PDB-4qr5: Brd4 Bromodomain 1 complex with its novel inhibitors

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qr5

タイトル

Brd4 Bromodomain 1 complex with its novel inhibitors

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION/TRANSCRIPTION INHIBITOR / BRD4 / Bromodomain / four alpha helices / TRANSCRIPTION-TRANSCRIPTION INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Xiong, B. / Cao, D.Y. / Chen, T.T. / Xu, Y.C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Fragment-based drug discovery of 2-thiazolidinones as BRD4 inhibitors: 2. Structure-based optimization
著者: Zhao, L. / Wang, Y. / Cao, D.Y. / Chen, T.T. / Wang, Q. / Li, Y. / Xu, Y.C. / Zhang, N. / Wang, X. / Chen, D. / Chen, L. / Chen, Y.L. / Xia, G. / Shi, Z. / Liu, Y.C. / Lin, Y. / Miao, Z. / Shen, J. / Xiong, B.

履歴

登録	2014年6月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qr5.cif.gz	44.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qr5.ent.gz	30.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qr5_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qr5_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4qr5_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	4qr5_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/4qr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/4qr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qr3C 4qr4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6q3y-2 6jj6-d 5h21-d 3u5k-2 6jj3-d 5hq7-d 6kei-d 4hxl-d 6jjb-d 6xv7-d 6kej-d 3u5k-3 4qr4-d 4qr3-d 6lg8-d 6zci-d 5y1y-d 5dlx-d 5xi4-d 5xhy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.740, 47.200, 79.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 14841.152 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): codon plus / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-BNM / N-[3-(cyclopentylsulfamoyl)-5-(2-oxo-2,3-dihydro-1,3-thiazol-4-yl)phenyl]cyclopropanecarboxamide 分子量: 407.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁N₃O₄S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 3.6M Naformate, 10% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 1.25 Å / Num. obs: 59372 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 10.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 10.26

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.25-1.32		0.559	0.934	1.2	13819	10444	6504	1.224	62.3
1.32-1.41		0.73	0.752	1.89	24510	9739	8899	0.928	91.4
1.41-1.53		0.901	0.563	3.75	33771	9125	9095	0.657	99.7
1.53-1.67		0.958	0.34	5.93	31259	8387	8360	0.396	99.7
1.67-1.87		0.981	0.209	8.87	28331	7548	7519	0.243	99.6
1.87-2.16		0.994	0.1	15.07	25209	6667	6647	0.116	99.7
2.16-2.64		0.996	0.061	21.61	21449	5664	5648	0.071	99.7
2.64-3.72		0.998	0.04	29.33	16125	4337	4320	0.047	99.6
	3.72	0.998	0.03	35.89	8978	2418	2380	0.036	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.41→30.353 Å / FOM work R set: 0.8635 / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.31 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1944	1991	8.43 %
R_work	0.1686	-	-
obs	0.1707	23618	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 36.12 Å² / B_iso mean: 14.2 Å² / B_iso min: 5.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→30.353 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1043	0	27	143	1213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.164	1570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	198
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.537	451

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.41-1.4279	0.3404	140	0.2757	1532	1672	100
1.4279-1.4466	0.3267	137	0.2522	1475	1612	100
1.4466-1.4665	0.2937	142	0.2616	1497	1639	100
1.4665-1.4874	0.2762	137	0.22	1492	1629	99
1.4874-1.5096	0.2694	146	0.2175	1521	1667	100
1.5096-1.5332	0.2063	137	0.2078	1486	1623	100
1.5332-1.5583	0.2139	139	0.206	1491	1630	99
1.5583-1.5852	0.2023	140	0.1935	1536	1676	100
1.5852-1.614	0.2022	139	0.1777	1458	1597	100
1.614-1.6451	0.2135	135	0.1717	1477	1612	100
1.6451-1.6787	0.2035	143	0.1675	1545	1688	100
1.6787-1.7151	0.2493	138	0.1811	1482	1620	100
1.7151-1.755	0.2162	135	0.1726	1499	1634	100
1.755-1.7989	0.2048	136	0.1699	1497	1633	99
1.7989-1.8476	0.1997	137	0.1721	1507	1644	99
1.8476-1.9019	0.2282	139	0.1606	1486	1625	99
1.9019-1.9633	0.188	139	0.1619	1516	1655	100
1.9633-2.0335	0.1774	140	0.1575	1515	1655	100
2.0335-2.1148	0.1755	137	0.1621	1489	1626	100
2.1148-2.2111	0.1699	133	0.1506	1482	1615	100
2.2111-2.3276	0.1788	143	0.1531	1507	1650	100
2.3276-2.4734	0.1404	133	0.1533	1516	1649	100
2.4734-2.6642	0.188	137	0.1632	1491	1628	100
2.6642-2.9322	0.1905	139	0.1771	1500	1639	100
2.9322-3.356	0.215	133	0.1729	1498	1631	99
3.356-4.2264	0.1669	133	0.1325	1492	1625	99
4.2264-30.3598	0.1586	141	0.1536	1483	1624	98

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)