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- PDB-4qc8: Structural annotation of pathogenic bovine Parvovirus-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qc8
タイトルStructural annotation of pathogenic bovine Parvovirus-1
要素VP2
キーワードVIRUS / parvovirus / capsid protein / beta barrel / VP2 / ssDNA virus / jellyroll / nucleoplasmin-like/VP / viral coat / coat protein
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Empty Capsid Viral Protein 2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP2 / VP2
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine parvovirus-1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Kailasan, S. / Halder, S. / Gurda, B.L. / Bladek, H. / Chipman, P.R. / McKenna, R. / Brown, K. / Agbandje-McKenna, M.
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: Structure of an enteric pathogen, bovine parvovirus.
著者: Shweta Kailasan / Sujata Halder / Brittney Gurda / Heather Bladek / Paul R Chipman / Robert McKenna / Kevin Brown / Mavis Agbandje-McKenna /
要旨: Bovine parvovirus (BPV), the causative agent of respiratory and gastrointestinal disease in cows, is the type member of the Bocaparvovirus genus of the Parvoviridae family. Toward efforts to obtain a ...Bovine parvovirus (BPV), the causative agent of respiratory and gastrointestinal disease in cows, is the type member of the Bocaparvovirus genus of the Parvoviridae family. Toward efforts to obtain a template for the development of vaccines and small-molecule inhibitors for this pathogen, the structure of the BPV capsid, assembled from the major capsid viral protein 2 (VP2), was determined using X-ray crystallography as well as cryo-electron microscopy and three-dimensional image reconstruction (cryo-reconstruction) to 3.2- and 8.8-Å resolutions, respectively. The VP2 region ordered in the crystal structure, from residues 39 to 536, conserves the parvoviral eight-stranded jellyroll motif and an αA helix. The BPV capsid displays common parvovirus features: a channel at and depressions surrounding the 5-fold axes and protrusions surrounding the 3-fold axes. However, rather than a depression centered at the 2-fold axes, a raised surface loop divides this feature in BPV. Additional observed density in the capsid interior in the cryo-reconstructed map, compared to the crystal structure, is interpreted as 10 additional N-terminal residues, residues 29 to 38, that radially extend the channel under the 5-fold axis, as observed for human bocavirus 1 (HBoV1). Surface loops of various lengths and conformations extend from the core jellyroll motif of VP2. These loops confer the unique surface topology of the BPV capsid, making it strikingly different from HBoV1 as well as the type members of other Parvovirinae genera for which structures have been determined. For the type members, regions structurally analogous to those decorating the BPV capsid surface serve as determinants of receptor recognition, tissue and host tropism, pathogenicity, and antigenicity.
IMPORTANCE: Bovine parvovirus (BPV), identified in the 1960s in diarrheic calves, is the type member of the Bocaparvovirus genus of the nonenveloped, single-stranded DNA (ssDNA) Parvoviridae family. ...IMPORTANCE: Bovine parvovirus (BPV), identified in the 1960s in diarrheic calves, is the type member of the Bocaparvovirus genus of the nonenveloped, single-stranded DNA (ssDNA) Parvoviridae family. The recent isolation of human bocaparvoviruses from children with severe respiratory and gastrointestinal infections has generated interest in understanding the life cycle and pathogenesis of these emerging viruses. We have determined the high-resolution structure of the BPV capsid assembled from its predominant capsid protein VP2, known to be involved in a myriad of functions during host cell entry, pathogenesis, and antigenicity for other members of the Parvovirinae. Our results show the conservation of the core secondary structural elements and the location of the N-terminal residues for the known bocaparvovirus capsid structures. However, surface loops with high variability in sequence and conformation give BPV a unique capsid surface topology. Similar analogous regions in other Parvovirinae type members are important as determinants of receptor recognition, tissue and host tropism, pathogenicity, and antigenicity.
履歴
登録2014年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7431
ポリマ－59,7431
非ポリマー00
水00
1
A: VP2
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,584,59860
ポリマ－3,584,59860
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP2
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 299 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,7165
ポリマ－298,7165
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP2
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 358 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)358,4606
ポリマ－358,4606
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: VP2
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.79 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,792,29930
ポリマ－1,792,29930
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)323.450, 381.230, 376.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1generate(1), (1), (1)
2generate(0.49909, -0.80933, -0.30968), (0.81018, 0.30902, 0.49812), (-0.30745, -0.4995, 0.80992)-105.56285, -18.13843, -65.0515
3generate(-0.3114, -0.49934, -0.80851), (0.50156, -0.80902, 0.30648), (-0.80714, -0.31008, 0.50237)-123.423, -141.67214, -76.22373
4generate(-0.31139, 0.50156, -0.80714), (-0.49934, -0.80902, -0.31009), (-0.80852, 0.30647, 0.50237)-28.89909, -199.88018, -18.07741
5generate(0.4991, 0.81017, -0.30745), (-0.80932, 0.30902, -0.4995), (-0.30968, 0.49812, 0.80992)47.38035, -112.32287, 29.03288
6generate(0.59764, 0.00237, -0.80176), (0.00237, -1, -0.00119), (-0.80176, -0.00119, -0.59765)-75.11661, -188.72901, -150.24097
7generate(0.54465, 0.08555, -0.83429), (0.81087, -0.30769, 0.49781), (-0.21411, -0.94763, -0.23695)-70.34365, -76.32879, -205.44636
8generate(0.99461, -0.08327, 0.06184), (0.08477, 0.30902, -0.94727), (0.05977, 0.9474, 0.31441)-2.05753, -153.96011, 25.08335
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10generate(-0.31812, 0.58518, -0.7459), (0.58518, -0.4978, -0.64012), (-0.7459, -0.64012, -0.18407)-15.27355, -201.05275, -171.69478
11generate(0.40929, -0.58505, 0.70015), (0.86178, 0.49995, -0.08601), (-0.29971, 0.63857, 0.7088)10.24613, -54.88714, 32.79949
12generate(0.46095, 0.49956, 0.73346), (0.05212, 0.80984, -0.58434), (-0.8859, 0.30758, 0.34725)115.6798, -72.70831, -32.5494
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14generate(0.40992, 0.5839, 0.70073), (-0.86158, 0.50005, 0.08734), (-0.29941, -0.63954, 0.70806)120.54375, -39.29801, -87.80778
15generate(-0.31545, -0.58376, -0.74814), (-0.58376, -0.50219, 0.63799), (-0.74814, 0.63799, -0.18236)-125.72573, -82.07489, -50.99708
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18generate(0.5467, -0.08248, -0.83326), (-0.80862, -0.31034, -0.49982), (-0.21737, 0.94704, -0.23636)-86.09325, -170.76348, -26.70562
19generate(0.40929, 0.86177, -0.29972), (-0.58505, 0.49995, 0.63857), (0.70015, -0.08601, 0.7088)52.93629, 12.49093, -35.143
20generate(0.48695, -0.86045, -0.15005), (-0.86045, -0.50209, 0.08683), (-0.15005, 0.08683, -0.98486)-95.42052, -133.85675, -177.99304
21generate(0.98588, 0.05388, 0.15855), (-0.04998, -0.80901, 0.58566), (0.15982, -0.58532, -0.7949)19.94293, -115.70798, -223.44881
22generate(0.46221, -0.05173, -0.88526), (-0.50134, 0.8082, -0.30899), (0.73145, 0.58663, 0.34763)-88.10223, -47.25943, -5.56208
23generate(0.46095, 0.05212, -0.8859), (0.49956, 0.80984, 0.30758), (0.73346, -0.58434, 0.34725)-78.36801, 11.10352, -116.02951
24generate(0.98588, -0.04998, 0.15983), (0.05387, -0.80902, -0.58531), (0.15855, 0.58565, -0.7949)10.26794, -225.47241, -113.01593
25generate(0.483, 0.86291, -0.14869), (0.86291, -0.4979, -0.08652), (-0.14869, -0.08652, -0.98509)67.23309, -149.04076, -194.363
26generate(0.40992, -0.86158, -0.2994), (0.5839, 0.50005, -0.63954), (0.70073, 0.08734, 0.70806)-109.56305, -106.89179, -18.8634
27generate(-0.40139, -0.44845, -0.79861), (0.89317, 0.00141, -0.44971), (0.2028, -0.89381, 0.39998)-117.73056, -135.99566, -140.47953
28generate(-0.40139, 0.89317, 0.2028), (-0.44845, 0.00141, -0.89381), (-0.79861, -0.44971, 0.39998)102.70101, -178.16612, -98.99061
29generate(-0.40037, -0.89436, 0.19955), (0.4486, -0.00141, 0.89373), (-0.79904, 0.44734, 0.40178)-66.18439, -10.45975, -14.22126
30generate(-0.40037, 0.4486, -0.79904), (-0.89436, -0.00141, 0.44734), (0.19955, 0.89373, 0.40178)-33.16928, -52.84589, 28.26938

