PDB-4qqh: Crystal structure of C1QL3 in space group H32

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qqh

タイトル

Crystal structure of C1QL3 in space group H32

要素

Complement C1q-like protein 3

キーワード

PROTEIN BINDING / Jelly roll fold / C1q / Brain-specific angiogenesis inhibitor G-protein coupled receptor 3 / extracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

postsynaptic density assembly / collagen trimer / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / regulation of synapse organization / synaptic cleft / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / glutamatergic synapse / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Ressl, S. / Brunger, A.T.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structures of C1q-like Proteins Reveal Unique Features among the C1q/TNF Superfamily.
著者: Ressl, S. / Vu, B.K. / Vivona, S. / Martinelli, D.C. / Sudhof, T.C. / Brunger, A.T.

履歴

登録	2014年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qqh.cif.gz	70 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qqh.ent.gz	52.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qqh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/4qqh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4qpyC 4qq2C 4qqlC 4qqoC 4qqpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qql-2 4qqo-1 4qq2-d 4d7y-1 4qql-3 4qql-1 4qqp-1 4qpy-d 5a3k-3 3lu9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Complement C1q-like protein 3

ヘテロ分子

16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Complement C1q-like protein 3

ヘテロ分子

A: Complement C1q-like protein 3

ヘテロ分子

A: Complement C1q-like protein 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.230, 76.230, 125.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-203- CD
2	1	A-204- CD
3	1	A-205- CD
4	1	A-206- CD
5	1	A-337- HOH
6	1	A-360- HOH
7	1	A-438- HOH

#1: タンパク質	Complement C1q-like protein 3 / C1q and tumor necrosis factor-related protein 13 / C1q/TNF-related protein 13 / CTRP13 / Gliacolin 分子量: 15180.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C1ql3, C1ql, Ctrp13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9ESN4
#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG400, 0.1 Na-acetate, 0.01M CdCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年7月20日
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→38.11 Å / Num. obs: 41170 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.2→31.921 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1674	2067	5.02 %	random
R_work	0.1538	-	-	-
all	0.1544	-	-	-
obs	0.1544	41168	93.48 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→31.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1017	0	7	167	1191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1066
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136	1448
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.991	381
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	190

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.2279	0.1944	112	0.1787	1588	X-RAY DIFFRACTION	58
1.2279-1.2586	0.2081	110	0.1655	1990	X-RAY DIFFRACTION	72
1.2586-1.2927	0.1677	115	0.1597	2357	X-RAY DIFFRACTION	84
1.2927-1.3307	0.1736	137	0.1622	2484	X-RAY DIFFRACTION	91
1.3307-1.3737	0.1756	122	0.156	2711	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3737-1.4228	0.166	168	0.1579	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4228-1.4797	0.1504	114	0.1532	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4797-1.5471	0.1476	129	0.1471	2787	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5471-1.6286	0.1575	165	0.1459	2763	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6286-1.7307	0.1438	161	0.1391	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7307-1.8643	0.1469	138	0.1429	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8643-2.0518	0.1509	160	0.1389	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0518-2.3487	0.1579	159	0.1428	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3487-2.9588	0.1938	145	0.1596	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9588-31.9325	0.1802	132	0.1663	2912	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0346	-0.7969	0.8639	3.0071	-0.0833	2.8529	0.0089	0.3952	0.0429	-0.2828	0.0814	-0.0136	-0.2381	0.0315	-0.0955	0.0963	-0.0111	0.0156	0.1098	0.017	0.0853	4.4777	9.9555	17.3392
2	1.903	-1.9705	-3.3162	2.3443	3.8572	7.2251	0.1167	-0.2273	0.3334	-0.0964	0.284	-0.3264	-0.3903	0.5759	-0.3779	0.1317	-0.0171	0.0014	0.1168	-0.0259	0.1514	5.7008	17.9939	35.7323
3	7.0694	-2.9904	-5.1963	2.233	2.5895	4.6558	0.1631	-0.2595	0.3146	-0.1349	0.0908	-0.2006	-0.3541	0.2862	-0.3185	0.1135	-0.0127	0.0034	0.0902	-0.0095	0.1389	2.9335	17.7063	30.5274
4	3.6398	-0.6623	0.9512	1.2004	-1.0384	1.4451	0.0321	0.2824	0.2932	-0.0454	-0.0693	-0.0902	-0.1212	0.0664	0.022	0.124	-0.0072	0.0174	0.1035	0.0279	0.1266	1.2252	17.3915	18.4369
5	0.8102	-0.0821	0.3651	0.9336	-0.1617	2.6165	-0.0068	-0.0508	0.0541	0.0757	0.0029	-0.0128	-0.1272	-0.0213	0.0106	0.0807	0.0016	-0.0011	0.0635	-0.0046	0.0914	-2.3444	9.8776	33.6484
6	0.908	-0.4297	0.1038	1.6717	-0.9846	1.6364	0.0153	-0.0958	-0.0103	0.0807	0.0493	0.0762	-0.0542	-0.0815	-0.0539	0.0769	0.0055	0.01	0.0666	-0.0174	0.0803	-4.7983	8.5047	37.9977
7	0.6881	0.3939	-0.3423	1.1467	0.0774	0.7047	0.0298	0.1067	0.1014	-0.1308	0.0133	0.1165	0.0288	-0.0636	-0.0531	0.0776	0.0075	-0.0088	0.0941	0.0046	0.0976	-8.2152	9.3038	21.3967
8	1.3007	-0.423	1.573	0.1551	-0.5083	1.9369	-0.1376	-0.1032	0.1797	0.1016	-0.0152	-0.0002	-0.4521	-0.2594	0.2068	0.1235	0.0196	-0.0182	0.0743	-0.0124	0.1232	-5.1169	16.1054	32.828
9	1.6918	-0.9831	-0.7337	1.1749	-0.7332	2.8154	-0.1018	-0.0957	0.3279	0.112	-0.0422	-0.2303	-0.2262	0.3295	0.0847	0.0745	-0.0169	-0.011	0.0754	0.0067	0.1258	7.344	10.2904	31.0505
10	5.2212	0.9561	-0.0624	3.5314	1.403	1.9718	-0.0328	0.3851	-0.1715	-0.2296	-0.069	0.0806	0.1392	-0.2475	0.0902	0.1733	0.0056	-0.0005	0.1686	-0.0098	0.0878	-6.2303	5.1158	10.6978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 8:12)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 13:21)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 22:31)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 32:49)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 50:74)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 75:94)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 95:107)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 108:117)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 118:132)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 133:137)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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