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万見
- PDB-4qom: Bacillus pumilus catalase with pyrogallol bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qom
タイトルBacillus pumilus catalase with pyrogallol bound
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / catalase fold / catalase and peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase / catalase activity / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive ...: / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase HpII, Chain A, domain 1 / Catalase core domain / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / BENZENE-1,2,3-TRIOL / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus pumilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Loewen, P.C.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Unprecedented access of phenolic substrates to the heme active site of a catalase: Substrate binding and peroxidase-like reactivity of Bacillus pumilus catalase monitored by X-ray ...タイトル: Unprecedented access of phenolic substrates to the heme active site of a catalase: Substrate binding and peroxidase-like reactivity of Bacillus pumilus catalase monitored by X-ray crystallography and EPR spectroscopy.
著者: Loewen, P.C. / Villanueva, J. / Switala, J. / Donald, L.J. / Ivancich, A.
履歴
登録2014年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
C: Catalase
D: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,33528
ポリマ－227,1364
非ポリマー6,19924
水31,1661730
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area55790 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area56950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.853, 109.424, 103.368
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 485 / Label seq-ID: 6 - 485

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Catalase


分子量: 56783.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: BW16_04845, KatX2 / プラスミド: pBluescript / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UM255 / 参照: UniProt: W8QL66, catalase

-
非ポリマー , 5種, 1754分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-PYG / BENZENE-1,2,3-TRIOL / PYROGALLOL / ピロガロ-ル


分子量: 126.110 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1730 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 50 mM NaCl, 10 mM CoCl2, 12-20% 2-methyl-2,4-pentanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月18日
放射モノクロメーター: Double crystal SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→103.291 Å / Num. all: 237624 / Num. obs: 237624 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.65-1.742.90.3222.3104265356130.32299.8
1.74-1.842.90.2323.298199335460.23299.6
1.84-1.972.90.1684.391404314110.16899.1
1.97-2.132.90.1225.883265290820.12298.4
2.13-2.332.80.0967.174734264710.09697.4
2.33-2.612.80.0778.866727237110.07796.4
2.61-3.012.80.06210.658487206470.06295.3
3.01-3.692.80.05212.349053172380.05293.9
3.69-5.222.90.04514.538476130850.04592
5.22-44.28730.03617.62059168200.03686.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.21データスケーリング
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QWL

1qwl


解像度: 1.65→103.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.2069 / WRfactor Rwork: 0.1736 / FOM work R set: 0.8266 / SU B: 4.612 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.1032 / SU Rfree: 0.1006 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2099 11709 4.9 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.1793 236974 96.81 %-
all-237624 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.26 Å2 / Biso mean: 22.817 Å2 / Biso min: 10.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å20.12 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→103.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15680 0 424 1730 17834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01916751
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0215071
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7961.98122855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.433334698
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.22256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02119411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.024178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.41.4347751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3991.4347750
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0162.1479700
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A287260.06
12B287260.06
21A285280.07
22C285280.07
31A286570.07
32D286570.07
41B286030.07
42C286030.07
51B287890.06
52D287890.06
61C285110.07
62D285110.07
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 845 -
Rwork0.252 17224 -
all-18069 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.23850.1098-0.05560.1371-0.09530.09750.02070.08150.07770.06910.06440.0658-0.049-0.0421-0.08510.04660.04710.03410.09780.06930.108740.5738-1.574920.2173
20.19390.05130.020.091-0.08180.12310.02360.0179-0.06620.00860.04750.0137-0.0006-0.0555-0.07110.0076-0.0017-0.01680.09390.04220.09539.3074-38.435631.6398
30.0912-0.0040.01340.0679-0.10330.16520.01890.0076-0.03560.0356-0.009-0.0055-0.04360.0142-0.00990.03510.0023-0.02330.05540.00510.082572.1066-30.438243.5648
40.1420.00090.0160.1018-0.13010.1715-0.00540.10310.00430.0164-0.001-0.0143-0.01890.01270.00650.007-0.0032-0.01030.11250.01720.056373.4235-11.176910.1193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 504
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 504
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 504
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 504

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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