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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qiv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hexameric microcomparment shell protein from Aeromonas hydrophila | ||||||
![]() | Bacterial microcompartments family protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / BMC domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() BMC (bacterial microcompartment) domain / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / CcmK-like superfamily / BMC / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pang, A.H. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a hexameric microcomparment protein from Aeromonas hydrophila 著者: Pang, A.H. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 58.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 88 / Label seq-ID: 23 - 108
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11776.442 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 7966 / NCIB 9240 / 遺伝子: AHA_1335 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.78 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 1.5M Ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日 |
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.298→61.2 Å / Num. all: 6835 / Num. obs: 6835 / % possible obs: 64 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 8.96 |
反射 シェル | 解像度: 2.298→2.36 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 7.85 / % possible all: 14.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR | R rigid body: 0.603
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.238 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→61.17 Å
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拘束条件 |
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