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- PDB-4qdl: Crystal structure of E.coli Cas1-Cas2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qdl
タイトルCrystal structure of E.coli Cas1-Cas2 complex
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas1
  • CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
キーワードHYDROLASE / CRISPR-Cas / Cas1-Cas2 complex / CRISPR adaptation
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas2 subtype / CRISPR-associated protein (Cas_Cas2CT1978) / CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain ...CRISPR-associated protein Cas2 subtype / CRISPR-associated protein (Cas_Cas2CT1978) / CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / : / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 / CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Sinkunas, T. / Silanskas, A. / Gasiunas, G. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of E.coli Cas1-Cas2 complex
著者: Tamulaitiene, G. / Sinkunas, T. / Silanskas, A. / Gasiunas, G. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
履歴
登録2014年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,4276
ポリマ－156,4276
非ポリマー00
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13690 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area49620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.764, 127.402, 96.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 33235.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: YGBT, CAS1, B2755, JW2725 / プラスミド: pCDF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI
参照: UniProt: Q46896, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 11742.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: YGBF, CAS2, B2754, JW5438 / プラスミド: pCDF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI
参照: UniProt: P45956, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.69 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Crystallization buffer was 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 3% (w/v) PEG8000, 6% (v/v) ethylene glycol , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.001 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator, first crystal indirectly water-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→47.987 Å / Num. all: 232284 / Num. obs: 60631 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 56.29 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.853.80.6951.13386188250.695100
2.85-3.023.80.4041.83200183500.404100
3.02-3.233.80.2632.83011178370.263100
3.23-3.493.80.1435.22805073010.143100
3.49-3.823.80.089.42592267380.08100
3.82-4.273.80.04715.72347661050.047100
4.27-4.933.80.032222063453770.032100
4.93-6.043.80.032221754745820.032100
6.04-8.543.80.02328.71346435420.023100
8.54-47.9873.70.01724721819740.01799.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.04 Å47.99 Å
Translation3.04 Å47.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP6位相決定
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3NKD, 4MAK

3nkd

4mak


解像度: 2.7→47.449 Å / FOM work R set: 0.7534 / SU ML: 0.43 / σ(F): 0.93 / 位相誤差: 30.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 5949 9.83 %RANDOM
Rwork0.2268 ---
obs0.2302 118069 98.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.31 Å2 / Biso mean: 64.6 Å2 / Biso min: 27.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.449 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9068 0 0 56 9124
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079247
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99612596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4063275
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.73070.40794050.39723473387898
2.7307-2.76280.40373790.37133565394498
2.7628-2.79650.40783700.37973538390899
2.7965-2.83190.37183740.35883524389898
2.8319-2.86910.38254070.3683530393799
2.8691-2.90840.41514070.36433522392998
2.9084-2.950.35493380.34713520385899
2.95-2.9940.37234240.32313531395599
2.994-3.04080.39383630.313555391898
3.0408-3.09060.32673980.29093554395299
3.0906-3.14390.35453920.2913484387699
3.1439-3.20110.31063940.29513569396399
3.2011-3.26260.31753760.27253538391499
3.2626-3.32920.30113620.26753602396499
3.3292-3.40160.31323520.28953540389299
3.4016-3.48070.31134290.26633511394099
3.4807-3.56770.30254360.23473538397499
3.5677-3.66410.27773860.23523523390999
3.6641-3.77190.26483920.2243507389999
3.7719-3.89360.26163880.21543608399699
3.8936-4.03270.23583870.20493574396199
4.0327-4.19410.18163410.17913601394299
4.1941-4.38480.18923990.17253555395499
4.3848-4.61580.20113930.17453588398199
4.6158-4.90470.20943410.172935843925100
4.9047-5.2830.19463750.171835583933100
5.283-5.81380.21623920.190135843976100
5.8138-6.65310.25164020.212835923994100
6.6531-8.37470.22773930.178235793972100
8.3747-47.45670.20634080.17883519392799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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