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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qby | |||||||||
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タイトル | yCP in complex with BOC-ALA-ALA-ALA-CHO | |||||||||
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![]() | hydrolase/hydrolase inhibitor / 20S Proteasome / Peptide Aldehyde / Allosteric Regulation / PCA Analysis / Immunoproteasome / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / Ub-specific processing proteases / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Arciniega, M. / Beck, P. / Lange, O. / Groll, M. / Huber, R. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Differential global structural changes in the core particle of yeast and mouse proteasome induced by ligand binding. 著者: Arciniega, M. / Beck, P. / Lange, O.F. / Groll, M. / Huber, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 632.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 706.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 200.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 273.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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詳細 | AU contains one biological assembly. |
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb
#8: タンパク質 | 分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 断片: beta subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 断片: beta subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 断片: beta subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 断片: beta subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / 断片: beta subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 断片: beta subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 FT1234
#15: タンパク質・ペプチド | #6: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha subunit / 変異: wild type / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 191分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#16: 化合物 | ChemComp-MG / #17: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 20 mM MgAc2, 100 mM MES, 13% MPD , pH 6.8 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月30日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. all: 211987 / Num. obs: 194983 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 88.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1RYP 解像度: 3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 32.174 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.336 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.738 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.075 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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