PDB-4qie: Crystal Structure of PduA with edge mutation K26D

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4qie

タイトル

Crystal Structure of PduA with edge mutation K26D

要素

Propanediol utilization protein PduA

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / BMC domain / Glycerol / sulfate ion

機能・相同性

機能・相同性情報

propanediol degradation polyhedral organelle / propanediol catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3501 Å

データ登録者

Pang, A.H. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of PduA with edge mutation K26D
著者: Pang, A.H. / Sawaya, M.R. / Bobik, T.A. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2014年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4qie.cif.gz	146.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4qie.ent.gz	117.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4qie.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4qie_validation.pdf.gz	523.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4qie_full_validation.pdf.gz	534.4 KB	表示
XML形式データ	4qie_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	4qie_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/4qie	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ngkS 4p2s 4ppd S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4p2s-1 4qig-1 4rbu-1 4rbt-1 4qig-2 4qig-3 4p2s-2 4rbv-3 4p7v-d 5l38-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (7) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Propanediol utilization protein PduA

B: Propanediol utilization protein PduA

C: Propanediol utilization protein PduA

D: Propanediol utilization protein PduA

E: Propanediol utilization protein PduA

F: Propanediol utilization protein PduA

G: Propanediol utilization protein PduA

H: Propanediol utilization protein PduA

I: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

95.7 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Propanediol utilization protein PduA

B: Propanediol utilization protein PduA

C: Propanediol utilization protein PduA

D: Propanediol utilization protein PduA

E: Propanediol utilization protein PduA

F: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Propanediol utilization protein PduA

H: Propanediol utilization protein PduA

I: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

G: Propanediol utilization protein PduA

H: Propanediol utilization protein PduA

I: Propanediol utilization protein PduA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.110, 108.110, 334.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Propanediol utilization protein PduA 分子量: 10577.102 Da / 分子数: 9 / 変異: K26D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: pduA, STM2038 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A1C7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M Tri-sodium citrate, 2.4M ammonium sulfate, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月9日
放射	モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→19.85 Å / Num. all: 46445 / Num. obs: 46445 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.87 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 12.09
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å / R_merge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 2.64 / Num. unique all: 3005 / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX	(phaser-mr)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1555)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	(phaser-mr)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NGK

3ngk

解像度: 2.3501→19.847 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2384	4643	10 %	Random
R_work	0.2014	-	-	-
obs	0.2052	46439	94.63 %	-
all	-	46439	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.6984 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3501→19.847 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5493	0	27	62	5582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5577
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.282	7572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.634	1988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	961
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	975

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3501-2.3767	0.2905	132	0.2641	1183	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3767-2.4046	0.2834	140	0.2668	1259	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4046-2.4339	0.3575	134	0.2625	1208	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4339-2.4647	0.3299	141	0.258	1268	X-RAY DIFFRACTION	86
2.4647-2.497	0.2856	135	0.2491	1218	X-RAY DIFFRACTION	86
2.497-2.5312	0.2819	141	0.2441	1264	X-RAY DIFFRACTION	86
2.5312-2.5673	0.3177	136	0.2471	1227	X-RAY DIFFRACTION	86
2.5673-2.6055	0.3119	138	0.2574	1239	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6055-2.6461	0.2993	138	0.2473	1247	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6461-2.6894	0.2958	137	0.2531	1235	X-RAY DIFFRACTION	85
2.6894-2.7357	0.2911	152	0.2382	1361	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7357-2.7853	0.2618	163	0.2363	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7853-2.8387	0.2646	163	0.2365	1466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8387-2.8965	0.292	157	0.2382	1421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8965-2.9592	0.2712	160	0.24	1438	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9592-3.0278	0.2975	164	0.2455	1472	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0278-3.1033	0.2698	161	0.2381	1448	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1033-3.1869	0.2928	164	0.236	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1869-3.2802	0.2477	162	0.2359	1462	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2802-3.3856	0.2867	162	0.2138	1457	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3856-3.506	0.2253	162	0.208	1456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.506-3.6455	0.2145	163	0.1919	1467	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6455-3.8103	0.2083	162	0.1798	1463	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8103-4.0097	0.2168	165	0.1819	1482	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0097-4.2586	0.1758	164	0.1682	1473	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2586-4.5836	0.2315	166	0.1625	1495	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5836-5.0381	0.2021	166	0.156	1498	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0381-5.7515	0.2244	168	0.176	1512	X-RAY DIFFRACTION	98
5.7515-7.1886	0.2326	171	0.1885	1545	X-RAY DIFFRACTION	98
7.1886-19.8482	0.1599	176	0.1564	1586	X-RAY DIFFRACTION	95

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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