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- PDB-4qk0: Crystal structure of Ara127N-Se, a GH127 beta-L-arabinofuranosida... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qk0
タイトルCrystal structure of Ara127N-Se, a GH127 beta-L-arabinofuranosidase from Geobacillus Stearothermophilus T6
要素GH127 beta-L-arabinofuranoside
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / : / Glycoside hydrolase family 127 C-terminal domain / Beta-L-arabinofuranosidase, GH127 / : / Beta-L-arabinofuranosidase, GH127 catalytic domain / Beta-L-arabinofuranosidase, GH127 middle domain / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoside hydrolase family 127 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.258 Å
データ登録者Lansky, S. / Salama, R. / Dann, R. / Shner, I. / Manjasetty, B. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Ara127N-Se, a GH127 beta-L-arabinofuranosidase from Geobacillus Stearothermophilus T6
著者: Lansky, S. / Salama, R. / Dann, R. / Shner, I. / Manjasetty, B. / Belrhali, H. / Shoham, Y. / Shoham, G.
履歴
登録2014年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GH127 beta-L-arabinofuranoside
B: GH127 beta-L-arabinofuranoside
C: GH127 beta-L-arabinofuranoside
D: GH127 beta-L-arabinofuranoside


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,0484
ポリマ－301,0484
非ポリマー00
水27,3471518
1
A: GH127 beta-L-arabinofuranoside
B: GH127 beta-L-arabinofuranoside


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,5242
ポリマ－150,5242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area45510 Å2
手法PISA
2
C: GH127 beta-L-arabinofuranoside
D: GH127 beta-L-arabinofuranoside


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,5242
ポリマ－150,5242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area45500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.383, 132.266, 109.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 642 / Label seq-ID: 14 - 648

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
GH127 beta-L-arabinofuranoside / Ara127N


分子量: 75261.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
株: T6 / 遺伝子: araN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3EYN9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 1% Tryptone, 0.1 M HEPES sodium, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.258→40 Å / Num. all: 122372 / Num. obs: 121797 / % possible obs: 99.53 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.258→2.29 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 94.23

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AutoSol位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.258→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.142 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.297 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20048 6452 5 %RANDOM
Rwork0.15748 ---
all0.15965 122372 --
obs0.15965 121797 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å20 Å2-1.47 Å2
2--1.2 Å2-0 Å2
3---1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.258→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20588 0 0 1518 22106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01921216
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0219737
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.95628801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28345343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.15752562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24823.6931094
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.21153331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.56215161
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.22981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02124296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.025165
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2223.210182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2183.210181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8134.78912727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8134.78912728
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1953.64511034
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1953.64611035
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5185.28916062
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.74826.59225907
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.726.46525374
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A401400.07
12B401400.07
21A402080.07
22C402080.07
31A401130.07
32D401130.07
41B402020.08
42C402020.08
51B401090.08
52D401090.08
61C402290.08
62D402290.08
LS精密化 シェル解像度: 2.258→2.317 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 443 -
Rwork0.204 8583 -
obs--94.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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