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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qis | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Nitroalkane Oxidase from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Nitronate monooxygenase family protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TIM barrel / FMN Binding / cytosol | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.906 Å | ||||||
データ登録者 | Chi, Y.M. / Lee, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structures and reaction mechanisms of nitroalkane oxidase (NAO) from Pseudomonas aeruginosa 著者: Chi, Y.M. / Lee, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4qis.cif.gz | 157.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4qis.ent.gz | 122.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4qis.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4qis_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4qis_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4qis_validation.xml.gz | 34.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4qis_validation.cif.gz | 52.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qis | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37518.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO581 / 遺伝子: M801_4200 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: T2E9U5, UniProt: A0A0M3KKW0*PLUS, nitroalkane oxidase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 0.2M Ammonium fluoride, 20% polyethylene glycol 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月22日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→38.921 Å / Num. all: 52206 / Num. obs: 50640 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 19.34 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 82.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3BW2 解像度: 1.906→38.921 Å / FOM work R set: 0.8294 / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.4 Å2 / Biso mean: 21.14 Å2 / Biso min: 4.81 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.906→38.921 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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