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- PDB-4qoz: Crystal structure of the histone mRNA stem-loop, stem-loop bindin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qoz
タイトルCrystal structure of the histone mRNA stem-loop, stem-loop binding protein (phosphorylated), and 3'hExo ternary complex
要素
  • 3'-5' exoribonuclease 1
  • Histone RNA hairpin-binding protein
  • histone mRNA stem-loop
キーワードRNA/HYDROLASE/RNA BINDING PROTEIN / histone mRNA 3'-end processing / histone mRNA translation / microRNA homeostasis / 5.8S rRNA 3'-end maturation / ZFP100 / Lsm11 / phosphorylation / nucleus / RNA-HYDROLASE-RNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone mRNA stem-loop binding complex / histone pre-mRNA stem-loop binding / rRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / cap-dependent translational initiation / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone pre-mRNA DCP binding / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA ...histone mRNA stem-loop binding complex / histone pre-mRNA stem-loop binding / rRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / cap-dependent translational initiation / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone pre-mRNA DCP binding / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / maturation of 5.8S rRNA / RNA Polymerase II Transcription Termination / mRNA transport / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 3'-5' exonuclease activity / ribosome binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / Histone RNA stem-loop-binding protein SLBP1/SLBP2 / Histone RNA hairpin-binding protein, RNA-binding domain / SLBP, RNA-binding domain superfamily / Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / : / : / SAP domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily ...Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / Histone RNA stem-loop-binding protein SLBP1/SLBP2 / Histone RNA hairpin-binding protein, RNA-binding domain / SLBP, RNA-binding domain superfamily / Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / : / : / SAP domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / SAP domain / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Histone RNA hairpin-binding protein / 3'-5' exoribonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.304 Å
データ登録者Tan, D. / Tong, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanisms for the regulation of histone mRNA stem-loop-binding protein by phosphorylation.
著者: Zhang, J. / Tan, D. / DeRose, E.F. / Perera, L. / Dominski, Z. / Marzluff, W.F. / Tong, L. / Hall, T.M.
履歴
登録2014年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histone mRNA stem-loop
B: 3'-5' exoribonuclease 1
C: Histone RNA hairpin-binding protein
D: histone mRNA stem-loop
E: 3'-5' exoribonuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,2925
ポリマ－101,2925
非ポリマー00
水5,350297
1
A: histone mRNA stem-loop
B: 3'-5' exoribonuclease 1
C: Histone RNA hairpin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7223
ポリマ－57,7223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
2
D: histone mRNA stem-loop
E: 3'-5' exoribonuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5702
ポリマ－43,5702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.107, 91.505, 128.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 histone mRNA stem-loop


分子量: 8222.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 3'-5' exoribonuclease 1 / 3'-5' exonuclease ERI1 / Eri-1 homolog / Histone mRNA 3'-end-specific exoribonuclease / Histone ...3'-5' exonuclease ERI1 / Eri-1 homolog / Histone mRNA 3'-end-specific exoribonuclease / Histone mRNA 3'-exonuclease 1 / Protein 3'hExo / HEXO


分子量: 35346.699 Da / 分子数: 2
Fragment: SAP domain and nuclease domain (UNP residues 55-349)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERI1, 3'EXO, THEX1 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR
参照: UniProt: Q8IV48, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質 Histone RNA hairpin-binding protein / Histone stem-loop-binding protein


分子量: 14152.753 Da / 分子数: 1 / Fragment: RNA-binding domain (UNP residues 125-223) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLBP, HBP
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q14493
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8% w/v Tacsimate, pH 6.0, 18% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.304→38.169 Å / Num. all: 43593 / Num. obs: 40611 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.304→2.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
COMO位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.304→38.169 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 1997 4.92 %RANDOM
Rwork0.1931 ---
obs0.1957 40611 93.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.304→38.169 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5200 917 0 297 6414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.128742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3222588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044989
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006950
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.304-2.38590.32861780.27053432X-RAY DIFFRACTION84
2.3859-2.48150.3151950.25823766X-RAY DIFFRACTION92
2.4815-2.59440.31182010.2483909X-RAY DIFFRACTION96
2.5944-2.73110.30592040.25293943X-RAY DIFFRACTION96
2.7311-2.90220.27242020.22193927X-RAY DIFFRACTION96
2.9022-3.12610.28392040.21623940X-RAY DIFFRACTION95
3.1261-3.44060.24632030.18723926X-RAY DIFFRACTION95
3.4406-3.9380.22232040.16913928X-RAY DIFFRACTION94
3.938-4.95970.20712040.14713934X-RAY DIFFRACTION94
4.9597-38.17420.20252020.17633909X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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