1.101	100
2.69-2.81	5.7	0.103	2509	1.112	100
2.81-2.96	5.7	0.087	2525	1.197	100
2.96-3.14	5.7	0.075	2542	1.386	100
3.14-3.39	5.7	0.066	2514	1.642	100
3.39-3.73	5.7	0.064	2539	2.15	100
3.73-4.26	5.6	0.061	2560	2.563	100
4.26-5.37	5.6	0.056	2548	2.421	100
5.37-50	5.5	0.061	2600	2.798	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.978→37.133 Å / FOM work R set: 0.8173 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2494	2564	5.09 %
R_work	0.1984	-	-
obs	0.2009	50402	99.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 114.13 Å² / B_iso mean: 37.24 Å² / B_iso min: 11.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.978→37.133 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4818	0	4	369	5191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.008	6681
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	687
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	866
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.247	1789

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9781-2.0162	0.2959	113	0.2455	2370	2483	88
2.0162-2.0573	0.3138	143	0.245	2646	2789	100
2.0573-2.1021	0.2796	152	0.236	2643	2795	100
2.1021-2.151	0.2462	135	0.221	2678	2813	100
2.151-2.2047	0.2599	173	0.209	2624	2797	100
2.2047-2.2643	0.2666	148	0.2104	2666	2814	100
2.2643-2.331	0.2876	118	0.2143	2651	2769	100
2.331-2.4062	0.2862	157	0.2106	2669	2826	100
2.4062-2.4922	0.2954	147	0.2164	2675	2822	100
2.4922-2.5919	0.2461	121	0.2083	2695	2816	100
2.5919-2.7099	0.2708	163	0.2116	2641	2804	100
2.7099-2.8527	0.2445	154	0.2088	2699	2853	100
2.8527-3.0313	0.2979	147	0.2137	2630	2777	100
3.0313-3.2653	0.224	127	0.1951	2710	2837	100
3.2653-3.5936	0.2169	150	0.1888	2689	2839	100
3.5936-4.113	0.2348	140	0.174	2680	2820	100
4.113-5.1797	0.228	140	0.1677	2703	2843	100
5.1797-37.14	0.2263	136	0.1992	2769	2905	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5333	-0.9572	0.5135	1.3826	-0.2434	7.5892	-0.0187	-0.3528	-0.1771	0.2992	0.0134	0.0807	0.546	0.2215	-0.0337	0.3235	-0.0182	0.06	0.1915	0.0147	0.2066	-7.044	-9.8665	77.8332
2	2.8175	-1.784	-0.9441	7.4169	2.7151	4.9696	0.3189	-0.1909	0.478	-0.1012	-0.2217	0.2548	0.0362	-0.1319	0.0268	0.2291	-0.0399	0.1172	0.2792	-0.1105	0.3708	1.2704	-3.6461	52.4421
3	2.0765	0.6521	-0.0951	2.2376	-0.2341	1.1363	-0.0462	0.1756	0.0658	-0.1493	0.0081	-0.1018	0.0462	0.0635	0.0365	0.1472	0.0207	0.0221	0.1437	0.0208	0.1436	5.3589	2.6601	55.9018
4	4.6323	1.0257	-4.0833	1.892	-0.909	6.861	-0.0391	-0.2508	0.2065	0.0182	0.1386	0.1423	0.05	0.4362	-0.1181	0.3608	0.0445	-0.0249	0.2939	-0.0075	0.2162	30.7578	-6.6151	-14.471
5	1.9091	0.2251	-0.2952	4.0308	-1.6718	2.5605	0.0959	-0.2995	-0.0655	0.3418	-0.0959	0.1182	-0.1368	0.0812	-0.0014	0.252	-0.0484	0.0316	0.2294	-0.0003	0.1666	25.2351	-16.5514	7.5531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 4 THROUGH 80 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 81 THROUGH 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 118 THROUGH 319 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 3 THROUGH 109 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 110 THROUGH 319 )

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