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- PDB-4qpt: Structural Investigation of hnRNP L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qpt
タイトルStructural Investigation of hnRNP L
要素Heterogenous nuclear ribonucleoprotein L
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA Recognition Motif / RRM / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA CDS binding / mRNA Splicing - Major Pathway / ribonucleoprotein granule / response to peptide / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / pronucleus / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / pre-mRNA intronic binding ...Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA CDS binding / mRNA Splicing - Major Pathway / ribonucleoprotein granule / response to peptide / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / pronucleus / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / pre-mRNA intronic binding / cellular response to amino acid starvation / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / circadian rhythm / mRNA processing / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / synapse / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / : / RRM domain / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) ...hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / : / RRM domain / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.351 Å
データ登録者Blatter, M. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Signature of the Five-Stranded vRRM Fold Defined by Functional, Structural and Computational Analysis of the hnRNP L Protein.
著者: Blatter, M. / Dunin-Horkawicz, S. / Grishina, I. / Maris, C. / Thore, S. / Maier, T. / Bindereif, A. / Bujnicki, J.M. / Allain, F.H.
履歴
登録2014年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterogenous nuclear ribonucleoprotein L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2362
ポリマ－24,1411
非ポリマー951
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.480, 37.970, 58.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heterogenous nuclear ribonucleoprotein L / Hnrpl protein / Protein Hnrnpl


分子量: 24141.270 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 31-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hnrnpl, Fblim1, hnrnp-L, Hnrpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5U1Y5, UniProt: F1LQ48*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% MPD, 0.1M sodium chloride, 0.04M Sodium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→31.44 Å / Num. obs: 44418 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.35→1.38 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2533 / Rsym value: 0.613 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.351→31.421 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.99 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 2375 5.35 %Random 5%
Rwork0.1677 ---
obs0.1697 44418 98.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.351→31.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1691 0 5 273 1969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5262354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.773646
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011312
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3505-1.37810.23171180.19782242X-RAY DIFFRACTION91
1.3781-1.40810.26361440.19282515X-RAY DIFFRACTION99
1.4081-1.44080.26581480.1932430X-RAY DIFFRACTION100
1.4408-1.47680.24831390.19082511X-RAY DIFFRACTION100
1.4768-1.51680.2441400.18622463X-RAY DIFFRACTION99
1.5168-1.56140.21831390.18592462X-RAY DIFFRACTION99
1.5614-1.61180.26491380.1832499X-RAY DIFFRACTION100
1.6118-1.66940.26511370.19062475X-RAY DIFFRACTION99
1.6694-1.73620.25941380.19052475X-RAY DIFFRACTION99
1.7362-1.81530.24251370.22454X-RAY DIFFRACTION98
1.8153-1.91090.22761390.19472442X-RAY DIFFRACTION98
1.9109-2.03070.19181430.17712508X-RAY DIFFRACTION100
2.0307-2.18740.21851420.1692475X-RAY DIFFRACTION100
2.1874-2.40750.19511400.16152501X-RAY DIFFRACTION99
2.4075-2.75570.22651440.16962474X-RAY DIFFRACTION98
2.7557-3.47110.20231440.15712538X-RAY DIFFRACTION99
3.4711-31.430.14471450.14432579X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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