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- PDB-4qq4: CW-type zinc finger of MORC3 in complex with the amino terminus o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qq4
タイトルCW-type zinc finger of MORC3 in complex with the amino terminus of histone H3
要素
  • Histone H3.3
  • MORC family CW-type zinc finger protein 3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of chromosome condensation / Barr body / regulation of centromere complex assembly / negative regulation of interferon-beta production / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / maintenance of protein location in nucleus / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nucleus organization ...negative regulation of chromosome condensation / Barr body / regulation of centromere complex assembly / negative regulation of interferon-beta production / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / maintenance of protein location in nucleus / muscle cell differentiation / oocyte maturation / nucleus organization / spermatid development / subtelomeric heterochromatin formation / single fertilization / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / negative regulation of fibroblast proliferation / antiviral innate immune response / nucleosomal DNA binding / Inhibition of DNA recombination at telomere / telomere organization / embryo implantation / methylated histone binding / RNA Polymerase I Promoter Opening / post-embryonic development / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / multicellular organism growth / PML body / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear matrix / positive regulation of cellular senescence / Transcriptional regulation of granulopoiesis / osteoblast differentiation / male gonad development / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / protein-macromolecule adaptor activity / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / cell population proliferation / chromosome, telomeric region / protein stabilization / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
MICRORCHIDIA ATPase family / Morc, S5 domain 2-like / Morc6 ribosomal protein S5 domain 2-like / Herpes Virus-1 - #100 / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Herpes Virus-1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily ...MICRORCHIDIA ATPase family / Morc, S5 domain 2-like / Morc6 ribosomal protein S5 domain 2-like / Herpes Virus-1 - #100 / Zinc finger, CW-type / CW-type Zinc Finger / Zinc finger CW-type profile. / Herpes Virus-1 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / MORC family CW-type zinc finger protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Liu, Y. / Tempel, W. / Dong, A. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Family-wide Characterization of Histone Binding Abilities of Human CW Domain-containing Proteins.
著者: Liu, Y. / Tempel, W. / Zhang, Q. / Liang, X. / Loppnau, P. / Qin, S. / Min, J.
履歴
登録2014年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.22016年3月30日Group: Database references
改定 1.32016年5月18日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MORC family CW-type zinc finger protein 3
B: MORC family CW-type zinc finger protein 3
C: Histone H3.3
D: Histone H3.3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,23516
ポリマ－17,9684
非ポリマー26712
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area7280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.622, 64.860, 36.015
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2003-

UNX

21A-2118-

HOH

詳細THE BIOLOGICAL UNIT HAS NOT BEEN DETERMINED AS PART OF THIS STUDY

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 MORC family CW-type zinc finger protein 3 / Zinc finger CW-type coiled-coil domain protein 3


分子量: 7378.121 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 400-460 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0136, MORC3, ZCWCC3 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q14149
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.3


分子量: 1605.885 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84243

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非ポリマー , 4種, 101分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG-3350, 0.2 M ammonium chloride, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791521 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791521 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.05 Å / Num. obs: 15427 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.75-1.787.10.9582.3592983899.9
9.09-45.054.90.04728.469214098.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.3.6データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4o62

4o62


解像度: 1.75→45.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.2115 / WRfactor Rwork: 0.169 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8363 / SU B: 2.519 / SU ML: 0.078 / SU R Cruickshank DPI: 0.1028 / SU Rfree: 0.1071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ARP/WARP was used for phase improvement and automated model building. COOT was used for interactive model building. Model geometry was evaluated with MOLPROBITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 928 6 %THIN SHELLS (SFTOOLS)
Rwork0.1804 ---
obs0.1828 15390 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.76 Å2 / Biso mean: 28.654 Å2 / Biso min: 8.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å2-0 Å20 Å2
2--1.95 Å2-0 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→45.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数920 0 12 89 1021
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02885
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6031.9641323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81432045
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7955110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.81824.3453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99415155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9411510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6692.799451
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6652.803452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.6674.153560
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 119 -
Rwork0.248 1013 -
all-1132 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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