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万見
- PDB-4qcc: Structure of a cube-shaped, highly porous protein cage designed b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qcc
タイトルStructure of a cube-shaped, highly porous protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains
要素2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase, peptidyl-prolyl cis-trans isomerase chimera
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / LYASE / protein design / bionanotechnology / self-assembly / symmetry / porous biomaterials
機能・相同性2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase / D-galactonate catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase activity / KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Aldolase-type TIM barrel / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 7.078 Å
データ登録者Lai, Y.-T. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2014
タイトル: Structure of a designed protein cage that self-assembles into a highly porous cube.
著者: Lai, Y.T. / Reading, E. / Hura, G.L. / Tsai, K.L. / Laganowsky, A. / Asturias, F.J. / Tainer, J.A. / Robinson, C.V. / Yeates, T.O.
履歴
登録2014年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase, peptidyl-prolyl cis-trans isomerase chimera
B: 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase, peptidyl-prolyl cis-trans isomerase chimera


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4672
ポリマ－62,4672
非ポリマー00
水00
1
A: 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase, peptidyl-prolyl cis-trans isomerase chimera
B: 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase, peptidyl-prolyl cis-trans isomerase chimera
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)749,60324
ポリマ－749,60324
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation16_544x,-y-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation20_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation24_544-y,-z-1/2,x-1/21
crystal symmetry operation27_554-x+1/2,y,-z-1/21
crystal symmetry operation30_554z+1/2,-x,-y-1/21
crystal symmetry operation33_554y+1/2,z,x-1/21
crystal symmetry operation38_545-x+1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation41_545z+1/2,x-1/2,y1
crystal symmetry operation47_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area75510 Å2
ΔGint-603 kcal/mol
Surface area274240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)272.680, 272.680, 272.680
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 274 / Label seq-ID: 5 - 274

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase, peptidyl-prolyl cis-trans isomerase chimera / designed porous protein cube


分子量: 31233.459 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dgoA, fkpA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6BF16, UniProt: U6NBA4, 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
配列の詳細PROTEIN IS A DESIGNED CHIMERA COMPRISING RESIDUES 1-203 OF UNP Q6BF16 AND RESIDUES 45-116 OF UNP ...PROTEIN IS A DESIGNED CHIMERA COMPRISING RESIDUES 1-203 OF UNP Q6BF16 AND RESIDUES 45-116 OF UNP U6NBA4 CONNECTED BY A QKQKEQRQ LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, pH 6.0, 0.6 M ammonium sulfate, 1% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月5日
放射モノクロメーター: Varimax HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 7.078→96.407 Å / Num. obs: 2526 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 320.857 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.894 / Net I/σ(I): 15.62
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
7.078-7.260.7121.6761419595.1
7.26-7.460.3443.3768018097.8
7.46-7.680.2175.5763816696.5
7.68-7.910.254.9465718098.4
7.91-8.170.225.4862216996.6
8.17-8.460.1736.9963216897.7
8.46-8.780.12210.4660215795.7
8.78-9.140.10511.7256515096.2
9.14-9.540.11210.9152914295.9
9.54-10.010.04922.6849713295
10.01-10.550.03825.7447212994.2
10.55-11.190.03726.1648112896.2
11.19-11.960.04225.3242511693.5
11.96-12.920.04126.6140010795.5
12.92-14.160.03327.373509795.1
14.16-15.830.03131.243579896.1
15.83-18.280.02637.113048194.2
18.28-22.380.02539.542496994.5
22.38-31.660.02845.551694571.4
31.660.03141.45321744.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation7.08 Å96.41 Å
Translation7.08 Å96.41 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 7.078→96.407 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.769 / WRfactor Rfree: 0.2692 / WRfactor Rwork: 0.258 / FOM work R set: 0.7259 / SU B: 307.178 / SU ML: 2.408 / SU Rfree: 2.983 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 2.983 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3165 127 5 %RANDOM
Rwork0.2826 ---
obs0.2843 2522 94.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 459.21 Å2 / Biso mean: 289.798 Å2 / Biso min: 100 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7.078→96.407 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3954 0 0 0 3954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1831.9725458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81538924
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9275538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75125.57158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.44115644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.5341516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it17.42628.4672158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other17.42428.4692157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it30.38842.6572694
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15679 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 7.078→7.261 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.871 10 -
Rwork0.385 181 -
all-191 -
obs--95.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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