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万見
- PDB-4qi5: Dehydrogenase domain of Myriococcum thermophilum cellobiose dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qi5
タイトルDehydrogenase domain of Myriococcum thermophilum cellobiose dehydrogenase with bound cellobionolactam, MtDH
要素Cellobiose dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FAD/NAD(P)-binding domain / cellobiose oxidizing / electron transfer / lignocellulose degradation / CDH cytochrome domain / cellobiose / cellobionolactam
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / cellulose binding / polysaccharide catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase ...: / Cellobiose dehydrogenase, cytochrome domain / Cytochrome domain of cellobiose dehydrogenase / GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ABL / : / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Cellobiose dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Myriococcum thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tan, T.C. / Gandini, R. / Sygmund, C. / Kittl, R. / Haltrich, D. / Ludwig, R. / Hallberg, B.M. / Divne, C.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for cellobiose dehydrogenase action during oxidative cellulose degradation.
著者: Tan, T.C. / Kracher, D. / Gandini, R. / Sygmund, C. / Kittl, R. / Haltrich, D. / Hallberg, B.M. / Ludwig, R. / Divne, C.
履歴
登録2014年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4307
ポリマ－63,2311
非ポリマー2,1986
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.324, 171.324, 73.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cellobiose dehydrogenase


分子量: 63231.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myriococcum thermophilum (菌類) / 株: CBS 208.89 / 遺伝子: CDH / プラスミド: pPICZ B / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: A9XK88

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-ABL / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl beta-D-glucopyranoside / 5-amino-5-deoxy-cellobiono-1,5-lactam / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl beta-D-glucoside / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl D-glucoside / (2R,3R,4R,5R)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-oxopiperidin-3-yl glucoside / 5-アミノ-5-デオキシセロビオノ-1,5-ラクタム


タイプ: D-saccharide / 分子量: 339.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C12H21NO10
識別子タイププログラム
5-amino-5-deoxy-cellobiono-1,5-lactamIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 3種, 185分子

#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.85 %
結晶化温度: 298 K / pH: 4.6
詳細: 0.1 M NaAc pH 4.6, 0.1 M CdCl2, 18% (w/v) PEG monomethylether 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→44.472 Å / Num. obs: 47898 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1477)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: DEHYDROGENASE DOMAIN WITHOUT LIGAND

解像度: 2.4→44.47 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 27.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1485 3.1 %
Rwork0.196 --
obs0.198 47891 99.7 %
all-47891 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4456 0 134 182 4772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094713
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3676440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3341645
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058713
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.47750.33131370.2934173X-RAY DIFFRACTION99
2.4775-2.5660.35021240.29394175X-RAY DIFFRACTION100
2.566-2.66880.36711200.2834221X-RAY DIFFRACTION100
2.6688-2.79020.34511340.26524186X-RAY DIFFRACTION100
2.7902-2.93730.31511180.25344230X-RAY DIFFRACTION100
2.9373-3.12130.30851350.24134212X-RAY DIFFRACTION100
3.1213-3.36220.32421450.22494205X-RAY DIFFRACTION100
3.3622-3.70040.23041380.19064206X-RAY DIFFRACTION100
3.7004-4.23550.21171400.16274228X-RAY DIFFRACTION100
4.2355-5.33490.17531450.13374241X-RAY DIFFRACTION100
5.3349-44.48010.18181490.15664329X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0944-0.07720.07630.0318-0.00610.0706-0.01170.06490.1131-0.08250.19310.2141-0.09320.09190.00190.36350.03820.01860.15020.01930.342971.004-20.2259-17.7834
20.4201-0.0883-0.08160.4226-0.23910.5846-0.00270.05260.0548-0.0932-0.00040.0293-0.1069-0.005600.44170.0092-0.01370.17210.00320.248988.758-18.1603-34.0622
3-0.01740.2122-0.09910.6965-0.19790.82490.0064-0.05150.10690.0919-0.03420.0902-0.27290.0503-0.00280.3539-0.00150.00250.1211-0.01030.231983.3282-17.2865-17.7333
40.43730.3192-0.20220.31320.00110.23470.0127-0.07150.0862-0.0224-0.0454-0.2146-0.19730.17550.00030.4333-0.0208-0.03160.23690.0260.3125100.4784-20.4548-28.2468
50.0879-0.1580.1040.2186-0.06040.39420.09760.0112-0.06820.0951-0.137-0.094-0.12750.111800.2663-0.02170.00120.18870.01510.2839100.2211-26.456-24.6139
60.14710.2070.15320.32430.04030.15720.0317-0.1250.06550.0757-0.02920.0625-0.1119-0.065900.293-0.01140.02850.2484-0.02250.253673.849-38.927-6.9147
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 223 through 265 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 266 through 405 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 406 through 566 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 567 through 648 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 649 through 749 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 750 through 807 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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