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- PDB-4qdd: Crystal structure of 3-ketosteroid-9-alpha-hydroxylase 5 (KshA5) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qdd
タイトルCrystal structure of 3-ketosteroid-9-alpha-hydroxylase 5 (KshA5) from R. rhodochrous in complex with 1,4-30Q-CoA
要素3-ketosteroid 9alpha-hydroxylase oxygenase
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / Mixed Function Oxygenases / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3-ketosteroid 9alpha-monooxygenase / 3-ketosteroid 9-alpha-monooxygenase activity / cholesterol catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
3-ketosteroid-9-alpha-monooxygenase, oxygenase component-like, C-terminal domain / 3-Ketosteroid 9alpha-hydroxylase C-terminal domain / : / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain ...3-ketosteroid-9-alpha-monooxygenase, oxygenase component-like, C-terminal domain / 3-Ketosteroid 9alpha-hydroxylase C-terminal domain / : / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-30Q / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 3-ketosteroid-9-alpha-monooxygenase, oxygenase component
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Penfield, J. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C. / Eltis, L.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Substrate specificities and conformational flexibility of 3-ketosteroid 9 alpha-hydroxylases.
著者: Penfield, J.S. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C. / Eltis, L.D.
履歴
登録2014年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-ketosteroid 9alpha-hydroxylase oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9864
ポリマ－44,2971
非ポリマー6893
水41423
1
A: 3-ketosteroid 9alpha-hydroxylase oxygenase
ヘテロ分子

A: 3-ketosteroid 9alpha-hydroxylase oxygenase
ヘテロ分子

A: 3-ketosteroid 9alpha-hydroxylase oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,95912
ポリマ－132,8913
非ポリマー2,0689
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area12180 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area48450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.170, 163.170, 47.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 3-ketosteroid 9alpha-hydroxylase oxygenase


分子量: 44297.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
遺伝子: kshA5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): GJ1158 / 参照: UniProt: F1CMY8
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-30Q / S-[2-(propanoylamino)ethyl] (2S)-2-[(8S,9S,10R,13S,14S,17R)-10,13-dimethyl-3-oxo-6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17-dodecahydro-3H-cyclopenta[a]phenanthren-17-yl]propanethioate (non-preferred name)


分子量: 457.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H39NO3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.92 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.5 M NaH2PO4, 0.125 M K2HPO4, 4% PEG-1000, 20 mM Tris, 0.1 mM phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.662
11K, H, -L20.338
反射解像度: 2.6→141.309 Å / Num. all: 22485 / Num. obs: 22485 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.244 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.013 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.6-2.746.20.62029932481.278100
2.74-2.916.40.81967230681.025100
2.91-3.116.61.11908028890.742100
3.11-3.366.81.61857627120.475100
3.36-3.6872.71736824870.292100
3.68-4.1173.71571422470.21100
4.11-4.756.95.41396220090.142100
4.75-5.816.96.11190917200.123100
5.81-8.226.87.1909913340.1100
8.22-53.416.514.849817710.04399.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
MxDCデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→53.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / WRfactor Rfree: 0.2398 / WRfactor Rwork: 0.2131 / FOM work R set: 0.7893 / SU R Cruickshank DPI: 0.0719 / SU Rfree: 0.0539 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1117 5 %RANDOM
Rwork0.2249 ---
obs0.2265 22477 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.16 Å2 / Biso mean: 50.678 Å2 / Biso min: 21.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.07 Å20 Å20 Å2
2--18.07 Å20 Å2
3----36.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→53.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2959 0 37 23 3019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.023082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022786
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9661.9374193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.6433.0046412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1735364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.75624.136162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.09515482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.9961520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6295.1561462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6175.1531461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.997.7231824
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 71 -
Rwork0.265 1566 -
all-1637 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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