-
要素

#1: タンパク質 VP2 / capsid protein VP2


分子量: 59743.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bovine parvovirus-1 (ウイルス) / 株: HADEN / 遺伝子: BPV-1 / プラスミド: pFastbac-1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q2LD55, UniProt: G8GWG8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mM Tris, 4% PEG8000, 8 mM magnesium chloride, 50 mM lithium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 378339 / Num. obs: 340823 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
3.2-3.312.31.80.365193.2
3.31-3.45177.6
3.45-3.6180.3
3.6-3.79181.5
3.79-4.03182.3
4.03-4.34184.9
4.34-4.78185.8
4.78-5.47185.6
5.47-6.89185.2
6.89-50181.4

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1S58

1s58


解像度: 3.2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3115 15527 4.1 %RANDOM
Rwork0.3097 295169 --
obs-310696 82.1 %-
溶媒の処理Bsol: 11.9694 Å2
原子変位パラメータBiso max: 123.52 Å2 / Biso mean: 47.6835 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.836 Å2-0 Å20 Å2
2--6.462 Å20 Å2
3----0.626 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3950 0 0 0 3950
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.722
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3131.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6162
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3812
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7292.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.310.416614550.4071272482870376.5
3.31-3.450.381314580.3996277592921777.6
3.45-3.60.391315600.3814286743023480.3
3.6-3.790.363515950.3683291263072181.5
3.79-4.030.354614890.3511295333102282.3
4.03-4.340.312615630.3072304793204284.9
4.34-4.780.277616230.2801308073243085.8
4.78-5.470.27515790.2726308323241185.6
5.47-6.890.257516370.2567307843242185.2
6.89-500.232515680.2277299273149581.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.paramCNS_TOPPAR:carbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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